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  • 發布時間:2019-04-26 20:34 原文鏈接: 細胞支原體污染的PCR檢測

    支原體菌株來源: 
          M.Arginini ATCC23838 精氨酸支原體 
          M.FermentaneATCC19989發酵支原體 
          M.SalivariumATCC23064唾液支原體 
          M.HominisATCC23114人型支原體 
          M.OraleATCC23714口腔支原體 
          M.HyorhinisATCC29052豬鼻支原體 
           
    其共同引物序列來自16s和23s保守區域 
    外部引物為F1 5′-ACACCATGGGAGCTGGTAAT-3′ 
              R1 5′-GTTCATCGACTTTCAGACCCAAGGCAT-3′; 

    內部引物為F2 5′-GTTCTTTGAAAACTGAAT-3′ 
              R2 5′-GCATCCACCAAAAACTCT-3′  

    PCR反應體系和條件: 

    10×緩沖液(10mMTris-HCl、500mMKCl、20mMMgCl2、0.01%明膠)、 
    PrimerF1、R1、F2、R2的濃度為2nmol/μL、 
    2.5mMdNTPs、 
    Taq酶、 
    H2O、 
    石蠟油覆蓋 

    反應溫度和時間為: 
    94℃ /2min預變性、94℃/30s變性、55℃/1min退火、72℃/1min延伸 
    循環30次后72℃延伸5min 

    第1次PCR反應取模板 10μL,第2次PCR反應以第1次PCR擴增產物為模板取1μL。  

    下面是更詳細的:  

    污染測試——支原體:PCR方法  

    原理: 利用具特殊專一性之primers,經由PCR反應來復制mycoplasma DNA。所用之primers來自mycoplasma之conserved 16S-23S rRNA序列,由于此段spacer之序列依mycoplsma種類不同而不同,因此可依所復制之DNA大小及其restriction fragment大小差異來作偵測與鑒定。  

    特點:靈敏(e.g. 0.1~1.6 CFU / 5 ul sample) 與快速(一天)。可偵測不易培養之mycoplasma (e.g. M. hyorhinis)。不需培養mycoplasma作為正反應對照組,避免可能之污染。  

    缺點:PCR反應很靈敏,易有偽陽性結果。此方法尚在評估中,故結果僅作為參考和內部品管之一部份。  

    材料與設備:  
          ATCC mycoplasma detection kit:可作50~100 reactions.  
          提供1st stage primer mixture與2nd stage primer mixture  
          positive control DNA (A. laidlawii ; M. pirum)  
          PCR reagents :  
          Taq polymerase ( 5 U / ul )  
          dNTP( dGTP, dCTP, dTTP, dATP, 1.25 mM each )  
          10x PCR buffer (with 1.5mM MgCl2)  
          25mM MgCl2  
          sterile ddH2O  
          Machine / Equipment:  
          PCR thermal cycler  
          agarose電泳設備  
          DNA電泳膠體觀察設備  
          無菌PCR反應管  
          無菌1.5 ml微量離心管  
          無菌2ul, 20ul, 200ul, 1000ul Tips/ Pipetmans  

    方法: 此PCR反應是一種nested PCR,包括2階段PCR反應,1st stage PCR結束后,取其反應物作2nd stage PCR,然后取2nd PCR產物作agarose gel electrophoresis,依DNA band之有無及片段大小來分析結果。  

    結果:使用UV light觀察,并照相記錄。  
    不過應用較多還是巢式PCR  

    方法:此PCR反應是一種nested PCR,包括2階段PCR反應,1st stage PCR結束后,取其反應物作2nd stage PCR,然后取2nd PCR產物作agarose gel electrophoresis,依DNA band之有無及片段大小來分析結果。  

    結果:使用UV light觀察,并照相記錄。  

    方法再詳盡點:1st stage PCR reaction(total volume 25 ul):  
           測試樣品 ( 2 ul / each )  
           直接取樣測試細胞之培養液。  
           Positive control : mycoplasma DNA ( A. laidlawii ; M. pirum )  
           Negative control : ddH2O  
           Reaction mixture ( 23 ul / each )  
           10x PCR buffer (含1.5 mM MgCl2 ) 2.5 ul  
          1st stage primer mixture 0.5 ul  
           dNTP ( 1.25 mM each ) 1.0 l  
           MgCl2 ( 25 mM ) 0.5 ul  
          Taq DNA polymerase ( 5 U/ul ) 0.1 ul  
           ddH2O 18.4 ul  

    PCR program ( 1st PCR與2nd PCR相同):使用PCR thermal cycler  
          step 1 : denaturation: 94 ℃ 30 sec  
          step 2 : denaturation: 94 ℃ 30 sec  
          step 3 : annealing: 55 ℃ 2 min  
          step 4 : extension: 72 ℃ 2 min  
          重復3.1.3.2至3.1.3.4步驟30 cycles  
          step 5 : final extension 72 ℃ 5 min  

    2nd stage PCR reaction(total volume 25 ul)  
          測試樣品:1st stage PCR product(1 ul / each)。  
           Reaction mixture ( 24 ul&

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