RNAi抑制轉座子活性兩方面的證據提示轉座子活性的抑制與siRNA有關① 發現蠕蟲mut-7 基因參與RNAi 并且與轉座子的轉座抑制有關；② 在果蠅中，參與RNAi 的RNA 解螺旋酶Spindle-E 的突變將導致該基因引起的基因沉默的缺失，同時提高了反轉錄轉座子活性。
RNAi抵御病毒感染在擬南芥中研究轉基因引起基因沉默時發現，sgs2/sde1基因突變的擬南芥對病毒的侵染表現出高度的敏感性 。
RNAi參與異染色質的形成和維持Hall 等研究表明，著絲粒同源重復序列和RNAi 組分一起正負調節著異染色質的形成并共同促使異染色質組裝成核；Vople 等在敲除裂殖酵母( S. pombe) 的RNAi 途徑基因( 如Argonaute 、Dicer 、RDRP) 時發現異染色質轉錄得到的dsRNA可以在RNAi 途徑的參與下，加工成si RNA，si RNA 募集異染色質蛋白1( HP1) ，然后靶向性引起相應異染色質區域的轉基因沉默。
RNAi參與機體的發育調控及生理代謝RNAi 只抑制轉錄后的基因，所以RNAi 在生物體發育學研究中具有優勢。Chuang 等用RNAi 技術進一步證實了AG、CLV3 、AP1 、PAN 等已知功能基因在擬南芥花發育過程中的功能。在RNAi 過程中形成的RISC 復合物可根據不同情況分別利用si RNA 或stRNA 行使不同的功能，但最終均導致特定基因沉默。