基因組編輯技術CRISPR/Cas9被《科學》雜志列為2013年年度十大科技進展之一,受到人們的高度重視。CRISPR是規律間隔性成簇短回文重復序列的簡稱,Cas是CRISPR相關蛋白的簡稱。CRISPR/Cas最初是在細菌體內發現的,是細菌用來識別和摧毀抗噬菌體和其他病原體入侵的防御系統。
在CRISPR/Cas9系統中,酶Cas9在DNA靶位點上進行切割,其中這種靶位點是這樣確定的:一種被稱作CRISPR RNA(crRNA)的RNA分子利用它的一部分序列與另一種被稱作tracrRNA的RNA分子通過堿基配對結合在一起,形成嵌合RNA(tracrRNA/crRNA),然后,借助crRNA的另一部分序列與靶DNA位點進行堿基配對,以這種方式,這種嵌合RNA就能夠引導Cas9結合到這個靶位點上并進行切割。在實際應用時,人們可以將tracrRNA和crRNA作為兩種向導RNA(gRNA)或者融合在一起形成單向導RNA(single guide RNA, sgRNA),并被用來引導酶Cas9結合到靶DNA序列上并進行切割,其中Cas9與sgRNA一起被稱作Cas9-sgRNA系統。
進一步的研究還證實,CRISPR/Cas9的基因組編輯能力只有在被稱作前間隔序列鄰近基序(protospacer adjacent motif, PAM)的短片段DNA序列的存在下才成為可能。只有DNA靶位點附近存在PAM時,Cas9才能進行準確切割。再者,PAM的存在也是激活酶Cas9所必需的。
接下來,小編列舉最近一段時間CRISPR/Cas9基因編輯領域取得的重大進展。科學家們利用CRISPR/Cas9技術進行改造,提高其基因編輯特異性,或提高基因編輯通量,或用于治療疾病,或用于檢測不同的病毒毒株,或用于構建疾病模型,或用于對細胞中的內源性蛋白進行標記。
1. Nature子刊:首次利用CRISPR/Cas9在體內成功切除HIV DNA片段
作為一種RNA病毒,HIV是一種逆轉錄病毒。當感染人細胞(主要是CD4+ T細胞)時,它會將自身的RNA逆轉錄為DNA后插入到宿主基因組中以便進行復制和合成新的病毒顆粒。
在一項新的研究中,來自美國天普大學劉易斯-卡茨醫學院的研究人員利用基因編輯技術首次成功地從活的動物基因組中切除HIV-1 DNA中的一段序列。這一突破是開發一種潛在地抵抗HIV感染的治療策略的關鍵一步。相關研究結果發表在2016年5月19日那期Gene Therapy期刊上,論文標題為“Excision of HIV-1 DNA by gene editing: a proof-of-concept in vivo study”。 論文通信作者、天普大學劉易斯-卡茨醫學院神經病毒學中心主任Kamel Khalili博士解釋道,“在這項概念驗證的研究中,我們證實我們的基因編輯技術能夠高效地應用于兩種小型模式動物的很多器官中,而且能夠將HIV病毒DNA的較大片段從宿主細胞基因組中切除。”
這項最新研究的設計目的是專門測試這種基因編輯技術是否也能夠清除轉基因大鼠和小鼠體內的HIV-1,其中HIV DNA已被整合進這兩種實驗性轉基因動物的每個器官每個細胞的基因組中。為了讓這種基因編輯技術應用于活動物體內的細胞中,Khalili博士和同事們使用重組腺相關病毒(rAAV)載體運送系統。他們也對這種基因編輯系統進行基因改造以便能夠切割整合到宿主細胞基因組中的HIV-1 DNA,從而導致病毒DNA片段從宿主基因組中切除。
在利用rAAV載體運送系統將 CRISPR/Cas-9分子運送到這兩種轉基因動物的血液中兩周后,研究人員分析了從這些動物體內收集的組織中的HIV-1 DNA。分析結果證實在包括大腦、心臟、腎臟、肝臟、肺部和脾臟在內的每個組織中以及血細胞中,HIV-1 的特定DNA片段都被從病毒基因組中切除。在分析模式大鼠體內的病毒RNA時,研究人員證實這一策略顯著地降低循環淋巴細胞和淋巴結中的HIV-1 RNA水平,這就表明病毒基因組片段切除顯著地影響攜帶整合性病毒DNA的細胞中的HIV-1基因表達。
