常見細菌有沙門菌屬、志賀菌屬、大腸埃希菌、彎曲菌、耶爾森菌、金黃色葡萄球菌、副溶血性弧菌、艱難梭菌等，現介紹幾種近年來較受重視的病原菌。
1.大腸埃希菌
屬于埃希菌屬，腸桿菌科，短桿狀革蘭陰性菌，無芽胞，大多有鞭毛，運動活躍。在15～46℃均能生長，最適宜溫度為37℃，在水中可存活數周至數月，在冰箱中可長期生存。對酸有較強抵抗力，對高溫和化學消毒劑敏感，75℃以上1分鐘死亡。該菌是國際公認的衛生監測指示菌，在現代遺傳工程中也被用作主要的工程菌。與人類腹瀉有關的大腸埃希菌包括：腸致病型大腸埃希菌、腸產毒型大腸埃希菌、腸侵襲性型大腸埃希菌、腸出血型大腸埃希菌（EHEC）、腸集聚型大腸埃希菌。近年來造成美國、日本等許多國家暴發流行的出血性結腸炎主要為EHECO157:H7所致。
2.耶爾森菌
為革蘭陰性短小桿菌，無芽胞，兼性厭氧，在30～42℃均可生存。可產生熱穩定性腸毒素，121℃經30分鐘不被破壞，對酸、堿穩定。廣泛存在于自然環境中，經常可以從人類、動物、土壤、水及各種食品中分離出，煮沸、干燥及常規消毒劑可殺滅。
3.變形桿菌
屬腸桿菌科，革蘭陰性菌，多形性，無芽胞和莢膜，有周鞭毛，運動活躍，最適溫度為37℃，能產生腸毒素。該菌對外界適應力強，營養要求低，生長繁殖較迅速，存在于人及各種野生動物腸內，也存在于糞肥、土壤及水中，在魚、蟹及肉類中變形桿菌污染率較高。
4.艱難梭菌
為革蘭陽性桿菌，專性厭氧，有芽胞。能產生腸毒素，包括A和B兩種毒素，對酶作用有抵抗力，酶作用24小時后仍保留全部活性，B毒素較A毒素細胞毒性強。艱難梭菌原為人、畜腸道中的正常菌群，在嬰兒時帶菌率尤高。
5.類志賀鄰單胞菌
革蘭陰性菌，單獨或成雙存在，可呈短鏈或長絲狀，兼性厭氧，有動力，無芽胞和莢膜。與志賀菌有一些共同的生化反應和抗原結構，但毒力比志賀菌低得多。不耐高鹽，存在于淡水、溫血及冷血動物體內。
6.親水氣單胞菌
革蘭陰性桿菌，單鞭毛，無莢膜和芽胞。廣泛存在于自然界，河水、海水、供水系統中均可檢測到本菌。能產生溶血素、腸毒素和細胞毒素以及殺白細胞素、上皮細胞黏附因子、細胞原縮因子等毒力因子，還可產生多種胞外酶。
