2011年11月17日，第一屆蛋白質組學研討會在中國醫學科學院基礎醫學研究所成功召開，本次研討會是由中國醫學科學院基礎醫學研究所主辦，賽默飛世爾科技公司（ThermoFisher Scientific）合辦和贊助，分析測試百科網（www.antpedia.com）協辦，主題是：蛋白質組學在生物醫學中的應用。來自各大科研院所的專家共300余人參加了研討會。
研討會邀請了程書鈞院士、徐平研究員等8位國內蛋白質組學及疾病研究領域著名的學者，做了關于蛋白質組學和生物醫學相關的精彩報告。學者們綜述了在腫瘤、癌癥相關的蛋白質組學研究方面的進展；從基因到蛋白質組研究的各種方法學進展；提出了蛋白質組學從研究走向應用的挑戰；并介紹了自己的研究思路和成果。每位報告人的報告都精彩并且精練，給與會者提供了充分的提問時間，整個研討會滿溢濃郁的學術氣氛。
研討會會場
研討會會場
中國科學院醫科院科技管理處 潘宣處長
中國醫學科學院科技管理處的潘宣處長在會上致開幕辭。
潘處長首先對各位專家的到來表示歡迎，接下來談到：眾所周知，蛋白質是所有生命現象的執行者，因此，蛋白質在人體中有著非常重要的作用。上個世紀，人類基因組計劃的實施，為蛋白質組學的研究提供了有力的技術支撐，從二十世紀開始，蛋白質組學有了飛速的發展。中國醫學科學院在2002年聯合北京的幾家單位共同創建了蛋白質組學研究中心，近年來，蛋白質組學研究中心在蛋白質組特別是蛋白質預警、診斷標識物、蛋白質法典等方面做了大量的工作。今天，借此研討會對我們前段時間的工作和大家進行交流和討論，希望通過本次交流，為中國醫學科學院甚至全國從事蛋白質組研究的人員提供一個很好的交流平臺。最后，潘處長預祝本次研討會成功，潘處長還表示，祝愿中國醫學科學院蛋白質組研究中心的研究取得更大的成就。
中國科學院醫科院基礎儀器中心 鄭直主任
中國科學院醫科院基礎儀器中心的鄭直主任為大家介紹了中國醫學科學院蛋白質組學研究中心的情況。
中國醫學科學院蛋白質組研究中心是國內較早開始蛋白質組研究的單位之一。早在2002年就成立了中國醫學科學院蛋白質組學研究中心并建在亦莊，掛靠在醫科院基礎醫學研究所，當時的鄭德先所長任主任，并且與美國波士頓地區的相關專家展開合作。
早在成立之初的2002年，中心就擁有當時世界上最先進的幾臺質譜儀，包括美國Thermo公司的LCQ 液質聯用儀、美國ABI公司的激光輔助基質解吸飛行時間質譜儀等。 此外，還擁有當時世界上最先進的二維凝膠電泳技術和二維液相色譜技術等硬件系統。
利用這批先進的設備，中心開展了一系列富有成果的研究工作。包括腫瘤標記物的發現、人類尿蛋白質組學的研究等等，發表在《分子與細胞蛋白質組學》（Molecular & Cellular Proteomics, MCP）等世界主流蛋白質組學雜志上。對人類尿蛋白質組表達譜和糖基化修飾譜的研究是當時國內的首創。蛋白質組學中心還先后開發了具有自主知識產權的AMASS數據分析軟件和微波輔助樣品處理技術。
2007年，為了更好地發展蛋白質組學中心，蛋白質組學研究中心搬回了基礎所所內，由基礎所儀器中心輔助管理。2008以來，隨著國家對基礎科學在儀器設備方面的資助，實現了蛋白質組研究中心的儀器更新換代。接下來，鄭主任詳細介紹了目前中心擁有的先進系統。質譜包括布魯克·道爾頓公司的UltraflexExtreme MALDI TOF/TOF基質輔助激光解吸串聯飛行時間質譜儀，美國賽默飛世爾公司的LTQ 線性離子阱質譜儀及Orbitrap Velos 軌道阱質譜儀，AB SCIEX公司的5600 Triple TOF四極桿飛行時間質譜儀，布魯克·道爾頓公司的9.4 Tesla APEX FT ICR磁回旋共振質譜儀，MassArray DNA分析系統、PE新生兒篩查系統等。此外，還擁有2D-DIGE熒光差異雙向凝膠電泳、Biacore 生物分子相互作用分析儀、Luninex 200 液態懸浮芯片系統等等。
前沿Lab：中國醫學科學院基礎醫學研究所質譜中心
接下來，鄭德先教授和鄭直主任分別主持了上午和下午的學術報告，幾位報告人分別做了精彩的學術報告，分別如下：
腫廇-分子網絡疾病與蛋白質組研究思考
報告人：中國醫學科學院腫瘤醫院腫瘤研究所程書鈞院士
Is Current Technology Ready for Complete Proteomics Study?
報告人：北京蛋白質組學研究中心徐平研究員
MicroRNA meets proteomics
報告人：中國醫學科學院基礎醫學研究所 彭小忠研究員
組蛋白翻譯后修飾研究進展
報告人：中國科學院生物物理所 楊福全研究員
Q Exactive-蛋白組學研究的綜合平臺
報告人：賽默飛世爾科技公司 李靜應用工程師
糖肽富集新方法及糖鏈結構分析
報告人：中國醫學科學院基礎醫學研究所 李智立研究員
自閉癥譜系障礙-瑞氏綜合癥蛋白MeCP2復合物以及MeCP2磷酸化在調節MeCP2功能的研究
報告人：中國醫學科學院藥用植物研究所 胡克平研究員
PTTG基因促進食管癌轉移的機制探討
報告人：中國醫學科學院腫瘤醫院腫瘤研究所 徐寧志研究員
腫瘤標志物的蛋白質組學研究
報告人：中國醫學科學院腫瘤醫院腫瘤研究所 趙曉航研究員
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