胚胎干細胞的標志物
Oct-4: Oct-4（也叫Oct-3或Oct3/4）屬POU轉錄因子一員，最初鑒定為DNA結合蛋白，可通過順式元件活化基因轉錄。它在全能胚胎干細胞(ES)和生殖細胞表達。該表達對于維持干細胞的自我更新和多能性是必要的。4 ES的分化導致Oct-4的下調。5 Oct-4不僅是細胞系多能分化的主要調節因子，而且也是首要的作為鑒定全能ES細胞的標志物。
SSEAs: SSEAs 最初是用來鑒定識別糖脂表位的三個單抗。SSEA-1表達在前移植期的鼠胚表面（如八細胞期）并且也發現存在于畸胎瘤干細胞表面，但不存在分化的衍生細胞中。輸卵管上皮、子宮內膜、附睪, 成年鼠腦和腎小管區域也發現和SSEA-1抗體反應。SSEA-3和4在卵子發生時合成，在卵母細胞、受精卵和早期卵裂球細胞膜上存在。這些與糖鏈相關的分子的生物學功能被認為是調控發育期的細胞膜間的相互作用。未分化的靈長類ES細胞，人的EC和ES細胞表達SSEA-3和SSEA-4,但不表達SSEA-1。未分化的小鼠ES細胞表達SSEA-1,但不表達SSEA-3或SSEA-4.
造血干細胞的標志物
CD34（細胞表面的唾液粘蛋白）：CD34自從被發現存在于少量人骨髓細胞以來就是興趣的焦點。從骨髓和外周血來源的CD34陽性富集的細胞群體顯出大部分的造血活性。CD34被認為是造血干細胞 (HSCs). 的標志物。CD34在原始細胞分化為成熟細胞后表達下降.這點也發現在克隆的祖細胞和一些細胞系的干細胞。盡管CD34功能未知，但現在認為它參與早期造血CD34是HSCs的標志物的理論近年受到挑戰。Osawa等人首先證明小鼠HSCs可以是CD34陰性。并且，人的CD34陰性細胞也有低水平的嫁接和造血能力。移植研究表明胎綿羊CD34陰性細胞有重新繁殖的能力。并且也表明人和鼠的CD34陽性細胞可能來源于CD34陰性細胞。總的說來，這些報告提示，HSCs可能是CD34+或CD34-。只選擇表達CD34的細胞可能導致將更原始的干細胞排除在外。然而幾乎所有的臨床和實驗流程包括體外培養、基因療法和HSC抑制，目前都設計成收集富含CD34+的細胞。
CD133: CD133, 是120kDa糖基化蛋白，包括5個跨膜結構域，最初是通過AC133單抗鑒定的，它能識別人HSCs的CD34+亞類29,30。一種CD133異構體AC133-2, 最近已經被克隆并鑒定為可被AC133抗體識別的原始表面抗原。CD133可以作為用CD34篩選HSC和體外擴增的補充。CD133+富集的亞類可以以同CD34+ 富集的亞類擴增的方式擴增，從而可保留多系增殖的能力。最近的研究為CD133的表達不限于原始血細胞提供了證據，同時也確定了非造血組織中一類獨特的細胞群體。來源于外周血的CD133+ 可被體外誘導分化為內皮細胞。并且，can be induced to differentiate into endothelial cells in vitro.并且，人的神經干細胞用抗CD133抗體可被直接分離。
ABCG2: ABCG2 (ATP-binding cassette superfamily G member 2) 廣泛存在于各種干細胞上，并決定了SP細胞的Hoechst 陰性染色表型。ABCG2是ABC轉運體家族的成員，并首先定位在乳腺癌細胞系上。ABCG2在CD34陰性細胞上出現的幾率最大，但細胞表達CD34后，ABCG2下調。ABCG2的下調也表現在很多造血祖細胞上。因此在原始HSC分離鑒定上，ABCG2比CD34更有希望。ABCG2特異性的表達決定了猴骨髓細胞、小鼠骨骼肌細胞和ES細胞中的Hoechst SP表型。對心肌和骨骼肌細胞可以從移植的骨髓來源的SP細胞再生證明了SP細胞的潛在可塑性. ABCG2在SP細胞上的專一表達提示ABCG2可能成為是成體多能干細胞陽性篩選的潛在標志物。ABCG2在干細胞發育生物學里也扮演著一定的功能上的角色。