這項新研究的臨床影響是深遠的。這種基因編輯平臺本身可能能夠根除病人體內的HIV-1 DNA,但是它也是高度靈活的,可能能夠潛在地與現存的抗逆轉錄病毒藥物組合使用從而進一步抑制病毒RNA復制。它可能也能夠經改造后靶向作用于發生突變的HIV-1毒株。(Gene Therapy, doi:10.1038/gt.2016.41)
2. Nature子刊:利用CRISPR/Cas9清除人T細胞基因組中的HIV-1
人免疫缺陷病毒(HIV)導致獲得性免疫缺陷綜合征(AIDS),即艾滋病。在一項新的研究中,來自美國天普大學路易斯-卡茨醫學院(Lewis Katz School of Medicine at Temple University)的研究人員開發出一種特定的基因編輯系統CRISPR/Cas9,從而為最終治愈HIV感染鋪平道路。他們證實利用這種基因編輯系統能夠有效地和安全地將這種病毒從在體外培養的人T細胞的DNA中清理掉。相關研究結果于2016年3月4日在線發表在自然出版集團旗下的Scientific Reports期刊上,論文標題為“Elimination of HIV-1 Genomes from Human T-lymphoid Cells by CRISPR/Cas9 Gene Editing”。
治愈HIV/AIDS---自從上個世紀八十年代首次發現HIV以來,它已奪去了2500萬多人的生命---是HIV研究的最終目標。但是一旦它整合進CD4+ T細胞---HIV感染的主要細胞---的基因組后,清除這種病毒已被證明非常困難。近期的努力有意專注于重新激活HIV以便觸發強勁的免疫反應從而能夠從被感染的細胞中根除這種病毒。然而,在此之前,這些“激活并殺死(shock and kill)”方法中沒有一種獲得成功。
Khalili博士和同事們決定嘗試著一種不同的方法:利用一種獨特的定制基因編輯系統CRISPR/Cas9特異性地靶向HIV-1前病毒DNA(整合到宿主細胞DNA中的病毒基因組)。他們的系統包括一種特異性地靶向T細胞基因組中HIV-1 DNA的向導RNA(gRNA),和一種切割T細胞DNA鏈的核酸酶Cas9。一旦Cas9在基因編輯過程中刪除HIV-1 DNA序列,那么T細胞基因組的松散末端被該細胞自身的DNA修復機制重新連接在一起。
在這項新的研究中,他們著重研究HIV潛伏地和有效地感染的人CD4+ T細胞,并證實這種技術不僅將這種病毒從T細胞中清除,而且在HIV-1已被根除的T細胞中,這種系統的持續存在阻止它們再次感染。更為重要的是,他們在體外開展實驗,先將來自HIV感染者的T細胞在體外進行培養,隨后證實利用這種基因編輯系統處理這些T細胞能夠抑制病毒復制和顯著地降低病人T細胞中的病毒載量。(Scientific Reports, doi:10.1038/srep22555)
3. Cell:利用CRISPR/Cas9系統精確標記發育大腦中的內源性蛋白
在一項新的研究中,來自美國馬克斯普朗克佛羅里達神經科學研究所(Max Planck Florida Institute of Neuroscience, MPFI)的Ryohei Yasuda博士和他的團隊開發出一種被稱作SLENDR的方法,這種方法允許對活組織樣品中的神經元DNA進行精確修飾。利用這種新技術,研究人員能夠可靠地在同一個細胞中利用不同的顏色同時對兩種不同的蛋白進行標記。他們利用多種成像方法和DNA測序證實這種SLENDR方法真正地和準確地敲入基因。相關研究結果于2016年5月12日在線發表在Cell期刊上,論文標題為“High-Throughput, High-Resolution Mapping of Protein Localization in Mammalian Brain by In Vivo Genome Editing”。SLENDR的全稱為CRISPR/Cas9介導同源重組修復對內源性蛋白進行單細胞標記 (single-cell labeling of endogenous proteins by CRISPRCas9-mediated homology-directed repair)。
