實驗概要
運用隨機引物擴增尋找多態性DNA片段可作為分子標記。這種方法即為RAPD(randomly amplifiled polymorphic DNA,隨機擴增的多態性DNA.)該RAPD技術建立于PCR基礎上，它是利用一系列(通常數百個)不同的隨機排列堿基順序的寡聚核苷酸單鏈(通常為十聚體)為引物，對所研究基因組DNA進行PCR擴增,聚丙烯酰胺或瓊脂糖電泳分離,經EB染色或放射性自顯影來檢測擴增產物DNA片段的多態性，這些擴增產物DNA片段的多態性反應了基因組相應區域的DNA多態性。RAPD所用的一系列引物DNA序列各不相同，但對于任一特定的引物，它同基因組DNA序列有其特異的結合位點，這些特異的結合位點在基因組某些區域內的分布如符合PCR擴增反應的條件，即引物在模板的兩條鏈上有互補位置，且引物3’端相距在一定的長度范圍之內,就可擴增出DNA片段。因此如果基因組在這些區域發生DNA片段插入、缺失或堿基突變，就可能導致這些特定結合位點分布發生相應的變化，而使PCR產物增加、缺失或發生分子量的改變。通過對PCR產物檢測，即可檢出基因組DNA的多態性。分析時可用的引物數很大，雖然對每一個引物而言其檢測基因組DNA多態性的區域是有限的，但是利用一系列引物則可以使檢測區域幾乎覆蓋整個基因組。因此，RAPD可以對整個基因組DNA進行多態性檢測。另外，RAPD片段克隆后可作為RFLP的分子標記進行作圖分析。
主要試劑
不同來源的植物DNA（50ng/μl）。
1． 隨機引物（10mer）（5μmol/L） 購買成品。
2． Tap 酶 購買成品。
3． 10×PCR緩沖液。
4． MgCl2 25mmol/L。
dNTP 每種2.5mmol/L。
實驗步驟
（1） 在25μl反應體系中，加入
模板DNA 1μl（50ng）
隨機引物 1μl（約5pmol）
10×PCR緩沖液 2.5μl
MgCl2 2μl
dNTP 2μl
Tap 酶 1單位
加ddH2O至 25μl
混勻稍離心，加一滴礦物油。
（2） 在加熱至90℃以上的PCR儀中預變性94℃2分鐘，然后循環:94℃1分鐘，36℃1分鐘，72℃1分鐘，共40輪循環。
（3） 循環結束后，72℃處理10分鐘，4℃保存。
（4） 取PCR產物15μl加3μl上樣緩沖液(6×)于2%瓊脂糖膠上電泳，穩壓50～100V(電壓低帶型整齊,分辨率高)。
電泳結束，觀察、拍照。
注意事項
1、電泳時一般RAPD帶有5-15條, 大小0.1-2.0kb。
2、特異性的DNA帶可以克隆作為一個新的分子標記應用。
3、模板濃度不能太稀，而且需要純化。