微生物(microorganism)是存在于自然界的一群體形微小、結構簡單、肉眼看不見、必須借助光學或電子顯微鏡放大數百倍、數千倍甚至數萬倍才能觀察到的微小生物。微生物在自然界廣泛存在，但只有部分微生物可以侵犯人體引起疾病，這些微生物被稱為病原微生物或病原體。病原微生物與人類之間進行著長期而復雜的斗爭，病原微生物通過不斷繁殖、變異和進化，增強自己的毒力或致病力是人類疾病的罪魁禍首，人類則通過機體強大的免疫系統消滅、排出、戰勝入侵的病原微生物。病原體侵入人體后，人體就是病原體生存的場所，醫學上稱為病原體的宿主。病原體在宿主中進行生長繁殖、釋放毒性物質等引起機體不同程度的病理變化，這一過程稱為感染。不過人體或動物不像人工培養細菌的培養基，可以讓病菌不受限制地肆意生長繁殖，輕易地導致機體死亡。病原體入侵人體后，在發生感染的同時，能激發人體免疫系統產生一系列免疫應答與之對抗，這稱之為免疫。
感染和免疫是一對矛盾，其結局如何，根據病原體和宿主兩方面力量強弱而定。如果宿主足夠強壯，可以根本不形成感染；即使形成了感染，病原體也多半會逐漸消亡，于是患者康復；如果宿主很虛弱而病原體很兇猛，則感染擴散，病人將會死亡。
除了宿主自身的力量，有效的抗菌藥物和其它措施的協同作用也是必不可少的，在多種因素的共同作用下，大多數疾病是可以很快治好的。依靠不斷發展的科學進步，總是能夠不斷控制和消滅有害人類和動物的微生物。
有研究表明，澆灌糞肥的蔬菜會被病原微生物污染，距離施肥時間越近，蔬菜表面大腸菌群數量越多，用自來水浸泡、沖洗等方法對去除蔬菜表面的大腸菌群有一定效果，其中以沖洗效果最佳。此外，最好的殺滅蔬菜病原菌的方法是沸水浸泡。