盡管CRISPR系統強大的基因編輯能力讓人印象深刻,但是它很少在操縱腦細胞DNA中取得成功,這是因為在大腦形成時,它的細胞不再分裂。盡管科學家們能夠利用CRISPR相對容易地敲除大腦中的某些基因,但是細胞分裂的缺乏使得他們很難通過HDR可靠地和精確地敲入所需的基因。
為此,Yasuda和他的團隊開發出一種他們稱之為SLENDR的方法,該方法能夠被用來準確地修飾活組織樣品中的神經元DNA。在實驗性模型中,研究人員選擇子宮內電穿孔技術,該技術允許他們將CRISPR/Cas9系統插入到仍然在發育和分裂的胎兒期腦細胞中。因此,發生斷裂的DNA仍然通過HDR進行修復,這就允許研究人員導入一種能夠在顯微鏡下可視化觀察感興趣蛋白的基因。他們甚至能夠可靠地在同一個細胞中利用不同的顏色同時對兩種不同的蛋白進行標記。他們利用多種成像方法和DNA測序證實這種SLENDR方法真正地和準確地敲入基因。
在測試這種新技術時,研究人員觀察到蛋白激酶C(protein kinase C, PKC)α亞型的一種之前未曾描述的行為。在發育早期,大約在出生7天后,PKC α亞型被發現在神經元細胞膜中簇集,這提示著它是高度有活性的,然而在出生一個月后,它在整個神經元中廣泛地擴散,這提示著在發育后期,它不再是高度有活性的。(Cell, doi:10.1016/j.cell.2016.04.044)
4. Cell:開發出低成本的基于CRISPR/Cas9的紙片診斷系統快速檢測寨卡病毒
在一項新的研究中,一個由多個機構組成的由美國哈佛大學維斯生物啟發工程研究所(Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering)合成生物學家James Collins博士領導的國際小組開發出一種低成本的基于試紙的快速診斷系統,該系統能夠毒株特異性地檢測寨卡病毒(Zika virus, ZIKV),而且它可能很快被用來在現場篩查血液、尿液或唾液樣品。相關研究結果于2016年5月6日在線發表在Cell期刊上,論文標題為“Rapid, low-cost detection of Zika virus using programmable biomolecular components”。Collins是這篇論文的通信作者。
基于Collins和他的研究團隊之前的研究,Collins團隊與來自美國麻省理工學院、布羅德研究所、哈佛醫學院、亞利桑那州立大學、威斯康星大學麥迪遜分校、波士頓大學、康奈爾大學、加拿大多倫多大學和Addgene公司的研究人員合作,在6周時間內開發出這種快速診斷測試系統原型,并且描述了他們的檢測方法。
考慮到現場使用,Collins團隊設計一種簡單的模塊化工作流程,由三個步驟組成:擴增、寨卡病毒檢測和CRISPR-Cas9輔助的毒株鑒別。作為一種源自細菌免疫系統的基因編輯機制,CRISPR-Cas9能夠被用來尋找整個基因組序列,以便發現獨特的遺傳特征序列。利用CRISPR-Cas9優異的序列識別能力,這種診斷系統的第三部分就是CRISPR-Cas9輔助的基于紙片的診斷模塊以便區別不同的遺傳特征序列最少只相差一個核苷酸的毒株。
一旦樣品中的RNA通過使用酶和引物的混合物進行擴增后,將一滴擴增產物溶液加入到凍干的含有細胞組分和生物蛋白的紙片上。含有擴增RNA的這滴溶液激活凍干的組分以至于紙片改變顏色,從而指示ZIKV陽性結果。盡管這種結果的肉眼讀取方式類似于早孕測試紙,但是一種經過特殊設計的電子閱讀器也能夠被用來更快地獲得結果,而且有朝一日可能能夠被用來定量檢測樣品中的病毒載量。
如果檢測到ZIKV,那么第三步涉及將樣品與凍干的CRISPR-Cas9混合在一起,然后利用這種混合液潤濕另一組可改變顏色的紙片。依賴于樣品中含有的ZIKV毒株,這些紙片經歷另一系列肉眼可觀察到的顏色變化。盡管合成生物學家和遺傳工程學家通常將CRISPR-Cas9放入在活細胞內發揮功能,但是Collins團隊發現當在體外凍存時,它也能夠發揮功能,而且在一些情形下甚至具有更好的功能。(Cell, doi:10.1016/j.cell.2016.04.059)
