3 甲基化干擾實驗
用來檢測蛋白質的結合位點。甲基化修飾的DNA探針可以干擾蛋白質的結合。結合位點上未被修飾的DNA片段才能與蛋白結合，然后將DNA從被修飾的堿基處切割，電泳分離，結合蛋白的DNA在結合位點上不能被修飾，不能切斷，可確定結合位點的位置。
4 Dnase I 足紋分析
蛋白質精確結合位點的研究方法。Dnase I 可以切割DNA中磷酸二酯鍵，而結合蛋白質的DNA免于Dnase I水解，不能被切割。
方法：選擇性末端標記DNA片段，加入蛋白質形成復合物，后加入Dnase I ，形成1個堿基的梯度，而蛋白質結合部位，留下空白。
5 隨機PCR
隨機PCR可以模擬體內DNA-蛋白質相互作用機制。動態地觀察DNA-蛋白質的結合情況。
隨機ＰＣＲ試驗的步驟
１）合成寡核苷酸：隨機序列區域
２）標記核酸成探針
３）進行多次凝膠滯后實驗
４）確定特異性探針后，進行克隆和測序，統計隨機序列區域各堿基出現的數量，
動態確定蛋白質結合部位。
6 核酸-蛋白質雜交
southwestern雜交。鑒定蛋白質與DNA特異性結合，確定結合蛋白質的分子量
7.蛋白質－核酸紫外交聯法
ＤＮＡ－蛋白質復合物經紫外線照射后，導致交聯。交聯的部位在ＤＮＡ的嘧啶堿基和蛋白質的多種氨基酸的側鏈基團。
紫外交聯使ＤＮＡ上的標記轉移到蛋白質上，進而可利用ＳＤＳ－ＰＡＧＥ測定其分子量。
七、蛋白質組及其質點的分離與分析
1 二維電泳（2-DE）
目前最有效的蛋白質分離技術。它包括等電聚焦凝膠電泳和SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳。前者根據電荷的差異，后者根據分子量不同將各種蛋白質和成分分離。
維電泳的原理
１）等電聚焦電泳：
兩性電解質含有脂肪族多氨基多羧酸，在電場中形成穩定的ＰＨ梯度，當蛋白質電泳到其等電點處，凈電荷為０，停留在此位置，進而將蛋白質分離開。現建立一種新的
IEF，使用固相ＰＨ梯度等電聚焦（IPG-IEF），它的分辨率比傳統IEF具有更高分辨率，分辨率可以達到0.001pH。
2）SDS-PAGE
SDS：十二烷基硫酸鈉是一種去污劑，從而使蛋白質獲得負電荷，因此屏蔽蛋白質，因此電泳遷移率僅與分子大小相關。
2-DE步驟：樣品制備、蛋白質的溶解、變性、還原以及去除、蛋白質雜質，IPG膠制備、雙向電泳、蛋白質的染色
蛋白質染色：
1）考馬斯亮藍染色：蛋白質常用的染色方法，靈敏度比銀染低，但利于蛋白質的圖譜分析。
2）銀染色：是一種靈敏度高、分辨率好、應用廣泛的方法。缺點是銀染條帶與蛋白質量不成比例，不便于蛋白質圖譜分析。銀染時常常造成蛋白質末端封閉，不能進行序列分析。
2.蛋白質芯片技術:
將蛋白質固定在硅物質表面,通過大分子之間的特異性識別和結合進行檢測.
3.質譜分析技術
原理:將樣品離子化,根據不同的質量和電荷差異確定分子量的技術。
應用:1）蛋白質序列分析：質譜形成的肽離子為母離子，與惰性氣體碰撞，使肽鏈中肽健斷裂，性成一系列碎片，進行序列分析；2） 蛋白質修飾分析
八、 蛋白質分子結構分析:
測定溶液中蛋白質結構:核磁共振、圓二色譜法、熒光光譜法等測定晶體蛋白質結構：X射線衍射分析法、小角中子衍射法。
九、蛋白質數據庫
（一）蛋白質序列數據庫
1.SWISS-PROT數據庫：蛋白質序列、文獻、分類等。
http://www.ebi.ac.uk/swissprot
2.PIR和PSD數據庫：最大的數據庫
htpp://pir.georgetown.edu
（二）蛋白質結構數據庫
1.蛋白質數據倉庫（PDB）：蛋白質分子的三維結構。（X光晶體衍射和核磁共振）
http://www.rcsb.org/pdb
2.蛋白質結構分類數據庫（SCOP）：蛋白質之間的關系
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
3.PROSITE數據庫：提供蛋白質位點和序列模式
http://www.expasy.ch/proside/
十、蛋白質組學研究：
1 用于疾病診斷的研究
2 發病機制的研究
3 致病菌耐藥性研究