隨著人們對營養健康的關注以及在果膠構效關系方面取得了一定的成績，于是人們試圖對果膠的一些結構進行人為的修飾，以得到某些具有特殊功能的果膠產品，這類果膠稱為修飾果膠或改性果膠（modified pectin，MP）。果膠可通過化學、物理和生物，包括酶法來改性。 目前對于果膠的改性已取得一些成績，這方面的研究也將是今后發展的一個趨勢。
果膠的改性多采用pH法。pH改性果膠是指把酸法提取的果膠進行堿處理（一般調pH至10），在相對溫和的溫度（50~60 ℃）下孵育一定的時間，大多研究采用60min，然后再調pH至酸性（一般調至3左右）。其主要原理是基于在中性或堿性條件下，尤其是升高溫度，果膠溶液會快速且大量降解，包括HG與RG主鏈糖苷鍵斷裂，對主鏈上的半乳糖醛酸部分進行脫酯化，分解支鏈上的中性糖等。反應的機制主要是首先果膠分子在堿性條件下發生β-消除反應和去酯反應，使得HG主鏈斷裂，生成一些聚半乳糖醛酸低聚物和RGI；然后在酸性條件下去掉一些支鏈的中性糖，尤其是阿拉伯糖殘基，最后的MP將是富含半乳糖鏈和阿拉伯聚半乳糖鏈的GI。