Science：便攜式DNA測序儀在檢測病毒疫情中大顯身手

　　在一項新的研究中，來自美國、尼日利亞、英國、德國、比利時、瑞士和新加坡的研究人員發現，隨著病毒疫情的爆發，利用便攜式DNA測序儀了解關于這種病毒疫情的更多信息是可能的。在他們發表在2019年1月4日那期Science期刊上的一篇標題為“Metagenomic sequencing at the epicenter of the Nigeria 2018 Lassa fever outbreak”的論文中，他們描述了他們對在尼日利亞最近發生的一次病毒疫情期間受影響的患者中的拉沙病毒（Lassa virus）DNA的分析，以及他們取得的發現。美國波士頓大學醫學院的Nahid Bhadelia針對這項新的研究在同期Science期刊上發表了一篇標題為“Understanding Lassa fever”的觀點（Perspective）類型論文。

圖片來自Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine (BNITM), Hamburg, Germany。

　　醫學科學家們一直擔心可能會出現一場大規模的流行病---一場可能導致全世界數百萬人甚至數十億人死亡的流行病。正因為如此，科學家們不斷尋找新工具來識別潛在的大流行性病毒并阻止它們。這樣的一個研究領域集中在快速識別病毒，更重要的是，發現它是否已進化為一種更危險的新毒株。目前，這個領域的主要技術是DNA測序，但是病毒疫情通常會在存在沒有配備DNA測序功能的實驗室的地方開始爆發。這導致人們開發小型便攜式設備，這樣就能夠將這些設備快速部署到感興趣的區域并立即加以使用。

　　在這項新的研究中，鑒于得知由拉沙病毒導致的拉沙熱（Lassa fever）病例在尼日利亞飆升，這些研究人員測試了這樣的一種稱為Oxford Nanopore MinION的DNA測序設備。當吃了已被受感染大鼠污染的食物時，或者在某些情況下吸入來自大鼠糞便中的懸浮顆粒時，人們就會感染上這種病毒。

　　這些研究人員前往拉沙熱疫情現場，開始收集患者的血液和組織樣本。他們總共收集了120例樣本，但是鑒于存在互聯網連接問題，他們僅能測試其中的36例樣本。不過這足以解答兩個最為緊迫的問題：患者人數突然增加是由于病毒變異導致的嗎？如果是這樣的話，它如今能夠在人際間傳播嗎？幸運的是，這兩個問題的答案都是否定的，這一發現允許衛生官員著重關注于大鼠控制，而不是設置隔離區。它還表明，便攜式DNA測序儀能夠在下一次大流行病失控之前，為阻止它提供急需的幫助。

　　參考資料：

　　L. E. Kafetzopoulou et al. Metagenomic sequencing at the epicenter of the Nigeria 2018 Lassa fever outbreak, Science (2019). DOI: 10.1126/science.aau9343.

　　Nahid Bhadelia. Understanding Lassa fever, Science (2019). DOI: 10.1126/science.aav8958.