氨基酸分析儀采用陽離子交換色譜分離、茚三酮柱后衍生法，對蛋白質水解液及各種游離氨基酸的組分含量進行分析。儀器基本結構同普通HPLC相似，但針對氨基酸分析進行了細節優化（例如氮氣保護、惰性管路、在線脫氣、洗脫梯度及柱溫梯度控制等）。通常細分為兩種系統：蛋白水解分析系統（鈉鹽系統）和游離氨基酸分析系統（鋰鹽系統），利用不同濃度和pH值的檸檬酸鈉或檸檬酸鋰進行梯度洗脫。
氨基酸分析儀原理：
基于陽離子交換柱分離、柱后茚三酮衍生、光度法測定的離子交換色譜法（IEC）。此類方法由Stein和Moore兩人1958年發明，并于1972年獲諾貝爾獎，是當今國際標準和國家標準以及仲裁和涉外的方法。
氨基酸分析儀重要指標：
滿足分析需要的技術指標如分離度、重復性等要求，而其中的分離度又是更為重要的指標，因為，色譜理論一般以分離度達到1.2作為兩峰基本分離的判定前提，只有峰分開了，才有意義去討論定性和定量的重復性。