部省會商機制，是將地方發展需求與國家重大科技部署相結合的新型機制。我省自2009年2月與科技部建立部省會商機制以來，科技事業有了長足發展。2012年2月，科技部與海南省政府召開第二次部省工作會商會議，議定了四項主要議題：1.以現代服務業為重點加快高新技術產業發展，提升海南優勢產業核心競爭力；2.大力推動“南繁硅谷”發展，加快國家熱帶現代農業基地建設；3.加強海洋資源開發利用和生態保護，加快海南生態省建設；4.共同推動國際科技合作交流，推動海南科技合作示范基地建設。
科技部高度重視海南的科技工作，上一次工作會商會議以來，部省雙方緊密合作，海南科技工作取得重要進展。獲批建設我省第一家企業國家重點實驗室——特種玻璃國家重點實驗室。海南生態軟件園被認定為國家級科技企業孵化器。海口國家綠色科技產業國際創新園、國家中藥現代化科技產業（海南）基地獲得科技部批準。科技部支持我省開展了“金太陽”、“十城萬盞”和“節能與新能源汽車”等科技示范工程。在科技部的支持下，海南省實施了“海南國際旅游島生態環境保護關鍵技術及示范”等一批重大科技項目，三年來，海南省承擔國家各類科技計劃項目（課題）近700項，獲支持經費超過22億元（其中“金太陽”工程獲得15億元支持）。
在部省會商工作制度的推動下，我省對科技投入不斷加大，R&D投入從2011年的10.4億元增加到2014年的16.9億元，增長62.5%；科技部進一步加大了項目和政策上對我省高新技術產業發展的支持，截至2015年，全省高新技術企業總數達到169家，比2011年的75家增長125%。
基礎研究取得重要進展。973計劃“重要熱帶作物木薯品種改良的基礎研究”經過5年的實施，2014年底通過驗收，項目取得多個突破性科技成果，完成木薯野生祖先種和栽培種2個全基因組測序，覆蓋基因區遺傳密碼的95％，發現2.8萬余個共有基因模型，以及栽培與野生種中特有的基因。尤為重要的是，通過比較基因組和轉錄組，首次揭示了栽培木薯高光效、光合產物運輸及淀粉高效積累途徑基因的進化特征，據此提出了木薯碳硫分配和塊根淀粉高效積累模型，為木薯分子輔助育種奠定了良好的基礎。
熱帶農業和南繁種業科技加快發展。推進海南三亞國家農業科技園區建設，大力發展南繁種業，省政府與國家四部委共同發布《國家南繁科研育種基地（海南）建設規劃（2015-2025年）》，確定了26.8萬畝科研育種保護區。冬季瓜菜方面，在科技支撐計劃“主要冬種北運蔬菜高效栽培技術研究與產業示范”等項目的支撐和帶動下，2014年，海南全省冬季瓜菜種植面積穩定在300萬畝，總產量達465萬噸，出島量332萬噸，出島量超過70%，相當于全國平均每人每年消費海南冬季瓜菜2.4公斤。
推進了重點領域的科技創新。在科技部的大力支持下，我省實施了“區域智能電網綜合示范工程”、“觸摸屏特種玻璃、液晶玻璃基板生產技術應用開發”、“高通量納濾膜材料的規模化制備技術”等一批國家科技項目。在實施好國家重大項目的基礎上，3年來我省集中省財政科技資金近5億元，帶動企業、社會投入20億多元，組織實施了一批省重大科技項目，進一步增強了主導產業和龍頭企業的發展活力，推動了企業技術創新和產業技術升級。海南立昇凈水科技實業有限公司近年來承擔了多項863、支撐計劃項目，技術水平不斷提高，2015年10月，海南立昇公司以技術入股的方式參與俄羅斯凈水項目，實現了從產品出口到技術出口的跨越；海南中航特玻材料有限公司承擔國家支撐計劃、省重大科技等科研項目7項，近三年來累計投入科技經費6000萬元，申報ZL43項，公司成功實現國內浮法玻璃全氧燃燒技術重大突破，實現超厚超大超白玻璃的產業化，成為唯一生產出美國蘋果公司總部“飛船”大樓供應商，總包的阿爾及利亞800噸浮法玻璃生產線項目是海南第一個海外技術輸出項目。2015年獲批建設特種玻璃國家重點實驗室。
科技示范推廣應用效果明顯。實施海南省“膜法”飲水安康工程，運用國家863計劃和支撐計劃支持的超濾膜技術，在全省17個市、縣完成示范項目349宗，總投資1.36億元，其中省財政投入5526萬元，市縣財政投入8105萬元，受益人口85.18萬人；實施了“節能與新能源汽車”示范工程，完成了海口市國家節能與新能源汽車示范1050輛目標任務。經努力推動，2013年11月15日，海口市又新獲科技部、財政部等四部委批準列入全國“28個城市或區域開展新能源汽車推廣應用”項目。
此外，申報省部共建南海海洋資源利用國家重點實驗室工作得到科技部的大力支持，相關籌備工作正在進行；我省科技體制機制改革進展順利，已完成科技管理部門職責調整，在科技項目方面已整合形成五大科技計劃。其他各項科技工作穩步推進，形成了部省科技資源共同推動科技創新的良好局面，進一步提升了海南自主創新能力和相關產業的發展水平。