Cell年度論文：值得關注的幾大關鍵詞

　　近期Cell雜志公布了2018年年度論文，共包括五篇Snapshots，兩篇Reviews，以及八篇Articles和Resources，其中五篇Snapshots涉及五大新興領域，值得關注。

　　TCGA-Analyzed Tumors

　　2005年美國國立癌癥研究協會（NCI）和國家人類基因組計劃研究協會（NHGRI）各投入資金5千萬美元，準備進行一項為時3年的癌癥基因組試驗性質的計劃，主要目的是分析全面測序癌癥基因序列改變是否對了解癌癥和獲得新的診斷治療方法有一定的幫助。

　　時至今日，這一計劃已經取得了許多成果，Cell雜志公布了泛癌癥圖譜（Pan-Cancer Atlas），這也是癌癥基因組圖譜（TCGA）的收官項目，同期Cell雜志介紹了根據癌癥基因組圖譜分類的腫瘤類型列表，以及相關的一些主要發現（每種腫瘤類型的標記論文）。

　　在數據生成方面，該項目已經取得無可爭議的成功。自其成立的近十年以來，總投資共有3.75億美元，TCGA包含了來自16個國家150多位研究人員的科學貢獻，表征了來自超過25種不同癌癥的100,00份腫瘤。它的20字節數據包括1000萬個突變，到目前為止它們已經發表在TCGA研究網絡的17種出版物上，并被數百篇論文引用。這些驚人的數字反映出項目的指數增長，通過樣本收集、測序和分析技術的快速發展，這一切都成為可能。

　　TCGA項目不斷涌現出大量的信息。TCGA數據已被用來尋找新的突變，定義固有的腫瘤類型，確定泛癌癥的異同，揭示耐藥機制和收集腫瘤進化的證據。毫無疑問，我們現在可以以前所未有的細節來研究癌癥，但是我們遠遠還不能解釋這種疾病的全貌并闡明其機制。

　　一些TCGA研究人員認為，通過持續尋找新的癌癥變化，可以獲得更多的見解。但是，最近的估計強調了獲得癌癥測序飽和度的艱巨任務：根據背景突變率，為了檢測到1%概率的變化，一些腫瘤類型需要超過10,000個樣本的表征。因此，美國國家癌癥研究所（NCI）癌癥基因組辦公室主任Louis Staudt宣布，TCGA研究網絡現在將致力于運用全基因組測序，擴大三種所選腫瘤類型的特征：肺腺瘤、結腸癌和卵巢癌。目的是，發現只存在于2%腫瘤中的變化，以及發現以前可能錯過的變化，例如易位。

　　Messenger RNA Modifcations

　　表觀遺傳學研究關鍵點是修飾DNA及其蛋白質支架的化學標記，越來越多的研究表明這些化學標記能告訴細胞，哪些基因是表達，哪些是沉默的，因而也決定了個體的表型性狀。

　　mRNA即信使RNA，在中心法則中扮演了重要角色，但此前一些科學家們認為這種RNA只是完成傳遞的作用，把細胞核中編碼的信息傳遞給蛋白翻譯，然而研究證實，mRNA修飾正在定義一個復雜的新層面，并將隨著epitranscriptome系統的發展而被廣泛認知。

　　Cell匯總了mRNA修飾新興領域的重大突破，介紹了所涉及的分子，以及在mRNA轉錄物中發生的越來越多的修飾性功能。

　　Gut Immune Niches

　　腸道微環境會根據腸道內的物質和組織功能，沿著近端-遠端的組織壁發生改變，相應的也可以在每個腸道微環境中發現高度特異化的免疫區室。Cell以“SnapShot: Gut Immune Niches”為題介紹了這方面的內容。

　　多年來，免疫學的研究背景大多圍繞病原菌。腸道的情況卻十分復雜，數十億細菌中的大多數都在努力不讓你生病。一項研究表明，腸道細菌也涉及積極的免疫識別，但是，免疫系統的目的不是絞殺它們，而是保護它們。免疫系統不僅僅是防御系統，抗體也不只是武器。

　　Discovering Genetic Regulatory Variants by QTL Analysis

　　在高等生物中，許多重要生理性狀及復雜疾病都是數量性狀，如農作物的產量和人類的高血壓、糖尿病等，這些復雜性狀受到多個基因和環境因素的控制。為了有效地研究多基因控制的復雜性狀，數量性狀基因座（QTL）分析技術在20世紀90年代應運而生，有效地將控制數量性狀的眾多主效基因定位在相應的染色體上。

　　表達數量性狀基因座分析（eQTL）可以用于鑒定個體之間的遺傳變異如何導致個體間基因表達差異。11月2日Cell雜志“SnapShot: Discovering Genetic Regulatory Variants by QTL Analysis”一文，介紹了基因組學和蛋白質組學分析檢測eQTL的基本原理及其在細胞的多種分子性狀中的應用。

　　Microbial Hydrocarbon Bioremediation

　　微生物烴類生物修復，微生物降解是一種處理環境污染的理想方法，這篇SnapShot介紹了相關的一些機理和發展前景。