植物生物學研究數據庫

實驗概要

植物生物學研究數據庫

實驗步驟

http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英國
Top 植物種的snoRNA基因數據庫。
綜合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ 比利時
PlantCARE是一個關于植物順式調控元件、增強子和抑制子的數據庫，很多數據來源于文獻搜索，對這些元件進行了坐標定位和序列描述，還有相關的一些生物學信息。
綜合 http://dayhoff.generationcp.org 美國
多種不同植物的抗脅迫基因數據庫。
綜合 http://gabi.rzpd.de 德國
GABI初級數據庫始建于2000年，作為德國植物基因組計劃的中心數據庫，該數據庫包含的信息特別多，從序列的各個部分，到實驗獲得的一些蛋白2-D膠圖，以及基因表達譜數據、代謝途徑等都具有，因此是一個生物信息翔實的數據庫。
綜合 http://markers.btk.fi 芬蘭
一個植物的預測的分子標記的數據庫。
綜合 http://mendel.cs.rhul.ac.uk/mendel.php?topic=plantprom 英國
植物啟動子序列數據庫。
綜合 http://metacrop.ipk-gatersleben.de 德國
農作物當中的生化途徑及酶。
綜合 http://plantrbp.uoregon.edu 美國
  POGs/PlantRBP是一個關系型數據庫，整合了擬南芥、水稻、玉米的可以得到的基因組、蛋白組及序列數據，生成一個假定的同源基因組(POGs)，基因注釋的重點在于對那些預測的RNA結合蛋白(RBPs)。除了上述之外，同時也對這些蛋白的一些保守結構域提供查找功能。
綜合 http://plantta.tigr.org 美國
TIGR的植物轉錄本(TA)集合數據庫收集了來自于NCBI的GenBank Nucleotide數據庫的試驗驗證的EST、全長cDNA數據，包括目前所有已有相關信息的植物的信息，可以通過序列的BLAST、物種等方式查找數據，并且可以自由下載這些數據。
綜合 http://podb.nibb.ac.jp/Organellome 日本
植物器官研究的植物器官圖片和協議數據庫。
綜合 http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp 日本
植物啟動子數據庫。
綜合 http://tropgenedb.cirad.fr/ 法國
 TropGENE  DB是一個管理熱帶作物的遺傳和基因組信息的數據庫，該數據庫將作物按數個模式作物歸類，目前在線公布的模式作物有香蕉、可可、椰子、棉花、油椰子、水稻和甘蔗。其他模式作物正有待開發。每個模式作物都包括遺傳來源信息（如形態學、起源、等位基因數據），分子標記信息，遺傳圖譜，長序列多態性（QTL）分析結果，測序圖譜，序列、基因及相應的參考文獻。允許進行快速查詢及復雜查詢。
綜合 http://wheat.pw.usda.gov 美國
小麥、大麥、黑麥、三系雜交麥和燕麥的分子和表型信息數據庫。
綜合 http://www.barleybase.org/ 美國
 BarleyBase是一個在線的植物微陣列數據及分析平臺的數據庫，目前收集了超過1000份的來自于Affymetrix Barley1  GeneChip的原始或者規范化后的芯片數據，同時提供基因的功能注釋，蛋白功能區域預測、代謝途徑及基因家族信息。還與PLEXdb  和PlantGDB的信息有相關聯接。
綜合 http://www.bioinfo.wsu.edu/gdr/ 美國
蘋果，櫻桃，梨，桃，懸鉤子，玫瑰和草莓的基因組數據庫。
綜合 http://www.drastic.org.uk 英國
植物細胞的信號轉導分析數據庫。
綜合 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/PLANTS/PlantList.html 美國
植物基因組中心提供了大規模測序計劃、遺傳圖譜和大規模ESTs測序的數據，所有物種的分類都超鏈接到NCBI的分類數據庫。
綜合 http://www.pathoplant.de 德國
PathoPlant 是一個涉及植物與病原體之間相互作用的信號轉導的相關物質成分的數據庫，包括一系列已知的信號轉導通路的基因序列，最近還增加了相關的擬南芥的基因芯片數據，以及用于查找相應刺激所涉及的基因的工具。
