本病預后和蟲株毒力及受感染者的感受性有關。
本病先天性的預后多較嚴重，不治療的病例的病死率約12%。最常見的后遺癥為視網膜脈絡膜炎，其次為腦內鈣化、精神障礙、腦積水、小腦畸形和抽搐等。
本病獲得性如及時治療，預后多較好。中等度急性獲得性如不治療，淋巴結腫大等癥狀可持續數月，但多無不良后果而自然消退。特異性治療可以縮短病程。多器官被侵犯時，特別有免疫抑制的病例，后果非常嚴重。