5. Nature:科學家利用CRISPR-Cas9技術成功構建出細胞疾病模型
為了闡明特殊基因錯誤如何引發疾病,科學家們需要在細胞中進行實驗來研究具體突變對細胞的影響,如今來自洛克菲勒大學(Rockefeller University)和紐約干細胞研究所等機構的研究人員通過研究,利用基于CRISPR的基因編輯技術成功在細胞中重現了疾病發生的過程,相關研究刊登于國際著名雜志Nature上。
研究者Marc Tessier-Lavigne說道,這種新型技術可以幫助科學家們直接精確地將引發疾病發生的基因植入細胞中,從而獲取細胞模型來進行更為深入的研究,這就為后期開發一系列人類疾病的新型療法提供了新的希望,比如治療阿爾茲海默氏癥等。
文章中研究人員Dominik Paquet及其同事首次嘗試利用CRISPR-Cas9技術在細胞中插入兩種遺傳突變,而這兩種遺傳突變和引發阿爾茲海默氏癥疾病的β淀粉樣蛋白的產生直接相關,隨后研究者發現,這種方法的成功率較低,僅有一小部分細胞會攜帶上理想的基因突變。主要的問題就是CRISPR-Cas9可以持續切割細胞的DNA,而細胞的自身修復細胞會不斷修復每一個切割處直到細胞產生一種可以抑制切割的錯誤,而這種錯誤一旦產生就會在細胞中不斷產生很多新型未知的問題。
隨后科學家們評估了另外一種方法,即引入大塊的突變來抑制后期的切割現象,通過在CRISPR-Cas9靶向檢測的DNA不同部位中引入大塊突變后,研究者發現這可以明顯減少意外錯誤產生的數量。當研究人員利用CRISPR-Cas9引入阿爾茲海默氏癥的任意一種遺傳突變后,他們仔細觀察遺傳序列后發現了一種特殊的模式,也就是說在CRISPR-Cas9切割位點和研究者引入受體細胞的突變之間存在一段序列上的距離。
隨后研究者Kwart說道,序列距離較短會產生出更易于包含兩種突變的細胞,而隨著距離增加,編輯的成功率就會降低,而一種突變的比率和其原始基因版本的峰值之間的距離就會開始拉大;更為重要的是研究者發現了特殊的距離關系,這樣他們就有可能制造出大量的雜合細胞;而利用上述技術研究人員就可以對干細胞的基因組進行編輯使細胞包含兩種阿爾茲海默氏癥基因中的任意一種,隨后誘導這些干細胞轉化成為神經元細胞并且產生大量β淀粉樣蛋白,從而模擬阿爾茲海默氏癥的疾病表現。(Nature, doi:10.1038/nature17664)
6. Genome Res:新方法讓CRISPR-Cas9飛得更高
CRISPR-Cas9是一種非常優秀的工具 ,但是這種技術也并不完美。在使用時,它有時會在未曾預料的脫靶位點上產生插入和缺失(insertions and deletions, indel)。鑒于預料之外的基因切割可能導致意想不到的突變,因此檢測CRISPR-Cas9基因編輯過程中發生的任何錯誤是至關重要的。
在一項新的研究中,Jin-Soo Kim團隊提供一種被他們稱作多重Digenome-seq (digested genome sequencing,即酶消化基因組測序)的工具,能夠同時地繪制出幾種CRISPR-Cas9核酸酶的全基因組特異性,并且能夠很快地和低成本地發現想要的和不想要的indel。相關研究于2016年1月19日提前發表在Genome Research期刊上,論文標題為“Genome-wide target specificities of CRISPR-Cas9 nucleases revealed by multiplex Digenome-seq”。
論文第一作者Daesik Kim解釋道,“Digenome-seq不同于其他的基于細胞的方法,這是因為它在體外而不是在細胞內檢測不含細胞的基因組DNA上的切割位點。”利用不含細胞的DNA的優勢在于它產生精確的分析結果,這是因為通常在細胞中發現的染色質不會干涉這一分析過程。再者,在研究前,待研究的DNA并不需要利用PCR進行大量擴增,因此Digenome-seq比之前的方法更加簡單、快速和廉價。Digenome-seq靠將不含細胞的靶DNA與Cas9核酸酶和單向導RNA(sgRNA)在體外結合在一起而運作。sgRNA引導Cas9到DNA上的靶位點和脫靶位點上,在那里,Cas9 能夠進行切割。
