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  • 發布時間:2020-09-08 17:36 原文鏈接: 甲基化敏感性高分辨率熔解(MSHRM)

    DNA 甲基化是發生在DNA堿基序列上的一種共價修飾。在哺乳動物中,DNA甲基化主要發生在5'-CpG-3‘雙核苷酸序列的胞嘧啶上。在人類基因組中,大約有60%~70%的CpG胞嘧啶是甲基化的,其程度因不同的物種和細胞類型而異。DNA甲基化狀態在基因組中呈現出一定的分布模式,90%的甲基胞嘧啶位于重復序列上。CpG島廣泛分布于啟動子區域以及編碼基因的第一外顯子區。基因組這種甲基化譜式 (methylation pattern)在哺乳動物成體體細胞分裂時得到有效的維持,因而具有一定的穩定性。胞嘧啶甲基化這種共價修飾改變了DNA的結構特性與基因活動方式。

    靶序列上甲基基團的存在可以影響轉錄因子的結合,引起轉錄抑制,從而使該基因表達受到抑制。啟動子區CPG島的甲基化常常可以抑制該基因的轉錄,尤其是對于抑癌基因,凋亡相關基因,DNA修復基因等,啟動子區域發生甲基化會影響功能的發揮。不同的腫瘤組織基因甲基化狀態不一樣,可以作為早期檢測,監測腫瘤形成的重要標志物。對于某些特異基因的甲基化,更加重要,如DNA修復基因,可以引起對化療藥物的敏感,從而作為藥物治療療效的評價指標,指導臨床用藥。


    MGMT基因在許多腫瘤中被認為是抗腫瘤藥物治療的預測標記。MGMT啟動子腫瘤特異性甲基化,可以抑制MGMT蛋白的活性,從而使得腫瘤細胞對烷化類的抗腫瘤藥物敏感,因而被廣泛用于腫瘤化療治療。

    目前,甲基化檢測的方法很多,例如甲基化特異性PCR,Northern印跡法、Western印跡法、免疫細胞化學等,這些檢測方法由于需要花費大量時間,成本高等等,在臨床推廣應用時均存在一定的困難。最新報道了一種基于熔解曲線的高分辨率熔解(High Resolution Melt,HRM)的新方法,為甲基化的檢測帶來了新的曙光。

    高分辨率熔解(High Resolution Melt,HRM)是一種最新的遺傳學分析方法,主要是根據DNA序列的長度,GC含量以及堿基互補性差異,應用高分辨率的熔解曲線對樣品進行分析,其分辨精度可以達到對單個堿基差異的區分。主要是依賴于精確的檢測DNA雙鏈熔解熒光曲線,如同許多熒光PCR技術一樣,HRM是利用了特定的染料可以插入 DNA雙鏈中的特性,從而對樣品進行檢測,HRM源于熔解曲線,原理與普通熔解曲線分析是一致的,二者不同之處主要表現在升溫速率和所用的染料。


    由于HRM的目的是能夠對于單堿基差異進行區分,因此對溫度分辨率的要求很高。Corbett Life Science公司新推出的Rotor-Gene 6000,其高分辨率熔解曲線每步升溫0.02-0.1℃,儀器溫度的精確度可以更加準確地檢測熒光物質的改變。SYBR Green染料用于熒光PCR時,由于其本身屬于非飽和性染料,對PCR有抑制作用,因此,在實驗中的使用濃度很低,遠低于DNA雙螺旋結構中的小溝飽和的濃度,從而影響了檢測的分辨率。一批新型商業化飽和染料的出現,如LC Green、SYTO9等等,具有更強的DNA結合能力和很低的抑制作用,為這一技術的使用提供了更有效的保障,從而大大提高了分辨率。

    用HRM方法檢測MGMT啟動子區域內的甲基化狀態,可檢測低達0.1%的甲基化程度;并且可以根據已經甲基化程度的標準曲線對未知樣品的甲基化百分比進行測定。因此,HRM可以作為一種高靈敏度的甲基化檢測的新方法。除了可用于甲基化狀態的檢測,也可以廣泛用于基因突變的的研究,等位基因頻率分析,HLA基因組配型等等。

    HRM方法操作簡單、靈敏高、重復性高、成本低、不受檢測位點的局限高度等等優勢,將對于遺傳學、腫瘤學等方面的研究和臨床應用提供更大的幫助。


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