腎盞結石可在原位而不增大。亦可增大并向腎盂發展。當腎盞頸部梗阻時，導致腎盞積液或積膿，進一步引起腎實質感染、疤痕形成，甚至發展為腎周感染。腎盞結石亦可進入腎盂或輸尿管。結石可自然排出，或停留在尿路某一部位。當結石阻塞腎盂輸尿管連接處或輸尿管時，可引起急性完全性梗阻或慢性不完全性梗阻。前者在及時解除梗阻后，可無腎臟損害。慢性不完全性梗阻導致腎積水，使腎實質逐漸受損而影響腎功能。較大的腎盂結石對腎實質和腎功能的損害輕微。結石可損傷尿路粘膜導致出血、感染。在有梗阻時更易發生感染。感染與梗阻又可促使結石迅速長大或再形成結石。結石在腎盂或膀胱內偶可引起惡變。結石在腎內逐漸長大，充滿腎盂及部分或全部腎盞，形成鹿角形結石。可繼發感染，亦可無任何癥狀。
結石進入輸尿管時，常停留或嵌頓于生理狹窄處，即腎盂輸尿管聯接處、輸尿管跨越髂血管處及輸尿管膀胱聯接處。由于輸尿管內徑自上而下由粗變細，結石位于輸尿管下1/3處最為多見。
