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惡性膠質瘤（glioblastoma，GBM）是最常見且最具攻擊性的腦癌，標準治療反應很差，兩年生存率僅為15%。最近，《Nature Genetics》的一篇文章發現了GBM腫瘤耐藥的一個關鍵密碼。 為了靶向遏制GBM的攻擊性，杰克遜實驗室（Jackson Laboratory，JAX）教授Roel Verhaak和亨利-福特健康系統赫梅林腦腫瘤中心的助理教授Ana C. deCarvalho專門檢查了患者治療前后以及異種移植（PDX）小鼠模型腫瘤細胞進化過程中的基因組變化。 報告指出，腫瘤進展通常由位于染色體外的癌基因（oncogenes）驅動。 通過患者培養細胞和小鼠腫瘤細胞分析，研究人員發現細胞都保持著相同的基因組病變，這表明PDX小鼠是研究GBM的相對準確且有效的實驗模型。但是在少數情況下，主要的差別在于PDX小鼠和患者培養細胞的癌基因拷貝數。 這相當重要。因為癌基因增加或擴增會引發癌癥和幫助癌細胞生存下來......閱讀全文
?1. eccDNA為什么火？它到底是何方神圣？ 2019年11月，頂尖國際學術期刊《Nature》和《Cell》相繼發表了關于染色體外環狀DNA(extrachromosomal circular DNA，eccDNA)的重要研究，徹底顛覆了人們對癌基因的傳統認知，同時也迅速引爆了整個生
2019年11月，頂尖國際學術期刊《Nature》和《Cell》相繼發表了關于染色體外環狀DNA(extrachromosomal circular DNA，eccDNA)的重要研究，徹底顛覆了人們對癌基因的傳統認知，同時也迅速引爆了整個生物醫學界，一時之間，將人們的目光都吸引到這個科研界的新寵
近日，由Ludwig癌癥研究所的Paul Mischel和加州圣地亞哥醫學院的Vineet Bafna共同領導的跨學科的一項新研究發現，在所分析的40％的腫瘤細胞系中，非染色體DNA（ecDNA）表達驅動腫瘤生長和存活相關的致癌基因的多個拷貝，并且可能有助于腫瘤的異質性和進化。文章已發表在Nat
早期研究認為腫瘤中大量擴增的原癌基因存在于染色體上。2017年，來自美國加州大學圣迭戈分校的Paul Mischel教授團隊在Nature雜志上指出，它們是以染色體外DNA（extrachromosomal DNA，ecDNA）的形式存在的，但ecDNA的結構和功能一直缺乏直接的證據。 201
實驗方法：環狀DNA-seq, RNA-seq（云序生物提供以上服務）1. ecDNA是環狀結構為了了解ecDNA的結構，作者通過環狀DNA-seq（云序生物提供以上服務）方法研究了三種人類癌細胞系和來自于TCGA的臨床腫瘤樣品。通過這種方法檢測到了GBM39細胞中的圓形擴增子游