伏格特-小柳-原田病應與能夠引起脈絡膜炎、脈絡膜視網膜炎、視盤炎、神經視網膜炎、全葡萄膜炎和復發性肉芽腫性前葡萄膜炎等類型鑒別，其中最重要的有交感性眼炎、類肉瘤病、眼內淋巴瘤等。
交感性眼炎
交感性眼炎無論從臨床表現上，還是從組織學上都與伏格特-小柳-原田病有很多相似之處，有助于鑒別的最重要的是交感性眼炎患者有眼球穿透傷或內眼手術的病史，但一些患者因眼球穿透傷輕微或由于受傷時間太久（有些交感性眼炎發生的潛伏期可長達數十年之久）而難以鑒別。
急性后極部多灶性鱗狀色素上皮病變
此病于1968年由Gass首次報道。患者在病毒感染后突然中心視力喪失，眼底后極部出現多發性黃白色扁平鱗狀病變，這些病灶常自發迅速消退伴視力恢復。此病在初發病時可與伏格特-小柳-原田病相混淆，但此病早期有彌漫性脈絡膜炎、視盤炎、神經視網膜炎的表現，并有全身性表現，熒光素眼底血管造影、吲哚青綠血管造影檢查有助于鑒別。
Lyme病所致的葡萄膜炎
此病典型地表現為雙側肉芽腫性虹膜睫狀體炎，也可出現中間葡萄膜炎，偶爾引起雙側全葡萄膜炎，伴有滲出性視網膜脫離。此外，患者尚可出現局灶性神經體征，如腦神經麻痹和視神經炎。患者多生活在森林地區，有蜱咬傷史、發熱、關節炎等病史。但伏格特-小柳-原田病一般有典型的葡萄膜炎進展規律，并有典型的早期彌漫性脈絡膜炎、脈絡膜視網膜炎等眼底改變。疾病后期出現DalenFuchs結節、晚霞狀眼底改變和復發性肉芽腫性前葡萄膜炎。糖皮質激素治療有較好的效果，但對Lyme病的效果尚不肯定。根據這些特點，一般易于將二者區別開來。
多灶性易消散性白點綜合征
此綜合征通常發生于青年女性，多為單側，其特征是視力突然降至0.1以下，常伴有傳入性瞳孔障礙，后極部出現位于外層視網膜或視網膜色素上皮的點狀病變，孤立存在，不發生融合，具有易消退、自限性等特點，常于6周內視力即可恢復至0.5～1.0。患者無前房炎癥反應，但玻璃體內可出現炎癥細胞，不出現脈絡膜增厚，熒光素眼底血管造影可見每一白點周圍出現花冠樣的強熒光區。在造影后期，病灶呈熒光素染色，也可有視盤染色，偶爾出現視網膜血管鞘。一般不會反復發作。根據這些特點，一般易與伏格特-小柳-原田病相鑒別。
后部鞏膜炎
此病多發生于女性，通常為雙側，可有疼痛、畏光、眼紅、視力下降或嚴重下降，玻璃體內可出現炎癥細胞，眼底改變可見環狀團塊、脈絡膜皺褶、視網膜條紋、視盤水腫、環狀的脈絡膜脫離等改變。脈絡膜增厚可是彌漫性的或局限性的，超聲波檢查顯示脈絡膜呈高反射性增厚。眼球后面變得扁平，后鞏膜和鞏膜上組織變厚及球后組織水腫。伏格特-小柳-原田病患者雖有脈絡膜增厚和鞏膜增厚，但其彌漫性脈絡膜炎、視盤炎、神經視網膜炎、脈絡膜視網膜炎相當常見，并且患者有前驅癥狀，后期出現典型的晚霞狀眼底改變、Dalen-Fuchs結節及復發性肉芽腫性前葡萄膜炎等改變。
葡萄膜滲出綜合征
此綜合征也可引起滲出性視網膜脫離，熒光素眼底血管造影顯示視網膜下間隙有一些熒光斑點，在恢復期則出現斑駁狀熒光，這些相似于伏格特-小柳-原田病。但葡萄膜滲出綜合征的滲出性視網膜脫離的發生是亞急性的或慢性進展性的，一般無炎癥改變或有輕微的炎癥表現。此綜合征雖可影響雙眼，但不是同時受累，滲出性視網膜脫離往往自動恢復。此種疾病進展過程和缺乏炎癥的表現以及無皮膚、毛發、神經系統改變等有助于鑒別診斷。青光眼、視網膜下新生血管膜形成等并發癥可影響患者的視力預后。
原發性白癜風
皮膚白癜風要與原發性白癜風鑒別，后者無眼和神經系統等異常。
白塞病
本病與白塞病鑒別時，除參考眼以外的皮膚、黏膜表現外，還可借助于血管造影和皮膚針刺試驗，不難鑒別。