綜合 http://www.phytome.org 美國
  Phytome是一個比較基因組學數據庫，設計用于植物功能基因組學、分子育種和進化研究。其包括預測的蛋白序列數據、蛋白家族分類數據，多序列比對數據、進化史，及源于一個大的、系統發生的多樣性植物索引的蛋白注釋。Phytome通過來自不同物種的蛋白序列的直系同源或者旁系同源的進化史，將全異的各類植物基因數據庫整合成一個可以交互查找的數據平臺。該庫允許復雜的查詢，進行基因/蛋白家族的查詢及下載。
綜合 http://www.plantgdb.org/ 美國
PlantGDB是一個植物基因組序列數據庫，主要是ESTs數據。還有對于這些數據的基因注釋，EST的基因組定位以及與其它數據庫的鏈接。滿足通常的數據查找功能。
綜合 http://www.plantgdb.org/AtGDB 美國
AtGDB是一個正在開發中的植物基因組數據庫和分析工具集，該資源庫的目的是方便以序列為中心的擬南芥數據的瀏覽，可以分區段地瀏覽感興趣的基因，看其結構及基因注釋，并可與cDNA和EST進行比對。也可以將數據全部下載本地化。
綜合 http://www.plantontology.org 美國
 Plant  Ontology(PO)數據庫由數個植物數據庫系統和植物分類學、植物學和遺傳學專家協作開發的，目的是建立一個基礎的功能強大的植物學數據庫，包括整合形態學、解剖學上的一些信息。目前該庫有超過5000個來自于擬南芥、玉米、水稻的基因注釋可供搜索。在同一個瀏覽界面下，用戶可以搜索植物的器官結構、不同發育時期的信息。所有信息可以自由下載。
基因組 http://chloroplast.cbio.psu.edu/ 美國
TOP 葉綠體基因組數據庫。
分子 http://bioinformatics.cau.edu.cn/DPUPS/ 中國
Top 該數據庫主要收集了楊樹的泛素化蛋白，加上預測的共計1027個基因。
分子 http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/ 中國
EasyGO數據庫用于提供一系列待查基因的功能注釋，以及微陣列探針信息，目前包括來自15個物種（主要是植物）的40多個數據類型的數據。被廣泛使用。
分子 http://dptf.cbi.pku.edu.cn/ 中國
DPTF:北京大學楊樹轉錄因子數據庫。
分子 http://plantbiol.genetics.ac.cn/ 中國
中國國內多家單位完成的關于水稻的cDNA微陣列試驗結果數據庫。
分子 http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/ 中國
PLANTTFDB:植物轉錄因子數據庫。
分子 http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v2.0/ 德國
植物轉錄因子數據庫。
分子 http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi 日本
大豆蛋白質組數據庫。
分子 http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/ 美國
水稻玉米小RNA數據庫，該數據庫包含了miRNA,siRNA，ta-siRNA的信息。
分子 http://urgi.versailles.inra.fr/phytoprot/ 法國
預測的植物蛋白簇數據庫。
分子 http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/ 日本
PLACE:植物順式調控DNA元件數據庫，該數據庫含有380個在植物中發現的完整的cis活性調控因子。
分子 http://www.ncpgr.cn/ 中國
(NCPGR)地域植物基因研究中心。
分子 http://www.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpimp/index.html 澳大利亞
植物線粒體蛋白運輸機制。
分子 http://www.plexdb.org 美國
PLEXdb是一個統一的公共的植物和其病原體的基因表達數據庫，用于將迅速擴展的基因表達譜數據和傳統的基因組結構數據和表型數據聯結整合起來。并開發出相應的整合軟件方便研究人員針對大規模表達譜數據的功能基因組學研究。
