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  • 發布時間:2017-04-06 15:38 原文鏈接: 百趣生物:代謝組學檢測領域的先行者

      --訪上海百趣生物醫學科技有限公司總經理鄧軍亮

      代謝組學是繼基因組學和蛋白質組學之后新近發展起來的一門學科,是系統生物學的重要組成部分。成立于2012年的上海阿趣生物科技有限公司(上海百趣生物醫學科技有限公司全資子公司)是國內代謝組學和蛋白質組學檢測方面的先行者之一,為近千家科研院所和相關企業提供過檢測服務。近日,分析測試百科網采訪了上海百趣生物醫學科技有限公司(以下簡稱百趣)總經理鄧軍亮。

      上海百趣生物醫學科技有限公司總經理 鄧軍亮

      盯住小分子分析

      “生物的研究對象可以分為基因、蛋白和小分子代謝三個主要層面,基因和蛋白大家比較重視,小分子和化學相關性比較大,沒有得到大眾的重視。”鄧軍亮說,鄧軍亮和他的兩個創業伙伴判斷:既然大家都在做基因做蛋白,總有人要做小分子,因此決定創立百趣,做小分子方向。

      “創業之初風險很大,因為很多人不了解小分子,也不重視。很多課題的檢測需求都是以基因蛋白為主,很少涉及到小分子。”鄧軍亮說,“精準醫療的盛行,明確提出了基因組學、蛋白質組學和代謝組學,在國際上形成了熱度,小分子也慢慢開始被行業內接受,研究者開始多起來,現在有很多代謝組學的相關企業創立,而百趣起步比較早,因此在細分領域內已經占得先機。”

      七大優勢成就百趣優質服務

      鄧軍亮總結了百趣自身的優勢:一、平臺完善,儀器高端;二、專業的研發服務團隊;三、多年積累,數據庫龐大;四、質量控制3種手段; 五、專業的生物信息學分析; 六、行業認證,用戶群多;七、一站式服務。

      平臺完善,儀器高端

      檢測服務依賴于儀器。儀器高端,得到數據的質量高,信息越多,數據量越大。百趣的科研儀器都選自國際知名品牌,比如沃特世的Xevo G2-XS QTof 高分辨質譜、賽默飛的Q Exactive Focus組合型四極桿 Orbitrap 質譜、力可的Pegasus HT GC-TOF-MS氣相色譜高分辨飛行時間質譜以及安捷倫的UHPLC-QQQ-MS超高效液相色譜三重四級桿質譜等。這些高端儀器都具有高通量、高分辨或高靈敏度的特點,利用這些儀器,百趣可以將客戶需要3個月時間來完成的檢測縮短到一個月,縮減了客戶的時間成本。

      專業的研發服務團隊

      百趣成立了專業的研發服務團隊,覆蓋了生物、化學、計算機、生物信息及統計等各方面的專業人才。“比如,百趣技術總監吳洪強畢業于中科院生化細胞所,擁有豐富的科研經驗,可以明確了解客戶的需求,并制定相對應的解決方案。”研發服務團隊目前開發的方法有:

      1.內源性代謝高通量靶標

      對氨基酸及其類似物(54個),氨基糖,苯甲酸及其衍生物,膽汁酸及其衍生物,二羧酸及其衍生物,三羧酸及其衍生物,脂肪酸及其軛合物,膽堿,肉桂基酚,黃酮,甾醇,單糖,磷酸酯,蝶呤,嘌呤,嘧啶,吡啶羧酸,喹啉羧酸,磺基酸,糖酸,色胺及其衍生物等200個物質,使用MRM的方法進行半定量分析,不是每個物質都被檢出,不需要提供標準品。

      2.植物代謝高通量靶標

      對黃酮類(220+),多酚,苯丙素類,酚胺,激素及其修飾物,生物堿(80+),萜類,甾體,醌類,維生素,脂類(180+),碳水化合物,有機酸及其衍生物,氨基酸及其衍生物,核苷酸及其衍生物等1375個物質,使用MRM的方法進行半定量分析,不是每個物質都被檢出,不需要標準品。

      3.中藥代謝靶標定量

      對近10種人參皂苷(R1,Rd,Re,Rf,Rb1,Rb2,Rg1,Rg2,Rg3,Rh1等)進行靶標定量分析,需要準備標準品(可代購)。

      4.植物激素高通量靶標定量

      對包括生長素(Auxin),赤霉素(Gibberellines, GAs),細胞分裂素(Cytokinins, CKs),脫落酸(Abscisic acid,ABA),茉莉酸(Jasmonates, JA),水楊酸(Salicy acid, SA),油菜素內酯(Brassinosteroid,BRs)和獨角金內酯(Strigolactone, SLs)在內的8大類植物激素采用MRM的方法進行高通量的定量分析,需要提供標準品(可代購)。

      5.氨基酸靶標定量

      針對21種常見氨基酸,使用MRM的方法進行高通量的定量分析,由公司免費提供標準品。

      6.短鏈脂肪酸靶標定量

      針對11種短鏈脂肪酸,由公司免費提供標準品。

      7.游離脂肪酸靶標定量

      針對40余種游離脂肪酸。

      8.代謝通路靶標定量

      目前可以對TCA代謝通路,糖酵解、磷酸戊糖代謝通路,脂質代謝通路,核酸代謝通路相關代謝物進行靶標定量分析。需要提供標準品(可代購)。

      9.磷脂高通量靶標定量

      對磷脂酰膽堿(PC), 磷脂酰乙醇胺(PE), 磷脂酰絲氨酸(PS), 磷脂酰肌醇(PI), 磷脂酰甘油(PG), 磷脂酸(PA), 心磷脂(CL), 磷脂酰肌醇磷酸(PIP), 磷脂酰肌醇二酸(PIP2)等進行高通量的靶標定量分析。需要提供標準品(可代購)。

