一般的瓊脂糖凝膠電泳，注意不要用甲醛變性電泳（又不是做northern，實在沒有必要）。電泳槽注意一定不要用DEPC處理，一定要保證電泳體系中有少量的RNAase存在。分別在加樣孔中加入1，2，3μlRNA抽提溶液。在旁邊加入DNA
marker。1%瓊脂糖凝膠，10V/cm的電壓，電泳10min成像一次，看電泳情況，如果28s和18s還沒拉開，繼續電泳10min成像，如果任沒有拉開再次電泳5min。如果還沒有分開多半28s已經遭到破壞，不可能看到典型的3條帶了。
好的RNA的特征：
A、RNA應該呈現出3條rRNA帶。分別是5，18，28SrRNA的帶。5s最好是要可見，除非抽提步驟中故意將其破壞
B、28s亮度是18s亮度的一倍，其他比例關系均提示RNA有一定程度的破壞。
C、不能有多的帶出現。出現多的帶有兩個可能，一是DNA污染帶，二是rRNA破壞斷裂帶。D、rRNA之間可以看到很淡的，霧蒙蒙的mRNA拖帶。E、瓊脂糖凝膠被RNAase處理后電泳帶基本消失，沒有明顯的，邊緣清晰的帶殘留（不用說這些就是明顯的DAN污染，而且是很大量的DNA污染）
如何用RNAase處理凝膠呢，為何要處理??
DNA是不會被RNAase破壞的，所以我們發現凝膠有可疑的帶需要鑒定其到底是RNA還是DNA，如果是DNA就有比較大的問題了，如果是RNA到不用過份擔心，因為只是提示有rRNA斷裂而已。我們可以在RNA電泳完成后，把膠用薄膜手套包好（RNase的良好來源），放置5－10h后再次成像。如果前面起初的帶減弱并模糊了說明是RNA被降解，如果出現某個帶或者拖影一直不見模糊，那么DNA污染的可能性就大了（由于RNA被降解，有時膠放置一陣后反而更清晰了。）注意RNA電泳加DNA
marker是很有必要的（雖然很多白癡說不需要，那是因為沒有意識到具體DNA marker的作用）。DNA
marker加進去后，一來可以指示RNA電泳中可疑帶的位置，方便和在膠被放置后成像的結果進行比較。注意比如28S在某個位置，有時候，膠被放置后
28S降解帶會前后移動，不一定就在最初的位置形成一團降解后圖象。其次DNA
marker有顯示瓊脂糖凝膠的功能狀態的作用。EB等染色劑會揮發造成成像沒有結果，DNA在膠中也會輕微彌散，此時如果膠放置后發現上面空空的，沒有帶出現，不要太高興，不一定就是RNA在膠上降解完全了。事實上有可能是EB揮發引起膠不顯色的結果，尤其有些人把膠一直泡在buffer中的情況。此外發現帶型開始模糊也不一定就是RNA降解的結果，也可能是核酸都在彌散開。所以DNA
marker是非常重要的。
第二部分RT-PCR
一步法RT-PCR試劑盒子選擇指南
RT-PCR試劑盒最好的有Qiagen，Invitrogen，Stratagene三個品牌。但是價格都比較昂貴，不是首選。其中 Promega是國內的首選，質量很好，價格合理，性價比最高的，投入和產出比最讓人放心的產品。
Promega Access RT PCR試劑盒介紹： 使用的是1.AMV Reverse
Transcriptase（成功的RT必須考慮消除RNA中的多數次級結構。為次，合成cDNA的第1條鏈最好在較高的溫度下進行。MmlV反轉錄酶能采用的最高溫度是42攝氏度左右，AMV的活力在Access
RT-PCR系統中可以達到48攝氏度（但是實際上大多都是45攝氏度完成RT）。因此，使用AMV反轉錄酶，可以消除RNA次級結構的負面影響）2.Tfl
DNA Polymerase
這個是promega比較出名的Taq酶，性價比雖然不如takara，但是也不失為一種PCR利器。3.mRNA模板的量在1-100ng的范圍內注意是mRNA的量喲。建議加1μg總RNA。4.不能用氯化鎂代替硫酸鎂。Tf1DNA聚合酶在用硫酸鎂和AMV/Tf15X反應液時活力有很大提高。
5.AccessQuick? RT-PCR System 就是預裝的Acess RT PCR
system，由于鎂離子已經加到反應體系中，所以使用自主性稍為受限，但是更方便些，適合不太難的RT過程。價格稍為便宜些。
性價比比較高，推薦品種。Takara one step RNA PCR kit 使用的是1.AMV everse Transcriptase
可惜takara在酶制作方面主要強在PCR酶類，其他酶的制備不是很強。這也是該試劑盒不如promega的原因。2.AMV－optimized
Taq Takara的PCR酶制作功力實在不錯。3.總RNA少于1μg
建議不要少加，因為該試劑盒的RT能力實在不讓人徹底放心。但是多加模板會造成DNA模板污染加重。價格比較低廉，性價比個人認為不及Promega試劑盒。Takara
mRNA selective PCR kit 運用了特殊的機理來選擇性的擴增cDNA。似乎說是mRNA
selective是不對的，其他RNA也是可以擴增的，關鍵是RT的選擇啊。增污染DNA模板的。本來這個技術理論上是非常誘人的，可是考慮
takara的功力還是勸大家慎用。