分子 http://www.scbit.org/qtl2gene/new/ 美國
PlantQTL-GE是一個專為數量性狀研究建立的一個數據庫，它主要收集了水稻、擬南芥等植物的芯片數據及表達譜數據和基因組標志序列。同時也提供基于已知信息基因注釋及順式調控元件注釋。
谷類作物 http://harvest.ucr.edu/ 美國
TOP 目前該數據庫收集了大麥、短柄草屬、柑橘、咖啡、豇豆、大豆、水稻、小麥等作物的表達譜數據，及相關的一些分子信息（Barley, Brachypodium, Citrus, Coffea, Cowpea, Soybean, Rice, Wheat）。
谷類作物 http://www.gramene.org/ 美國
Gramene Database是一個各種作物基因組信息的數據庫，同時具備高級的各基因組間的分析功能。
作物 http://ukcrop.net/ 英國
UK CROPNET:英國農作物生物信息學網絡數據庫。擁有很多其自己開發的數據庫和分析軟件，同時也收集相關的一些文獻和美國該領域的一些信息。1996
水稻 http://ars-genome.cornell.edu/rice/ 美國
TOP GrainGenes是美國農業部和地域農業圖書館的植物基因組計劃支持的麥燕麥和甘蔗遺傳數據庫
水稻 http://bioserver.myongji.ac.kr/ricemac.html 韓國
韓國水稻基因組數據庫。
水稻 http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/ 日本
KOME:水稻的生物分子數據庫
水稻 http://cdna01.dna.affrc.go.jp/PIPE 日本
水稻數據庫的統一化工具數據庫。
水稻 http://drtf.cbi.pku.edu.cn/ 中國
水稻轉錄因子數據庫，該數據庫包括了來自水稻品種indica和japonica中所有已知的和可能存在的轉錄因子信息。
水稻 http://gbrowse.ncpgr.cn/cgi-bin/gbrowse/japonica/ 中國
Rice水稻基因組注釋數據庫
水稻 http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/ 日本
水稻蛋白組學數據庫。
水稻 http://golgi.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1102/rad/ 日本
RAD: 水稻基因組注釋數據庫。
水稻 http://ine.dna.affrc.go.jp/giot/ 日本
INE: 水稻基因組整合數據瀏覽器。
水稻 http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/rice/index.jsp 德國
MOsDB: The MIPS Oryza sativa database，水稻基因組數據庫，包括序列數據，未來將把突變體信息、表達譜信息整合起來。
水稻 http://mpss.udel.edu/rice/ 美國
Rice MPSS database水稻大規模平行測序數據庫。
水稻 http://orygenesdb.cirad.fr/ 法國
OryGenesDB:一個用于水稻反向遺傳學研究的交互式工具；有水稻基因T-DNA以及Ds側冀序列標簽數據庫，基因注釋。
水稻 http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ 日本
RAP-DB: 水稻注釋計劃數據庫。
水稻 http://red.dna.affrc.go.jp/RED/ 日本
RED: 水稻表達譜數據庫。
水稻 http://redb.ncpgr.cn/ 中國
REDB: 水稻EST數據庫。
水稻 http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html 日本
水稻的基因組數據庫（INE）整合了目前大規模測序后獲得的關于水稻的基因組信息、cDNA 信息，遺傳圖譜、物理圖譜的信息，并隨著水稻測序的進行，持續增加新的信息。
水稻 http://rice.big.ac.cn/rice/index2.jsp 中國
RISE: 水稻信息系統，包括水稻基因組的最新綜合信息以及與其他谷類作物的比較基因組分析數據。
水稻 http://rice.genomics.org.cn/ 中國
