Nature雜志近日展開了一年一度的年終大盤點,評出了2015年的最佳評論文章。本次盤點選入了三名中國學者的兩篇文章,他們分別是北京大學的研究員湯富酬和研究員文路,以及云南大學的研究員馬曉婭。
湯富酬和文路在這篇文章中重點介紹了Grün等人開發的RaceID的算法,該算法能夠在復雜的細胞混合物中有效鑒定稀有細胞類型。
Grün等人從體外培養的小鼠“迷你腸”獲得238個細胞,并對它們進行了單細胞轉錄組測序。然而,標準聚類算法無法鑒別稀有細胞(分泌細胞譜系)中的亞類。他們為此開發了一種聰明的算法,RaceID。
RaceID假定給定細胞類型強力表達一些特異性的“異常值”基因。只要仔細排除技術和生物學噪音,就可以從測序數據中鑒定到這些基因。Grün等人通過RaceID鑒定了新的分泌細胞亞型,并且在體內驗證了它們的存在。
湯富酬和文路在文章中指出,通過研究者們的不懈努力下,不久的將來我們將能繪制完整的人體細胞譜系圖。(下接:Nature盤點本年度最佳評論文章)
作者簡介:
湯富酬研究員 2003年在北京大學獲理學博士學位,2004-2010年,英國劍橋大學Gurdon研究所博士后,2010年至今在北京大學生物動態光學成像中心任研究員。主要圍繞哺乳動物早期胚胎發育,研究胚胎干細胞和上胚層干細胞的自我更新能力和多能性調控的分子機理,特別是表觀遺傳學調控機理,以及相關的原始生殖細胞發育過程中的表觀遺傳學重編程機理。利用本實驗室發展的單細胞microRNA表達譜分析技術、基于深度測序的單細胞數字轉錄組分析技術、單細胞基因分型技術、以及染色體免疫共沉淀-深度測序技術、小鼠胚胎顯微操作技術深入分析多能性干細胞的動態基因表達網絡和表觀遺傳學調控。
文路 助理研究員 理學博士,中南大學醫學遺傳學國家重點實驗室,2004,遺傳學;醫學碩士,中南大學湘雅醫學院,2000,神經外科學;醫學學士,中南大學湘雅醫學院,2000,臨床醫學(七年制本碩連讀)。工作經歷:2005-2008,北京大學生命科學學院,博士后;2009-2010,中山大學生命科學學院,講師;2011-現在,北京大學生物動態光學成像中心,助理研究員
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