辣椒具有非常好的口感，在日常的烹飪中加入辣椒可以增強食欲，因此一直以來辣椒都是人們非常青睞的蔬菜種類，在我國各地都有栽培。但是隨著辣椒用種量的逐年上升，人們發現辣椒生產用種常常會出現發芽率不高的現象，嚴重影響了辣椒生產的產量和質量，因此為了保證用種安全，在制種的過程中，使用種子發芽箱來檢測種子的發芽率是十分關鍵的一步，能夠有效保證辣椒種子具有較高的發芽率。
一般來說辣椒種子發芽與溫度、空氣、光線等外部發芽條件和種子內部生理條件有關，利用種子發芽箱可以創造種子發芽較為理想的外部種子發芽條件，而避免了外部因素的干擾就能夠更加方便分析辣椒種子發芽率低的內在原因。在使用種子發芽箱測定各種不同品質辣椒種子發芽率的過程中，我們分析和總結辣椒種子發芽率低的內在原因，主要有以下3個方面。
1.種子的成熟度不夠
種子的成熟度決定了種子發芽力的內在因素。而在實際的采收過程中，由于采收時期不當或是采收后種子后熟不當，導致種子沒有達到要求的成熟度，胚沒有充分完全發芽，營養物質也沒有完全積累，這樣雖然采用種子發芽箱創造了種子發芽理想的外部環境條件，但是種子也不會萌發，即使是，能發了也是出芽緩慢、苗弱、不利于成苗。
2.種子儲藏不當
種子在儲藏期間，如果沒有做好儲藏工作，儲藏期間溫濕度不當，就有可能導致種子發芽、霉爛，降低種子的發芽能力，這樣的辣椒種子使用種子發芽箱檢測，自然發芽率是偏低的。
3.播種前種子處理不當
有時通過種子發芽箱測定后的種子發芽率較高，能夠達到98％，甚至更高，但是播種之后仍然發芽率偏低，這可能是因為采用了為通過休眠期的種子或是浸種溫度不當、消毒時藥量過大濃度過高等導致種子受害，降低了種子活力。