  水稻是一種主要的糧食作物，也是一種谷物基因組研究的模式物種，北京基因組研究所（BGI）在水稻等作物基因組的測序、信息分析和生物學研究方面久負盛名。為了更好地研究，我們建立了水稻信息系統（BGI-RIS），整合了最新的數據以及比較基因組學分析數據。為了綜合分析水稻的兩大亞種，japonica和indica，BGI-RIS除了包括自己測序的indica序列數據外，同時也收集了japonica及其他已知的谷類作物的基因組和EST數據。BGI-RIS對兩亞種間的相關基因、重復元件、基因重復、SNP都進行了注釋。
水稻 http://rice.plantbiology.msu.edu/ 美國
水稻基因組注釋計劃。
水稻 http://ricefox.psc.riken.jp/index.php?contetnstop 日本
RiceFOX:水稻過表達擬南芥全長cDNA突變體數據庫。
水稻 http://ricegaas.dna.affrc.go.jp/ 日本
Rice GAAS:水稻基因組信息自動注釋系統。
水稻 http://rkd.ucdavis.edu/ 美國
水稻蛋白激酶數據庫。
水稻 http://rmd.ncpgr.cn/ 中國
RMD: 水稻突變體數據庫
水稻 http://rmg.rice.dna.affrc.go.jp/ 日本
RMG:水稻線粒體基因組信息數據庫。
水稻 http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE 美國
RiceGE: Rice Functional Genomic Express Database 水稻功能基因組表達數據庫。
水稻 http://structure.rice.dna.affrc.go.jp/ 日本
RPSD: 水稻蛋白結構數據庫。
水稻 http://tlife.fudan.edu.cn/bgf/ 中國
BGF是一個水稻基因組的基因預測工具 。
水稻 http://tos.nias.affrc.go.jp/ 日本
Rice Tos17 Insertion Mutant Database 水稻逆轉座子Tos17插入突變數據庫。
水稻 http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/ 法國
水稻T-DNA插入突變數據庫，該數據庫包括了側冀突變標簽的分析的那個信息來做反向遺傳學的研究。
水稻 http://www.iris.irri.org/ 美國
水稻胚質基因型數據庫，以及水稻功能基因組和蛋白組。
水稻 http://www.ncgr.ac.cn/ 中國
我國水稻基因組計劃針對水稻的秈稻亞種。
水稻 http://www.pgcdna.co.jp/cgi-bin/wrdb/content.cgi 日本
WILD RICE DATABASE野生稻數據庫。
水稻 http://www.plantgenomics.cn/ 中國
Plant中國地域基因組會議，包含有很多農學的生物信息學課題。
水稻 http://www.retroryza.org 美國
  RetrOryza是一個提供水稻的LTR-Retrotransposons的數據庫，提供了目前已經進行過功能注釋的242個家族的反轉位子的信息，包括Primer  Binding Site，PolyPurine Tract，Target Site Duplication等信息。
水稻 http://www.riceweb.org/ 菲律賓
關于世界范圍的水稻生產和市場等情況。
水稻 http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp 日本
水稻科學整合數據庫
水稻 http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp 日本
水稻遺傳學和基因組學數據庫，該數據庫涵蓋了從水稻的傳統的遺傳學信息到最新遺傳研究方面的進展，還包括一些熱門研究方面的課題。
水稻 http://www.staff.or.jp/giot/INE.html 日本
INE水稻基因數據庫。
水稻 http://www.tigr.org/tdb/rice/ 美國
美國TIGR研究所維護著幾個與水稻基因組有關的數據庫，包括基因組注釋庫重復序列庫，以及基因索引。
棉花 http://algodon.tamu.edu/ 美國
cottonDB美國南方平原農業研究中心所維護的棉花數據庫
棉花 http://cottondb.org/ 美國