在這項研究中,研究人員利用多重Digenome-seq工具在體外鑒定出能被切割的靶位點和脫靶位點,從中找出上百個能夠潛在導致意料之外突變的脫靶位點,并在細胞內測量了這些脫靶位點的indel發生頻率。他們然后利用一種他們自己開發的被稱作脫靶效應指數(off-target effect index, OTI)的體系對它們的準確性進行評分。OTI體系會比較每種sgRNA的脫靶頻率(off-target frequency)與在靶頻率(on-target frequency)的比值。
不同于Jin-Soo Kim團隊去年發表在Nature Methods期刊上的單重Digenome-seq工具(論文標題為“Digenome-seq: genome-wide profiling of CRISPR-Cas9 off-target effects in human cells”),即一次只能分析一種sgRNA,多重Digenome-seq可同時分析多種sgRNA從而能夠同時檢測它們的靶位點和脫靶位點。這種多重分析過程比之前的方法更加迅速、高效和節約成本。除了快速外,多重Digenome-seq也能夠比諸如HTGTS或Guide-seq之類的其他方法檢測出更多的脫靶位點indel。(Genome Research, doi:10.1101/gr.199588.115)
7. PNAS:CRISPR-Cas9系統構建心臟衰竭小鼠模型
突變體小鼠模型為我們研究個別基因對發育、生理以及疾病發生等科學問題提供了極大的便利。然而,傳統的小鼠突變體模型構建是一項十分耗時耗力的工程。最近的CRISPR-Cas9系統對于動物體的遺傳修飾是一項革命性的突破。
最近,來自西南醫學中心再生醫學研究中心的Eric N. Olson研究組構建了在心肌細胞中特異性表達Cas9的小鼠,之后利用腺病毒介導的針對Myh6基因的sgRNA的感染,成功得到了心肌細胞特異性Myh6基因敲除的小鼠。相關結果發表在最近一期的《PNAs》雜志上。
首先,作者介紹了他們構建Myh6基因條件性敲除小鼠的過程,方法已經在上述內容中介紹過了。之后他們通過生化與成像的方法證明該小鼠在心肌細胞內Myh6基因得到了敲除。
進一步,作者發現這一突變體小鼠患有心臟衰竭與異常肥大癥。相比野生小鼠,突變體小鼠心肌縮短率有明顯的降低。之后,作者從小鼠體內分離出Cas9陽性的心肌細胞,進行體外sgRNA刺激。結果顯示,Myh6特異性的sgRNA誘導能夠造成心肌細胞的增大與延長。
綜上,作者利用心肌細胞特異性CRISPR-cas9基因編輯技術構建了小鼠心臟疾病模型,該技術對于后續的組織特異性基因修飾具有重要的指導意義。(PNAS, doi:10.1073/pnas.1523918113)
8. Science:科學家利用CRISPR技術或可成功治療人類遺傳性疾病
如今科學家已經可以利用CRISPR技術成功治療患杜氏肌營養不良癥的成體小鼠了,而這也首次證明了CRISPR技術可以成功治療活體動物機體的遺傳性疾病,為后期開發潛在的人類遺傳疾病的治療手段或會帶來一定幫助。此前來自杜克大學的研究人員利用CRISPR技術成功修正了杜氏肌營養不良癥病人培養細胞中的遺傳突變,而其它實驗室也在實驗室的條件下修正了單一胚胎中的突變基因。
這項刊登在國際雜志Science的研究論文中,來自杜克大學的研究人員通過名為腺伴隨病毒(AAV)來運輸基因編輯系統,成功克服了當前該領域的多種技術障礙。本文研究中研究者討論了利用CRISPR技術糾正人類胚胎中的遺傳突變,而其同時也引起了多方的關注;但利用CRISPR技術來修正患者受影響組織中的遺傳突變目前并沒有被討論。
