臨床上按疾病的發展過程可分為慢性期、加速期和急變期。
（1）慢性期分期標準為：
①無癥狀或有低熱、乏力、多汗、體重減輕等癥狀。
②白細胞計數增高，主要為中性中、晚幼和桿狀粒細胞，原始細胞（Ⅰ Ⅱ型）<5%～10%，嗜酸粒細胞和嗜堿粒細胞增多，可有少量有核紅細胞。
③增生明顯至極度活躍，以粒系增生為主，中、晚幼粒細胞核桿狀核粒細胞增多，原始細胞（Ⅰ Ⅱ型）<10%。
④有Ph1染色體。
⑤CFU-GM培養呈集落或集簇較正常明顯增加。
（2）加速期：幼年型與成人型的差別。
確診后第1年約10%的患兒進入加速期，少數患者于短期內即發展為急性白血病，常于數周內死亡。約2/3的患者確診后2～3年間發展為加速期。本期的主要表現為進行性貧血和由于溶骨性損害而發生骨痛、關節痛。凡出現下述2項者考慮已進入本期：
①不明原因的發熱、貧血、出血加重及（或）骨骼疼痛。
②脾進行性腫大。
③非藥物引起的血小板進行性降低或增高。
④血中及（或）骨髓中原始細胞（Ⅰ加Ⅱ型）>10%。
⑤外周血嗜堿粒細胞>20%。
⑥骨髓中有顯著的膠原纖維增生。
⑦出現Ph1染色體以外的其他染色體異常。
⑧對傳統的抗慢粒藥物治療無效。
⑨CFU-GM增殖和分化缺陷，集簇增多，集簇和集落的比值增高。
（3）急變期：75%～85%患兒持續1～5年(平均3.5～4.5年)進入急變期。少數病例在確診后僅數月即發生急變。偶有病例10多年后才發生急變。具備下述之一者可診斷為本期：
①外周血或骨髓中原始細胞（Ⅰ加Ⅱ型）或原淋加幼淋，或原單加幼單>20%。
②外周血中原始粒加早幼粒細胞>30%。
③骨髓中原始粒加早幼粒細胞≥50%。
④有髓外原始細胞浸潤。此期臨床癥狀、體征比加速期更惡化，CFU-GM培養呈小簇生長或不生長。急變中以急髓變為主，包括急粒變、急單變，偶見急紅變及急性巨核細胞變等。急淋變約占20%。