CottonDB是一個包含有棉花基因組學、遺傳學和分類學數據的數據庫，同時它也是一個不斷增加新數據和棉花研究者資料的數據庫。
棉花 http://www.cottonmarker.org/ 美國
棉花標記數據庫，由多家科研團體協作完成，包含有大量的已公布的序列標記數據。
大麥 http://barley.ipk-gatersleben.de/ebdb.php3 歐洲
Top 歐洲大麥數據庫（EBDB）收集的信息主要來源于ECP/GR Working Group對于大麥的研究數據，由德國Gatersleben的IPK植物基因組和作物研究所維護。
大麥 http://bioinf.scri.ac.uk/barley_snpdb/index.html 英國
該在線數據庫包括在SCRI開展的通過交叉測序的方法挖掘到小麥和大麥的基因的SNPs的信息，目前由SCRI植物生物信息學組維護。
大麥 http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/ 日本
該數據庫中包含由日本岡山大學生物資源研究中心收集的大麥種質資源和基因組分析數據。
小麥 http://pgrc.ipk-gatersleben.de/cr-est/ 德國
Top 大麥，小麥，豆類番茄EST數據庫
小麥 http://synteny.nott.ac.uk/ 英國
 UK CropNet該數據庫主要提供了各類有關農作物的基因數據，包括Arabidopsis thaliana、Barley、Brassica  spp.、Forage Grasses、Millet and  tef、Alfalfa、Chlamydomonas、Dictyostelium等18個物種基因數據庫（我未能點擊進入）。
小麥 http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml 美國
谷類作物信息數據庫，該數據庫包括了小麥，大麥，燕麥黑麥和黑小麥等品種的遺傳信息和遺傳圖譜。
小麥 http://www.ecpgr.cgiar.org/databases/crops/wheat.htm 法國
由捷克共和國的作物種植研究所維護的小麥數據庫。
小麥 http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html 日本
日本小麥網，由６所大學和研究所聯合維護
小麥 http://www.tigr.org/tdb/e2k1/tae1/ 美國
由TIGR institute維護的小麥基因組數據，提供小麥的基因組及基因注釋，并且可用于基因組注釋等分析。同時，還提供其他谷類作物的同源基因數據，如玉米、大麥、高粱、水稻等。
擬南芥&水稻 http://greenphyl.cirad.fr/cgi-bin/greenphyl.cgi 法國
TOP 水稻擬南芥比較基因組數據庫，該數據庫提供了一個水稻與擬南芥對比分析的平臺。
擬南芥 http://affymetrix.arabidopsis.info 美國
諾丁漢擬南芥保存中心芯片數據庫。
擬南芥 http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/ 美國
擬南芥小RNA工程。
擬南芥 http://atpid.biosino.org/ 美國
擬南芥蛋白相互作用數據庫。
擬南芥 http://datf.cbi.pku.edu.cn 中國
  擬南芥轉錄因子數據庫（DATF）收集了所有的擬南芥轉錄因子數據（總共1922個位點，2290個基因），劃分為64個家族。該數據庫序列是基于TAIR數據庫(20051108)，可以采用多種方式查詢數據。除此之外，另外添加了每個家族的DNA結合區域的多序列比對數據、進化樹，另有GO注釋，并與水稻轉錄因子作了同源比對。最后還增加了PDB數據的一些數據，以做核酸結合位點的定位。
擬南芥 http://mips.gsf.de/proj/thal/db 德國
MIPS的擬南芥數據庫。
擬南芥 http://mpss.udel.edu/at/ 美國
擬南芥大規模平行測序信號的基因表達數據庫。
擬南芥 http://rarge.gsc.riken.jp/ 日本
擬南芥cDNA、突變體和微陣列數據庫。
擬南芥 http://urgv.evry.inra.fr/CATdb 法國
擬南芥轉錄因子數據庫，擬南芥轉錄因子數據庫整合了所有轉錄因子實驗所獲得的數據信息。