      “代謝組學領域是一個交叉性比較強的領域,對人才的要求比較高。國內高校培養出來的人才本身就比較少,他們要么進入事業單位,要么留校繼續自己的科研,很少會選擇中小型企業。”鄧軍亮說,“百趣每年都會做兩期100人左右的基礎培訓班,為的是培育市場。這么多年下來,百趣培養了很多學生,讓他們了解代謝組學和蛋白質組學,我們希望這個行業能慢慢成長起來,人才也越來越多。”

      多年積累,數據庫龐大

      經過多年的積累,百趣已經形成了自己強大的數據庫。在GC譜庫方面,人們普遍使用美國國家標準與技術研究院建立的NIST數據庫,但是百趣選擇了更為專業的Fiehn數據庫。在購買這一商業譜庫之后,百趣對譜庫進行了數據完善,新增了一百多種新譜圖。“這是十分困難的,因為一些簡單、方便得到的數據都已經在現有的譜庫中了,而新增譜圖的難度則是越來越難。”鄧軍亮說。

      在LC譜庫方面,百趣通過與自己的合作伙伴緊密合作,參考了國際實驗室的方法,建立了自身的譜庫,數據庫包含了約兩千五百多種化合物,涵蓋動物內源性代謝物,植物代謝物以及微生物代謝物等。

      質量控制,3種手段

      百趣建立了自己的質控標準,可以用至少三種方法保證數據可靠性。第一種是基于內標的保留時間;第二種是保留時間指數,百趣使用飽和脂肪酸甲酯對整個譜圖進行管控; 第三是QC sample,在實驗過程中把所有樣本取等量混合在一起,形成一個QC sample,對它進行不斷的檢測,針對QC樣本理論上來說檢測出來的物質都是一樣的。“百趣能保證的是給客戶提供高質量的真實數據,遺憾的是沒辦法做到每一個項目都符合大家的預期。”鄧軍亮說。


      百趣嘉定實驗室

      專業的生物信息學分析

      百趣作為目前國內MKS Data Analytics Solutions在Omics領域唯一一個戰略合作伙伴,為廣大科研工作者提供SIMCA軟件的銷售及培訓服務。SIMCA 軟件是由MKS Data Analytics Solutions(原Umetrics)公司在1987研究開發,目前是世界上最受科研工作者歡迎的多元變量統計分析軟件,并且已經成為多元變量統計分析的標桿。不管科研數據集有多大,變量有多少,SIMCA都能有效的探索數據,分析生產過程或產品體系,并解釋數據結果。為了探究數據的價值所在,SIMCA通過OPLS?、OPLS-DA?、O2PLS? 和 PLS-TREE?等分析模塊來提供最優的解決方案。

      百趣使用最新的正版SIMCA軟件以及自主開發的專業軟件及R語言包為客戶提供專業完善的生物信息學服務,應對各種個性化的數據分析需求和挑戰。

      行業認證,用戶群多

      百趣客戶眾多,包括全國各地如中國科學院,中國林科院,中國農科院等各大院所,復旦大學,北京大學,清華大學等各大高校,協和醫院,華西醫院,瑞金醫院等各大醫院,鄭州煙草,天士力制藥,香雪制藥等各大知名企業。長期以來,百趣依靠自身貼心的服務,針對不同客戶的不同需求,在代謝組學和蛋白質組學方面為各類客戶作技術支持。2014年9月,上海阿趣生物科技有限公司(百趣全資)被授予“上海市高新技術成果轉化項目認定企業”,2016年11月,上海阿趣生物科技有限公司(百趣全資)被認定為國家“高新技術企業”。

      一站式科研服務

      百趣為客戶提供一站式服務,從方案設計、樣本采集、樣本檢測、數據分析、報告撰寫,可以滿足客戶的一切需求。相對于其他企業,百趣經過多年的磨合和管理,能夠給客戶提供更好更貼心的服務,能更好地滿足客戶需求。

      為人類健康服務

      “我們希望基于自己的技術開發一些產品服務于人的健康。具體就是開發出能夠用于復雜性疾病早期診斷的產品,為健康管理做一些指導。”鄧軍亮說,“我們不太關心疾病是如何產生的,而是講究用科學方法進行整體檢測,把一個人的所有代謝產物檢測出來,我們稱之為代謝指紋圖譜,然后建立相關的數據庫。比如,我們可能會建立糖尿病人群代謝指紋數據庫,用質譜的方法對糖尿病人群進行分析,分析他們從早期沒有病到發病過程中具備什么樣的代謝指紋特征變化,再用這個代謝指紋特征構建的模型去判斷其他人群,看看他們的代謝指紋特征處在哪個階段,然后進行預警、干預”。

      “當我們搜集到足夠多的數據時,這個模型就會相當準確,而用這個模型不斷的去預測新的人群,新的人群的數據又可以反過來訓練,優化模型,這樣模型會變得越來越精確,越來越智能。”

      更多信息,歡迎搜索“百趣生物Biotree”關注百趣生物官方微信。

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