由于原代的轉化子只能產生數目有限的濾膜，因而隨機鋪板不適合濾膜的制備以及 YAC、BAC 和 PAC 文庫的保存，而且由于克隆增殖率存在差別，因而無論是哪一種擴增形式都會將偏差帶人文庫中去。因此，原代的轉化子應加入微孔板中，放置于-8℃ 保存。這使得制造分配用的文庫拷貝變得簡單易行，而且使組與組之間直接用陽性板子的地址進行數據掃描的交流更易進行。此外，微孔板的樣式要適合手工和自動化地進行低密度和高密度的雜交膜的制備，包括采用一些帶有多個金屬和塑料尖頭的設備來進行雜交膜的制備。這個基本方案介紹了制備膜的方法。 重復鋪 YAC 轉化板這一步驟主要用于將連接到 YAC 載體中的大分子質量的基因組 DNA 轉化到 S. 細胞中，這一過程需利用酶去除酵母的細胞壁。轉化子較脆弱，必須在一個瓊脂的支持層上生長。這樣就不需要將 YAC 克隆挑至雜交膜上去了。解決這一問題的一個方法就是采用一個金屬的挑克隆的設備（或金屬的絲絨），這樣可采用成千上萬的針頭將原代轉化的瓊脂板中突起的細胞轉移到選擇性瓊脂板的表面。一個擁有 40000 個針頭的金屬克隆復制機可從 ICRT 購得。瓊脂層應盡可能的薄，這樣就會隨著在其上的克隆的生長而變干，從而使復制機能更容易地接觸瓊脂上的克隆。復制機要用 99% 或 95% 的工業級別的乙醇浸泡消毒，然后通過燃燒去除乙醇。也可高壓蒸汽滅菌 fabricvelvets，但克隆在轉移時會戮出得更多。 當克隆長出以后，可將一張干的尼龍膜放置到克隆上 15 min，就可將克隆轉移到膜上。然后克隆在原位被裂解而釋放出 DNA 以進行雜交。可從初始轉化平板印模一次得到幾個平板的拷貝。過濾器推力可以由每塊補救板材產生，并且正面克隆可以與其中一個瓊脂拷貝分開。瓊脂拷貝能在 4°C 儲存數周。如要凍存，可將有克隆的一面朝下放到一張冰凍的 Whatman3 MM 的濾紙上，這張濾紙須用含 30% 甘油的 YPD 培養基浸泡過。將這張濾紙夾到聚碳酸板中，然后凍存于一 7 〇°C 中。陽性克隆可從膜中剪出，然后將它們單獨放到瓊脂上以產生新的克隆。 不巧的是，濾膜的數目和每一張濾膜上克隆的數目有限，并且瓊脂板和凍存的濾膜都不能給克隆提供理想的凍存條件。因此這些濾膜不適合大規模的基因組繪圖實驗，這些實驗要求對同一克隆進行多次雜交，并需要簡單易行的良好的保存克隆的方法。 如果要得到大量濾膜進行雜交以篩選 YAC 文庫，就有必要將初始的轉化平板上的 YAC 克隆挑出，然后將其接種到微孔板中。這些克隆可在含 20% 甘油的條件下保存于一 7 〇°C。復蘇這些克隆時可用非篩選性培養基（如 YPD 培養基）。 手工或利用機器制備低密度到中密度的克隆和濾膜可采用手工的方法利用帶有 96 個（384 個）實心（空心）針頭金屬（塑料）的設備制備低密度的 YAC、BAC、PAC 濾膜（圖 5.2.1)。這些設備也可用于 YACDNA 樣品（從 YAC 克隆獲得的酵母總 DNA，從 YAC 中獲得的 Alu-PCR 產物、YAC 池）的排列，gidding 工具可從許多商業公司得到（如 V&-PScientific、Sigma、Nunc、Dynatech、Genetix、Techne)。
 根據陣列的樣品的不同（DNA 或克隆），放置在陣列設備上的裝置也有所不同。這是因為，哪怕很少的細胞都能形成克隆，盡管轉移的細胞數是變化的，但并不會對最后的膜產生嚴重的影響，而如果加到每一個點中的 DNA 溶液的體積出現差異的話，就會直接影響到雜交信號的強弱。 在選擇陣列 DNA 溶液的設備時，主要考慮的方面是所運送的體積、顯示結果的點所占的區域大小、針頭之間所轉移溶液體積的變異性。空心針和塑料針能比金屬實現針運送更多的體積。這有利于將 YAC 克隆接種到微孔板中以及運送 YAC 克隆的總 YACDNA 的稀釋溶液。然而具有較小運送體積的實心金屬針頭在運送相對濃度較高的 IRS-PCR 產物時顯得更有效，因為其能夠通過中等的體積得到較強的信號 (從而能制備出更多的膜），而且其能適合提高點（spot) 的密度。金屬針的針頭之間的變異性較低。如果需要更多的 DNA 以提供足夠的信號，最好采用只能運送很少體積的針點樣 3 次、4 次、5 次或更多次，這樣所點的區域和所使用樣品的體積可控制到最小限度。這些操作可利用帶有用于陣列裝置模板的自動化儀器完成（見下面）。 在使用一個 96 針或 384 針的復制機之前，要將其針浸泡于 95% 的乙醇中滅菌。乙醇的深度要高于微孔板的深度。隨后小心地將復制機在火焰上短暫地過一下，以便去處多余的乙醇。一些塑料的復制機可進行高壓蒸汽滅菌。 