對于痰培養確定分離菌是否為可能的感染菌最簡單和最直接的證據就是痰涂片，首先感染菌會導致白細胞大量增加，其次由于感染早期（細菌/真菌）啟動非特異性免疫因子中中性粒細胞是最主要的免疫細胞，吞噬和包裹現象是反映細菌與機體免疫系統的相關性的最重要的信號，觀察這一現象有助于區別是感染還是定植。
痰涂片確實是區分感染與定植的好辦法，問題在于目前很多醫院微生物實驗室未必做這項工作。我們跟細菌室溝通了，送痰培養時要送涂片，如涂片顯示上皮細胞為主，考慮污染，需重新送標本，如白細胞為主，標本合格率高，培養準確率高。但細菌室往往不會把不合格標本退回去，只要標本來了就培養，臨床對結果有疑問也沒辦法。
結合“標本涂片、培養及臨床表現”，才能判定是定植還是致病菌。
如痰標本：痰中分離出的90%以上是條件致病菌,是否致病取決于：
1:患者的血象,體溫,胸痛,肺部?音等感染癥狀；
2:痰涂片鏡檢見到大量白細胞吞噬或伴行非上呼吸道正常菌群；
3:痰涂片見到的細菌,培養大量生長。
涂片是培養的基礎，經涂片檢查明確是污染的標本再作培養，沒有臨床意義。
一般認為：在痰標本采集、儲存、送檢都較為規范的情況下，培養和涂片同時見到同樣的細菌且有細胞內吞噬（炎性包裹）現象或細菌涂片中每一油鏡視野細菌數大于20個或占所有細菌的50%以上的優勢菌可能為病原菌。區分定植或病原菌較為客觀的方法是若應用針對性抗菌藥物之后臨床癥狀減輕（緩解），同時感染部位目標性細菌數減少則為病原菌，僅有數量減少而臨床癥狀沒有改變則最大可能為定植菌。