擬南芥 http://urgv.evry.inra.fr/projects/FLAGdb  /HTML/index.shtml 法國
擬南芥功能基因組數據庫。
擬南芥 http://www.arabidopsis.org/ 美國
擬南芥基因組數據庫。
擬南芥 http://www.athamap.de/ 德國
擬南芥的全基因組范圍的假定的轉錄因子結合位點數據庫。
擬南芥 http://www.catma.org/ 歐洲
擬南芥基因序列標簽數據庫，該數據庫涵蓋了擬南芥中大部分的基因信息。
擬南芥 http://www.GABI-Kat.de 德國
 T-DNA插入突變體在擬南芥的研究當中，具有十分重要的作用，GABI-Kat  SimpleSearch是一個由GABI-Kat工程所建的擬南芥的基于側翼序列標簽（FST）的T-DNA插入突變體查找庫，目前該庫有從64000   lines中超過108,000定位的FSTs，這些lines覆蓋了64%的目前已有注釋的基因。該庫允許常規的一些基因搜索，并與突變體系連接在一塊。同時，該庫還提供引物等信息。
擬南芥 http://www.plantenergy.uwa.edu.au/applications/phosphat/index.html 澳大利亞
擬南芥蛋白磷酸化位點數據庫。
擬南芥 http://www.plprot.ethz.ch/ 瑞士
擬南芥質體蛋白數據庫。
擬南芥 http://www.seedgenes.org/ 美國
擬南芥發育關鍵基因數據庫。
擬南芥 http://www.suba.bcs.uwa.edu.au/ 澳大利亞
 SUBA（Arabidopsis Subcellular Database）是由University of Western  Australia的ARC Centre of Excellence in Plant Energy  Biology維護的，包含了源自各個領域的關于擬南芥蛋白的亞細胞定位的數據，如熒光定位數據、亞細胞組分的蛋白質組學研究、文獻及源于（Gene  Ontology annotations, Swiss-Prot and gene  descriptors）的同族蛋白的信息，還有采用軟件（10個）預測得到的數據，包括了非重復的將近7000個擬南芥蛋白及將近30000個采用生物信息預測的方法獲得的蛋白亞定位信息。
大豆 http://psi081.ba.ars.usda.gov/SGMD/default.htm 美國
Top 大豆基因組和微陣列數據庫。
大豆 http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanrdf/ 德國
豆類基因圖譜數據庫。
大豆 http://soybase.org/ 美國
Integrating為大豆研究者建立的基因組學和分子生物學數據庫。
大豆 http://soybeangenome.siu.edu/ 美國
大豆基因組瀏覽器數據庫整合了大豆基因組的信息，方便用戶查找到所需信息。
大豆 http://ss.jircas.affrc.go.jp/DB/guide-eng.html 日本
由日本農業科學國際研究中心主導維護的中國東北部大豆基因組數據庫。
大豆 http://www.comparative-legumes.org/ 美國
豆類作物基因組ESTx信息數據庫，基因蛋白表達信息，該數據庫給出了多個品種的信息。
大豆 http://www.ildis.org/LegumeWeb/ 美國
ILDIS國際豆科植物數據庫和信息服務
大豆 http://www.soybeantilling.org/ 美國
該數據庫為了TILLING (Forrest and Williams82)的大豆誘變突變體第二代庫工程而開發的，大約有3000個M2 lines按照其表型分類存儲。
玉米 http://maize.tigr.org/ 美國
Top TIGR的玉米數據庫。
玉米 http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/maize/index.jsp 德國
mgsp:德國玉米基因組數據庫，基于基因組測序。
玉米 http://mtm.cshl.org/ 美國
mtmDB:玉米定點誘導突變體數據庫。
玉米 http://www.agron.missouri.edu/ 美國
該數據庫儲存有玉米基因組的進展信息。
玉米 http://www.maizegdb.org/ 美國
