本病主要發生于老年男性白人，但女性和所有各種族均易感。大部分病人有腹瀉或吸收不良的其他胃腸道癥狀，但一些人僅表現為關節或神經系統癥狀。腸道外的癥狀包括關節炎、發熱、咳嗽、癡呆、頭痛和肌肉無力的表現很常見，可掩蓋胃腸道癥狀。可發生顯著的或隱匿性胃腸道出血，這點不同于其他大多數吸收不良疾病。由于淋巴結引起淋巴管引流受阻，可發生蛋白丟失性腸病（引起低蛋白血癥和水腫）。
當胃腸癥狀明顯時，診斷依賴于對臨床綜合征的認識、吸收不良的證據和小腸活組織檢查。如果病人以關節炎、發熱或神經系統癥狀的表現而無腸道的癥狀，診斷是困難的。
必須仔細將Whipple病的活檢與AIDS病人感染細胞內鳥型分枝桿菌（MAI）的活檢區分開來。兩種病均是固有膜PAS陽性巨噬細胞的浸潤。然而，MAI是一種耐酸的細菌，而Whipple菌則不是。也可用電鏡區別這兩種疾病。