中國發布首個《NGS臨床腫瘤精準醫學診斷共識》

　　4月23日，中國臨床腫瘤學會（CSCO）和中國腫瘤驅動基因分析聯盟（CAGC）聯合發布了《二代測序（NGS）技術應用于臨床腫瘤精準醫學診斷的共識》（下稱共識），旨在為二代測序技術應用于臨床腫瘤驅動基因分析提供相關指導性建議，并規范臨床實踐。作為我國首個關于二代測序臨床腫瘤診治的共識，一經發布便引起了業內的高度關注，它的推出將對二代測序技術的規范化應用有很大的促進作用。

　　《共識》由癌癥遺傳學家、臨床腫瘤專家、生物信息學專家、病理學家等專家起草，主要針對臨床醫生、臨床醫院內部的檢驗部門以及第三方檢驗機構。內容涵蓋了二代測序技術質量需求、臨床腫瘤相關NGS檢測內容、樣本處理、測序流程、數據管理、信息學分析、結果報告解釋和咨詢以及知情同意書、NGS用于研究與診斷的區別、CAGC POI項目NGS測試的監管等9方面的內容。《共識》詳細內容將在CSCO官方網站上公開。

　　中國首部《二代測序（NGS）技術應用于臨床腫瘤精準醫學診斷的共識》與歐盟的《NGS診斷指南》

　　2015年歐盟率先出臺《NGS診斷指南》。該指南從目前發展水平、診斷/臨床的效用、知情同意書及對患者和醫生的通知、驗證、報告、研究與診斷之間的區別六個方向做了38個聲明，并發表于Nature子刊上。那么歐盟的《NGS診斷指南》與我國的首部《共識》有何共同之處？筆者根據新華網的報道，將兩者共同關注的焦點進行了歸類。

　　1NGS技術的應用現狀

　　由于技術發展迅猛導致了NGS平臺出現不穩定的現狀。然而，這不能作為阻止NGS應用于診斷領域的理由，因為從某種程度上說，NGS確實能給患者帶來了潛在的利益。中國的首部《共識》與歐盟出臺的《NGS診斷指南》均強調了NGS技術的應用現狀。

　　上海南方基因組中心王升躍教授對NGS技術要求進行了說明，強調了檢測需在通過審核驗收的臨床基因擴增檢驗實驗室進行，且各檢測實驗室應參加“NGS相關的室間質量評估項目”來提供和保證檢測的能力和質量。

　　歐盟的《NGS診斷指南》強調未根據最新指南要求進行可接受性驗證測試，NGS不應進入臨床實踐中；實驗室必須確定即將進行的測試是用于排除診斷還是證實診斷。

　　2NGS檢測內容

　　檢測內容是NGS診斷首先要明確的要點。《共識》中對臨床腫瘤相關的NGS檢測內容進行了規定。歐盟的《NGS診斷指南》強調，實驗室提供的每個NGS檢測應明確以下幾點，包括明確目標疾病，明確所檢測的基因名稱，明確可報告范圍，明確分析敏感度和特異性，如果可以，還應明確與臨床表型無關但與所檢測的基因相關的疾病。

　　3樣本管理

　　樣本的質量與許多參數有關，包括數據的產量、PCR拷貝和覆蓋的比例等。北京協和醫院梁智勇教授提出NGS檢測樣本處理均應有明確的SOP指導，組織DNA和血漿DNA樣本均應進行檢測前的質量控制分析。樣本的處理也是本次《共識》強調的主要內容之一。

　　歐盟的《NGS診斷指南》指出，由于NGS工作流程非常復雜，因此應建立樣本的追蹤方法，包括在實驗室和計算分析中實施并聯法；在評估分析處理中包括平臺驗證過程應建立樣本追蹤方法和設置樣本識別條形碼。