Sca-1: Sca-1 (stem cell antigen 1, Ly-6A/E), 是18kDa磷脂酰肌醇錨定蛋白，屬Ly-6抗原家族成員。43 Sca-1被廣泛認為和Ly-6 半抗原一起，是小鼠HSC標志分子，它在多能HSCs上表達。一種抗Sca-1抗體經常和一些細胞表面標志分子表達的陰性選擇一起用來鑒定和分離小鼠HSCs. Sca-1+ HSCs可在成年骨髓、胎兒肝臟、成年動物流動的外周血和脾臟中被找到。Sca-1在幾種非造血組織中也被發現。43可用來富集HSCs之外的祖細胞。Sca-1 可能參與調節B細胞和T細胞活化。
間質干細胞的標志物
STRO-1: 用CD34陽性骨髓細胞進行免疫產生的小鼠IgM單抗STRO-1, 能識別一種人骨髓基質成分表達的表面抗原。在骨髓細胞中，STRO-1+/血型糖蛋白A-細胞群中的纖維母細胞集落形成細胞富集的頻率約100倍于STRO-1+/Glycophorin A+群體。一種STRO-1+ 富集的骨髓細胞亞群有能力分化為各間質細胞系，包括帶有血管平滑肌樣表型的支持造血的基質細胞、脂肪細胞、成骨細胞和軟骨細胞。STRO-1作為一種有價值的抗體，可用來鑒定、分離和功能檢測人骨髓基質祖細胞，這些細胞和原始的HSCs有明顯區別。
神經干細胞的標志物
Nestin: Nestin是VI型中間絲蛋白,盡管它主要表達在中樞神經系統的干細胞上，它幾乎不在成熟中樞神經細胞上表達。Nestin在非神經元干細胞上也表達，例如胰島祖細胞和造血前體細胞。
PSA-NCAM (Polysialic acid-neural cell adhesion molecule): 胚胎時期的NCAM和PSA-NCAM經常高唾液酸化，在神經元發育中起重要作用。PSA-NCAM可能和突觸的重排和可塑性有關。在成年，PSA-NCAM的表達限制在保留可塑性的區域。神經元限制性的前體細胞可由高表達PSA-NCAM而鑒定，它們可經歷自我更新和分化為多種表型的神經元。PSA-NCAM陽性的新生兒腦前體細胞將發育為膠質細胞，甲狀腺素可調控它們變為少突細胞。多唾液酸的修飾可顯著降低NCAM的黏附，從而PSA-NCAM被認為是純粹的抗黏附分子，可以調節細胞的相互作用，促進腦的可塑性。更進一步的證據表明PSA-NCAM 可能和未知的信號分子反應，發揮誘導發育的角色。
p75 Neurotrophin R (NTR): p75 NTR,也稱為低親和神經生長因子受體，屬1型跨膜TNF受體超家族。它可和NGF, BDNF, NT-3和 NT-4 結合 (低親和力)。p75NTR, 在Trk存在時被活化, 提高對神經營養因子的反應性。TrkC受體和 p75 NTR 協同作用，參與神經系統發育。神經冠干細胞(NCSCs)根據它們表面表達p75NTR而已被分離。從外周神經組織新鮮分離的p75NTR+ NCSCs可體內和體外自我更新并產生神經元和神經膠質細胞。并且神經上皮來源的p75NTR+在培養中也有能力分化為神經元,平滑肌和雪旺細胞。最近，p75 NTR 已經被用來作為鑒定間質前體細胞和肝星形細胞的標志分子。