1. 用倒置顯微鏡觀察培養皿中的細胞，用氈制粗頭筆或 Nikon 標記筆標記出集落。
2. 24 孔板的每一孔中加 1 ml 培養基。
3. 解剖顯微鏡（20~50× 放大）下挑取集落
(a)每一個細胞集落用一個槍頭（加樣槍上的黃色槍頭）。
(b)將移液器調至 100 μl。
(c)先用槍頭吸大約 50 μl 的培養基，將該槍頭對準要分離的集落，在集落內輕輕吸取剩余的 50 μl。
4. 將吸取物移至 24 孔板，用培養基沖洗集落，如果培養基中含美希索，集落就會固定、黏附，然后生長；如果培養基含有瓊脂，則需用吸管在培養孔內上下吹吸集落幾次，分散瓊脂。細胞克隆也可以直接移至豎直放置的 25 cm2 的塑料培養瓶中。
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