自1987年推行統一命名方案(nomenclature)以來到1996年，共經過四次修改與增補內容日趨完善。
簡而言之，細胞色素P-450超家族依次可分為家族、亞(或次)家族和酶個體3級。一般命名通則如下:細胞色素P-450縮寫成CYP(小鼠和果蠅用Cyp)CYP(Cyp)正體表示酶，CYP(Cyp)斜體表示相應的基因。根據酶蛋白一級結構中氨基酸的同源homology程度區分:同源度<40%者則歸入不同的家族family，家族用阿拉伯數字表示如cyp1、cyp1。每一家族進一步被區分為亞家族subfamily。在哺乳動物的亞家族中同源性>55%被歸入同一亞家族，并用大寫英文字母(或小鼠和果蠅用小寫英文字母表示)如CYP1A(Cyp1a)。最后在同一亞家族內根據酶被鑒定的先后順序，用阿拉伯數字編序用于區分不同的酶個體，如CYP1A1(Cyp1a1)。