該基因編碼轉錄因子成對盒（PAX）家族的一個成員。這個基因家族的核心特征是一個新穎的，高度保守的DNA結合基序，即成對盒。成對盒轉錄因子是早期發育的重要調節因子，其基因表達的改變被認為有助于腫瘤的轉化。該基因編碼B細胞系特異性激活蛋白，在B細胞分化的早期而非晚期表達。它在中樞神經系統和睪丸的發育中也有表達，因此編碼蛋白也可能在神經發育和精子發生中發揮作用。這個基因位于9p13，它參與了T（9；14）（p13；q32）易位，在漿細胞亞型的小淋巴細胞淋巴瘤和衍生大細胞淋巴瘤中復發。這種易位使得有效的IGH基因E-MU增強子與PAX5啟動子非常接近，這表明該基因轉錄的放松調控有助于這些淋巴瘤的發病機制。選擇性剪接導致編碼不同亞型的多個轉錄變體。