流動式自動生化分析儀又可分為空氣分段系統和非分段系統。前者是流動式分析儀中最典型的一種。
（一）空氣分段系統
這種分析儀的特點是通過比例定量泵擠壓彈性樣品管、空氣管和試劑管（通稱“泵管”），將樣品依次連續地吸入并沿樣品管輸送，另一方面由空氣管吸入的氣泡將由同樣原理吸入并在試劑管道中連續流動的試劑分成均勻的節段，樣品流和試劑流在連續向前流動的過程中相遇、混合、透吸（必要時）、保溫、反應及被測定。整個分析過程是液流在管道中連續流動的過程中完成的。
（二）非分段系統
非分段系統是靠試劑空白或緩沖液來間隔每個樣品的反應液，這樣，在管道中連續流動的液體不被分段。非分段系統可再分為流動注入系統和間隙系統。
1、流動注入系統：該系統的組成與空氣分段系統相似，但某些結構和工作原理有所不同，空氣分段系統是利用氣泡分段來防止管道中各反應液在流動過程中的交叉污染，而流動注入系統則是通過將樣品依次注入連續流動的試劑流管道中來達到防止交叉污染的目的的。
2、間隙系統：該系統的結構、組成和工作原理與流動注入系統相似，但其特點是每一次進樣都必須在前一樣品的分析過程結束后（包括管道的清洗）才能開始，而不能連續地依次進樣，每次進樣間有一時間間隙，故有人稱為不連續流動式分析儀。