該項研究中,研究人員利用小鼠模型進行研究,小鼠模型機體的肌營養不良蛋白基因的一個外顯子出現了一定的突變,研究者就對新型的CRISPR/Cas9系統重編程來切斷這種異常的外顯子,使得小鼠機體自然的修復系統可以對存留的基因進行修正從而產生縮短但功能正常的外顯子基因。
研究者Gersbach及其研究小組首次將這種療法應用于成體小鼠的腿部肌肉中,從而成功恢復了小鼠機體中功能性的肌營養不良蛋白并且增加了其肌肉的強度,隨后研究者將CRISPR/AAV組合注射到了小鼠的血液中讓其流到每一個肌肉組織中去,結果顯示這些血液流經的肌肉組織的功能都得到了一定的修正,其中就包括心臟組織。(Science, doi:10.1126/science.aad5143)
9. Science重大突破:攻克CRISPR-Cas9基因組編輯的主要障礙
來自麻省理工學院-哈佛醫學院Broad研究所和麻省理工學院McGovern腦研究所的研究人員,設計改造了革命性的CRISPR-Cas9基因編輯系統,大大減少了“脫靶”編輯錯誤。這一完善的技術解決了使用基因組編輯時面對的一個主要技術問題。
CRISPR-Cas9系統是通過對細胞的DNA進行精確地靶向修飾來發揮作用。借助于與靶位點序列相匹配的一段短RNA分子,Cas9蛋白可改變指定位點的DNA。盡管Cas9能夠高度有效地切割它的靶位點,這一系統有一個主要的缺點:就是一旦進入到細胞中,它可以結合并切割額外的非目標位點。這有可能會造成意外的編輯,完全改變基因表達或是敲除掉某一基因,導致癌癥形成或其他的問題出現。
在發表于《科學》(science)雜志上的一篇新研究論文中,張鋒(Feng Zhang)和同事們報告稱,在構成化膿性鏈球菌Cas9酶的約1,400個氨基酸中,他們通過改變3個氨基酸將“脫靶編輯”顯著減少至無法檢測到的水平。
張鋒和同事們利用Cas9蛋白的結構知識:負電荷的DNA結合到了Cas9蛋白一個正電荷的凹槽中,來減少了脫靶切割。知道了這一結構,科學家們可預測出用一些中性氨基酸來替代正電荷的氨基酸,相比于“靶向”序列,可以大大減少Cas9與“脫靶”序列的結合。
在試驗了各種可能的改變后,張鋒研究小組發現三個氨基酸突變可大大減少“脫靶”切割。利用測試的導向RNAs,研究人員證實“脫靶”切割已降低至檢測不到的水平。(Science, doi:10.1126/science.aad5227)
10. Nat Methods:新技術可大大改善CRISPR/Cas9系統的準確率
美國麻省大學醫學院的科學家開發的新型CRISPR/Cas9技術可以足夠精確地在幾乎任何基因組的位點處對DNA進行切割,同時還可以避免潛在的在標準CRISPR基因編輯技術中發現的有害的脫靶性改變,近日,研究者通過將CRISPR/Cas9系統同可編程的DNA結合結構域(CRISPR/Cas9-pDBD)相結合,開發出了一種附加的校對步驟,其可以有效改善基因編輯系統的精確性,同時為開發潛在的基因療法提供希望,相關研究刊登于國際雜志Nature Methods上。
研究者Scot Wolfe博士表示,標準的CRISPR/Cas9系統善于在體外利用單鏈引導的RNA來對基因組進行切割,理想狀況下這種技術可以應用于大部分的基因療法中,包括對大量細胞進行編輯來盡可能減小對基因組的附帶損傷;文章中研究人員給CRISPR/Cas9系統中添加了一種額外的校對步驟,通過將鋅指DNA結合結構域融入到CRISPR/Cas9系統中就可以明顯改善CRISPR/Cas9系統的精確性,大約可以改善大約100倍的精確性。
如今研究人員正在開發新型的核酸酶平臺用于切除感染細胞中的潛在的HIV原病毒,同時修飾引發慢性肉芽腫病的遺傳突變。文章中科學家們利用人工引導的RNAs來對CRISPR/Cas9進行重編程從而清除哺乳細胞基因組中的特殊序列,也可以在細胞的遺傳信息中插入新的片段,因此CRISPR/Cas9系統是一項革命性的醫學進步,其可以很容易地對細胞中的基因進行失活的活化操作。
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