　　4信息學分析

　　信息學分析是試驗數據走向臨床應用的關鍵步驟之一，《共識》對NGS數據的產生、管理和生物信息學方面提出了建議。然而，具體建議需等CSCO官方網站詳細公布。

　　歐盟《NGS診斷指南》指出，顯然每種測序技術都存在著優缺點，生物信息學工具必須能反映這些特征；生物信息學流程必須針對所使用的技術平臺；任何化學成分的改變、濃縮方法或生物信息學分析平臺應該保證后續的有效性；診斷實驗室必須驗證所有的生物信息學流程（公用工具或商業軟件包）的標準信息設置，以確保相關數據更改后（新版本）及時跟進；診斷實驗室應使用當前注釋相關變異體的結構化數據庫。

　　5臨床報告

　　NGS檢測結果報告的清晰性和一致性至關重要，因為實驗室的報告不僅給專家閱讀，還可能給非專家閱讀。《共識》同時配發《NGS檢測報告格式化模板》用以指導檢測結果的臨床報告，目的是確保檢測方以標準化、全面充分但又簡明易懂的方式為臨床醫生提供信息，協助其用于患者的靶向治療方案的決策。

　　歐盟《NGS診斷指南》對檢測結果報告做了相關聲明。NGS的分析報告應對患者的鑒別診斷進行總結，簡要描述測試，總結結果，將主要結果放于報告首頁。所有致病（5類）或可能致病（4類）的變異必須包含在報告中，由當地政策決定是否報告未分類的變異（UVs-3類），且實驗室科學家及臨床醫生必須清楚UVs-3類變異；需發起收集和分享可用信息的群體活動，最終目的是將變異體絕對分類為致病性（5類）或良性（1類）；被實驗室或研究所采納的與直接結果和二次結果相關的政策必須體現在實驗室的實踐和報告中。

　　6診斷目的和研究目的的區別

　　隨著全基因組測序在研究和診斷領域的應用增加，兩者之間的界線也越來越模糊，因此有必要描述兩者之間的區別。《共識》特別使用單獨章節明確區分了診斷目的和研究目的的NGS檢測。《共識》定義，前者是為了回答患者腫瘤是否存在特定的基因變異狀態，以協助臨床及藥物治療決策，這種檢驗需要在得到認證的實驗室開展；而后者是針對某種“研究假設”開展的檢測，結果通常不具有明確的臨床意義，因此需要在進一步診斷條件下確證才能納入患者的醫療記錄。且兩者均需建立數據庫。

　　歐盟《NGS診斷指南》在談及NGS診斷目的和研究目的的區別時指出任何診斷測試都是為了回答與患者醫療條件相關的臨床問題；研究測試是一種驅動假設，結果可能僅限于參與研究的患者的臨床效應；通過分析外顯子或基因組得出的診斷測試結果可假設生成；當以單一患者的診斷為的目的診斷檢測應在獲認可的實驗室中進行，研究結果必須在通過認證的實驗室確定后方可轉移至患者身上；所有來自健康個體的診斷測試或研究測試的變異頻率都應共享；所有的變異報告應提交供聯盟、地區、國家或國際數據庫共享。

　　7知情同意書

　　知情同意書是NGS檢測必不可少的環節。《共識》要求，患者在接受檢驗前需知情同意、獲得相關遺傳學咨詢，以確保患者知曉基因檢測的目的、利弊以及測試的局限性。

　　歐盟的《NGS診斷指南》規定在執行NGS診斷檢測之前，臨床（遺傳）中心需要建立一個“直觀結果和二次結果的協議”，該協議必須與倫理委員會的意見相符，應明確——在實驗室、研究所或國家層面上——除了最初的診斷結果，患者對檢測出來的額外結果的告知是否有選擇決定權，還應詳細說明檢測直觀結果與疾病攜帶狀況是否出現在檢測報告中。實驗室必須確保能妥善管理協議中的每一條選項；關于與目標疾病無關的其他疾病攜帶狀態和二次結果是否被告知的選項協議，如果臨床中心或實驗室決定為患者提供，那么該協議應該包含所有的邏輯性；應讓患者清楚當地對直觀結果與二次結果的管理政策；建議給患者提供一份書面說明書或在線可用信息說明。