分析軟件是全自動菌落計數儀的另一塊核心成分。因為菌落生物的存在多樣性，在培養基上的表現或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟件選型上要考慮，現在市場上一些產品的軟件功能主要有一下幾個方面：
| 圖像處理 | 圖像調節(灰度圖、負相圖轉換、對比度、RGB分割...)、圖像增強... |
| 圖像編輯 | 文字嵌入、圖形嵌入 |
統計功能 | 菌落智能識別技術（很重要）、區域選擇統計、直徑分類統計、鼠標單擊計數、顏色識別統計、人工計數修正、排除污染區域計數、自動換算功能、自動雜質剔除、粘連菌落分割、菌落形態學分析、多通道分割... |
| 篩選功能 | 多色自動聚類、單色分類統計、指定多色篩選；污染菌（雜質）剔除、透明圈分析、雙圈特征分析 |
| 測量功能 | 自動分析菌落直徑、面積等 精確測量長度、角度、面積等 |
數據管理 | 數據自動存儲、查詢、Excel導出 報表打印、數據庫權限設置 |
| 高級功能 | 抑菌圈測量、紙片法藥敏分析、多培養皿統計、螺旋平皿統計、背景文字去除 |
現在科研、質檢部門對于菌落儀的要求也越來越高，上述軟件功能應該能夠滿足現在客戶的需要，但是對與一些特殊實驗應用面來說，在功能上還有待加強。除軟件功能，另外一點也不得不提，那就是操作。現在越來越講究人機結合的舒適性，講究產品功能的強大和操作的簡單化成反比。對用用戶來說才算是真正解放。