在蛋白質的a-螺旋的情況下是N-H…O型的氫鍵，DNA的雙螺旋情況下是N-H…O，N-H…N型的氫鍵，因為這些結構是穩定的，所以這樣的氫鍵很多。此外，水和其他溶媒是異質的，也由于在水分子間生成O-H—…O型氫鍵。因此，這也就成為疏水結合形成的原因。
（1） 存在與電負性很大的原子A 形成強極性鍵的氫原子 。
（2）存在 較小半徑、較大電負性、含孤對電子、帶有部分負電荷的原子B (F、O、N)
氫鍵的本質: 強極性鍵(A-H)上的氫核 與電負性很大的、含孤電子對并帶有部分負電荷的原子B之間的靜電作用力。
（3）表示氫鍵結合的通式
氫鍵結合的情況如果寫成通式，可用X－H…Y表示。式中X和Y代表F，O，N等電負性大而原子半徑較小的非金屬原子。
X和Y可以是兩種相同的元素，也可以是兩種不同的元素。
（4）對氫鍵的理解
氫鍵存在雖然很普遍，對它的研究也在逐步深入，但是人們對氫鍵的定義至今仍有兩種不同的理解。
第一種把X－H…Y整個結構叫氫鍵，因此氫鍵的鍵長就是指X與Y之間的距離，例如F－H…F的鍵長為255pm。
第二種把H…Y叫做氫鍵，這樣H…F之間的距離163pm才算是氫鍵的鍵長。這種差別，我們在選用氫鍵鍵長數據時要加以注意。
不過，對氫鍵鍵能的理解上是一致的，都是指把X－H…Y－H分解成為HX和HY所需的能量。
（5）氫鍵的飽和性和方向性
氫鍵不同于范德華力，它具有飽和性和方向性。由于氫原子特別小而原子A和B比較大，所以A—H中的氫原子只能和一個B原子結合形成氫鍵。同時由于負離子之間的相互排斥，另一個電負性大的原子B′就難于再接近氫原子，這就是氫鍵的飽和性。
氫鍵具有方向性則是由于電偶極矩A—H與原子B的相互作用，只有當A—H…B在同一條直線上時最強，同時原子B一般含有未共用電子對，在可能范圍內氫鍵的方向和未共用電子對的對稱軸一致，這樣可使原子B中負電荷分布最多的部分最接近氫原子，這樣形成的氫鍵最穩定。