伊利諾伊大學芝加哥分校的研究人員第一次指出了為什么CRISPR基因編輯有時無法生效,以及如何能幫助這一過程更為有效。
CRISPR是一種大熱的基因編輯工具,它能幫助科學家們從DNA中切除不需要的基因或遺傳物質,有時還可以添加上所需的序列。CRISPR使用的是一種名為Cas9的酶,它像剪刀一樣切除不需要的DNA。一旦在要去除的DNA的任一側上進行切割,細胞或者開始修復,將DNA鏈的兩端粘合在一起,或者死亡。
在最新這項研究中,研究人員發現,當利用CRISPR進行基因編輯時,存在15%的失敗率,這通常是由于Cas9蛋白與切割位點的DNA持續結合,阻止了DNA修復酶進入切口。
這是第一次發現為何CRISPR基因編輯會失敗,文章作者之一,生物化學和分子遺傳學副教授Bradley Merrill表示。
“我們發現,Cas9在‘dud'位置上會持續與DNA鏈結合,阻止了細胞啟動修復過程,”Merrill說。卡住的Cas9也無法繼續進行額外的DNA切割,從而限制了CRISPR的效率。
同時,研究人員也發現Cas9在存在RNA聚合酶的基因組位置上無法發揮作用,進一步研究表明,引導Cas9僅僅在DNA雙螺旋的一條鏈上退火,能促進Cas9與RNA聚合酶之間的相互作用,有助于將“dud”Cas9轉化為有效的基因組編輯位置。
具體而言,研究人員發現在基因組編輯過程中,Cas9的鏈選擇性迫使RNA聚合酶與Cas9碰撞,使得Cas9被DNA推開。
“我感到驚訝的是,選擇這一條DNA鏈而不是另一條DNA鏈,對基因組編輯產生如此強大的影響,”文章的第一作者Clarke說,“揭示這種現象背后的機制有助于我們更好地理解Cas9與基因組的相互作用如何導致某些編輯失敗的原因,并且在設計基因組編輯實驗時,我們可以將其應用上。”
“這一新觀點對于基因組編輯,以及未來基因組編輯在臨床上的應用都非常重要,”Merrill說。
同時這一發現對于了解基因組編輯的“限速步驟”——Cas9和DNA鏈之間的相互作用也十分重要。這意味著它是該過程中最慢的部分。因此,控制此階段的變化最有可能影響基因組編輯的總體持續時間。
“如果我們能夠減少Cas9與DNA鏈相互作用的時間(即Cas9與RNA聚合酶的相互作用),就可以減少酶量,降低接觸,從而減少不良反應或副作用,這對于可能患者的未來療法至關重要。”
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