多針頭的復制機用于將微孔板中的細胞或 DNA 拷貝到尼龍膜上。沒有電荷的尼龍膜（如 HybondN、Amersham) 或帶正電荷的膜（如 HybondN+、Amersham) 能用于 YAC 克隆，但帶正電荷的膜應用于 BAC 和 PAC 以及 DNA。X 抒 YAC 的網格劃分，有必要用復制機的針撥孔底的細胞層，對于克隆的網格劃分，在劃網格之前，可將尼龍膜放到一合適的營養瓊脂板上。 對所有的觸頭與過濾器外表接觸時應該謹慎操作。柵格化后，瓊脂板和過濾器應在 30°C 孵化 27 h(YAC) 或在倒置環境下 37°C 孵化 12?16 h(BAC、PAC)。用適當的方法將菌落溶解。在這種方法中低密度的柵格用來對較小的基因組的雜交進行分析，備用，或者 PCR 篩選的單微量滴定法皿來跟蹤一個克隆，將克隆進行雜交，用以此克隆的雜交。 高密度菌落和 DNA 過濾器的自動柵格化高密度克隆和 DNA 芯片可以通過客戶建立和商業化自動化系統定制。商業自動化系統可從 Genetix、BioRobotics、GenomicSolutions、Beckman 公司獲得。這些系統有額外的功能，如克隆的精選、標準模式及其他模式的選取。這些柵格化的系統的特性在表 5.2.1 中列出。表 5.2.2 顯示自動柵格化系統的實例，其由一個精度為 5 Mm，建立在線性誘導驅動上的平臺。這些機器設計時達到可使用在一 80°C 貯藏架保存的微量滴定板材料的水平，也可以在 12 個柵格的瓊脂皿（8 cmX12 cm) 的容器中進行過濾。
 這些操作涉及自動化菌落柵格化及它們的變更，其如下。在每次柵格化運行前的準備，用 95% 的乙醇進行滅菌操作。Ink 和聲處理為可選擇性但推薦使用的方法。Ink[如 autoclaved1%(V/V)HigginsBlackMagicink] 用于產生一個與最終克隆結果精確配對的柵格。 作為一個輔助來評價雜交數據。聲處理室包含 0.1%(V/V) 的 DeconNeutmcon(Merck)，用于 ink 柵格化和每次柵格化運行結束后針的清洗。如果聲處理室無效，柵格針應用 Decon 液進行刷洗。柵格化的材料的板在室溫下的單層中溶解，然后放置到儀器床上。一些系統（圖 5.2.2) 允許自動化選板和去蓋，而其他儀器蓋子只是在開始運行機器前手動去掉。這種接受尼龍過濾板 (見下面膜類型) 也位于機器床上，同時營養物瓊脂板或者 Whatman3 MM 型過濾紙被營養液弄濕。這種儀器被適當的柵格工具裝備，相比于固定的針能完美地浮動（圖 5.2.3)。這樣就能保證過濾器和針能在所有位置上較好的接觸，同時使過濾器的損傷最小化，同時保證針與微量滴定板孔的底部的接觸。后者對 YAC 庫尤其重要，由于酵母細胞在中密度液體中沉降很快。當柵格化一個 YAC 板較多拷貝時，儀器會按程序設計進行，于是柵格化針繞容器成螺旋狀旋轉。這種板在柵格前在商業化的搖床上搖動。最后這 ff1 柵格區域關閉，原因在于使用安全和使污染最小化。一些如空氣過濾的設計裝置用于最小化污染。儀器內部在柵格化操作前會被紫外線照射。
 儀器初始化，選擇程序來執行下列步驟： 把針頭浸入滅菌池； 蒸發乙醇； 把針頭浸人第一個微量滴定板； 柵格化薄膜 1; 對于所有接下來的過濾重復第 3 和 4 步； 對于所有接下來的微量滴定板重復第 1~5 步。 一些機器需要裝備干燥器 (強力熱風或齒素燈) 用于乙醇蒸發，但也有用風干的方法。 在這兩種情況下，精確的殺菌和干燥的時間應該根據經驗來制定。一個微量滴定板的加樣位置與下一個位點輕微的偏移, 允許大量的克隆分配在相對小的區域里。 克隆的適當密度依賴于需要被網格化的克隆總量，濾紙上的每個克隆的拷貝數量，針頭的直徑和自動圖像分析系統評分的可行性。實際上，油墨柵格的存在允許對于 4X4 密度為 384 孔格的精確手工評分（也就是說，16384 孔板在 8 cmX12 cm 的濾紙上或 6X16384 孔板在 22 cmX22 Cm 的濾紙上）。高密度柵格的應用需要使用針對陽性信號或針對每個克隆多樣點樣方案評分的自動化體系 (如下）。 經鑒定陽性克隆或 DNA 池的微量滴定板地址與它們在網格上的坐標相符（圖 5.2.4)。在非常高的密度下，坐標分配可能有問題，但是可以輔助于各種方法，包括油墨柵格的運用。另外一種受到一些研究者喜愛的方法是運用一種特意設計的根據這個方格內的兩個雜交信號的相對位置來顯示陽性板數目的柵格順序將每個板柵格化兩次。這種方法明顯的缺陷是在一個過濾器上出現的克隆數目會減半。
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