隨著現代醫學及相關科學技術的發展，各學科相互交叉和滲透，醫學微生物學檢驗技術已深入到細胞、分子和基因水平，許多新技術、新方法已在臨床微生物實驗室得到廣泛應用。醫學微生物學實驗室的基本任務之一是利用微生物學檢驗技術，準確、快速檢驗和鑒定臨床標本中的微生物，并對引起感染的微生物進行耐藥性監測，為臨床對感染性疾病診斷、治療、流行病學調查及研究等提供科學依據。
一、微生物形態學檢查基本技術
細菌形態學檢查是細菌檢驗的重要方法之一，它是細菌分類和鑒定的基礎，可根據其形態、結構和染色反應性等，為進一步鑒定提供參考依據。
二、微生物培養與分離方法基本技術
大多數細菌均可以通過人工方法培養，而衣原體和病毒的分離培養往往需要活組織、雞胚、特殊細胞株及動物接種。只有將微生物培養出來才能對它進行研究、鑒定和應用。
三、細菌的生物化學試驗
各種細菌具有各自獨特的酶系統，因而對底物的分解能力不同，其代謝產物也不同。用生物化學方法測定這些代謝產物，可用來區別和鑒定細菌的種類。利用生物化學方法來鑒別不同細菌，稱為細菌的生物化學試驗或稱生化反應。生物化學試驗的方法很多，主要有以下幾類：
1、碳水化合物的代謝試驗
2、氨基酸和蛋白質的代謝試驗
3、碳源和氮源利用試驗
4、酶類試驗技術
5、抑菌試驗基本技術
6、細菌的生物化學試驗的其它試驗
四、血學試驗基本技術
血清學試驗是根據抗原與相應的抗體在適宜的條件下，能在體外發生特異性結合的原理，用已知抗體或抗原來檢測未知抗原或抗體。因抗體主要存在于血清中，抗原或抗體檢測時一般都要采用血清，故體外的抗原抗體反應亦稱為血清學試驗或血清學反應。血清學試驗包括血清學鑒定和血清學診斷。血清學鑒定即用含已知特異性抗體的免疫血清(診斷血清)去檢測患者標本中或培養物中的未知細菌或細菌抗原，以確定病原菌的種或型。血清學診斷是指用已知抗原檢測病人血清中的相應抗體，以診斷感染性疾病的方法。血清學試驗是臨床微生物學檢驗的重要方法之一。