新鮮細胞：如果試劑沒有問題，且外源性污染也可以排除，那么降解幾乎都來自裂解液的用量不足。如 果將裂解液直接加入培養皿中裂解細胞，一定要使裂解液能覆蓋住細胞。
2. 新鮮組織：某些富含內源核酸酶的樣品(如肝臟，胸腺等)，即使使用電動勻漿器勻漿也不能避免RNA的降解。更可靠的方法是：在液氮條件下將組織研碎，并且勻漿時使用更多裂解液。
3.冷凍樣品：樣品取材后應立即置于液氮中速凍，然后移至-70℃冰箱保存。樣品決不能未經液氮速凍而直接保存于-70℃冰箱中。冷凍樣品，即使是冷凍細胞，如果不在液氮條件下研磨碎，而直接加入裂解液中勻漿，RNA也比新鮮樣品更容易降解。樣品在與裂解液充分接觸前決不能出現融化，所以研磨用具必須預冷，在碾磨過程中要及時補充液氮。樣品研碎后，在液氮剛剛揮發完時，將樣品迅速轉移到含裂解液的容器中，立即混勻勻漿。
4. 外源RNA酶的污染：試劑，器械及實驗環境中的RNA酶進入實驗系統。
5. 內源RNA酶的污染：抑制劑失效或者用量不夠，實驗樣品過多；勻漿時溫度過高。