MaizeGDB:玉米基因組信息數據庫，該數據庫包括所有遺傳學，基因產物，功能分析，以及相關文獻查閱等的信息。
玉米 http://www.panzea.org 美國
玉米基因組工程數據庫，該數據庫是用于玉米基因組中分子和功能多樣性分析。
玉米 http://www.polebio.scsv.ups-tlse.fr/MAIZEWALL/ 法國
MAIZEWALL：法國的玉米細胞壁生物合成和裝配的生物信息分析和基因表達數據庫。
玉米 http://zmdb.iasstate.edu/ 美國
玉米基因組數據庫
苜蓿 http://bioinfo.noble.org/gene-atlas/ 美國
TOP MtGEA: 蒺藜苜蓿基因表達譜數據庫。收集了Affymetrix公司的苜蓿基因芯片的關于苜蓿多個器官的基因表達譜數據。
苜蓿 http://brassica.bbsrc.ac.uk/ 英國
Brassica Genome Gateway 2008蕓苔基因組數據庫。
苜蓿 http://medicago.cau.edu.cn/ 中國
苜蓿數據庫，包括基因組注釋信息及部分表達譜數據。
苜蓿 http://medicago.toulouse.inra.fr/Mt/EST/ 法國
MENS: Medicago EST Navigation System 苜蓿表達譜數據導航系統。包括EST測序數據，微陣列數據等。
苜蓿 http://www.medicago.org/genome/ 美國
蒺藜苜蓿序列數據庫，由苜蓿基因組計劃完成測序。
苜蓿 http://www.medicago.org/MtDB 美國
蒺藜苜蓿基因組數據庫。
苜蓿 http://www.ncgr.org/research/mgi/ 美國
MGI,NCGR和Samuel Roberts Noble基金會聯合開展的豆科苜蓿屬植物Medicago truncatula的基因組研究，在2000年４月已經提交15000多條EST
苜蓿 http://www.noble.org/mediccyc/ 美國
苜蓿的生化途徑數據庫。
蕓苔 http://hornbill.cspp.latrobe.edu.au/cgi-binpub/brassica/index.pl 澳大利亞
 Top  BASC系統提供遺傳的、基因組的、表型的數據的整合挖掘和瀏覽的工具。該公布資源擁有支持蕓苔的多國蕓苔基因組測序計劃的信息，直接基于5個模塊，ESTDB,  Microarray, MarkerQTL, CMap 和 EnsEMBL。ESTDB包括通過與GenBank, UniRef, and  the genome sequence of  Arabidopsis進行序列比對后的ESTs數據及基因注釋；Microarray模塊擁有ESTDB中注釋的ESTs的表達譜數據；MarkerQTL是最復雜的整合了遺傳標記、圖譜、個體、基因型和特性的數據系統；另兩個模塊包括了擬南芥的EnsEMBL基因組可視化系統，以及整合了遺傳和基因組信息的可視化的遺傳圖譜比對的CMap。
西紅柿 http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/tomato/index.jsp 德國
TOP 西紅柿基因組測序計劃數據庫。
西紅柿 http://ted.bti.cornell.edu/ 美國
西紅柿功能基因組數據庫整合和擴展了數個早期的諸如西紅柿表達譜數據庫和西紅柿代謝數據庫，及西紅柿小RNA數據庫的信息。
馬鈴薯 http://www.pfgd.org/pfgd/ 美國
馬鈴薯晚疫病和大豆疫病EST數據庫，該數據庫的建立是為了更好的了解病毒的發病機制以及抗性原理。
馬鈴薯 https://gabi.rzpd.de/PoMaMo.html 德國
PoMaMo是由德國植物基因組計劃建立的關于馬鈴薯的信息庫，包括目前已知的馬鈴薯的各個方面的生物信息數據，并通過BLAST對其基因進行了注釋。
橡膠樹 http://genome.ukm.my/nrestdb/ 馬來西亞
橡膠樹EST數據庫，該數據庫介紹了相關的cDNA文庫，分析渠道KOG分類，GO注釋等。
樹 http://foresttree.org/ftdb 美國
TOP ForestTreeDB搜集了大規模測定數個樹木品種的EST序列的數據，并開發和采用已有的軟件對各序列進行基因注釋，希望為該領域的研究人員提供幫助。同時還對相關數據庫作了鏈接，并為設計微陣列進行基因表達譜研究創造條件。