Pre-S1抗原是乙型肝炎病毒外膜蛋白的組成成分，它存在于完整的病毒顆粒(Dane)及管狀顆粒的表面,具有很強的親水性和免疫原性,其21-47肽段是HBV與肝細胞的結合位點，在HBV附著和侵入肝細胞機制中起重要作用。
Pre-S1抗原是反映HBV的感染與復制狀況的一個良好指標
Pre-S1抗原主要存在于血清中HBV表面，提示機體內含有HBV就有Pre-S1抗原。Pre-S1抗原只存在于具有傳染性的完整的乙肝病毒顆粒上，與HBV-DNA、HBeAg檢測率高度符合，提示Pre-S1抗原可作為HBeAg和HBV-DNA檢驗地帶網檢測的補充和對照。并且由于HBV常常產生前C區變異，產生一個新的終止密碼子，阻斷HBeAg的形成，導致在臨床上出現HBeAg缺陷，而Pre-S1抗原則不存在這個問題，所以在乙肝病毒的傳染性判斷方面，檢測Pre-S1抗原較HBeAg更敏感。占乙肝患者30%左右的HBeAb（+）的慢性乙型肝炎和HBV慢性無癥狀攜帶者，其HBeAg (－)或HBeAb（+）并不能表明HBV從體內清除或復制水平的降低，通過檢測Pre-S1抗原能較為準確的反映病毒在機體內的復制狀況。
Pre-S1抗原的檢測有利于對乙肝預后及藥物療效的判斷
Pre-S1抗原隨HBeAg消失而消失，且與陰轉時間呈正相關，這樣，Pre-S1抗原可作為病毒清除與病毒轉陰的指標。Pre-S1抗原含量低者較Pre-S1抗原檢驗地帶網含量高者對干擾素的治療更敏感。急性乙型肝炎患者Pre-S1抗原陰轉越早，預后越好，是病毒清除的最早跡象，反之，Pre-S1抗原持續陽性，將發展至慢性肝炎。此指標比HBeAg陰轉、HBsAb陽轉指標提示要早。因病毒基因變異的HBeAb（+）慢性乙型肝炎病人和HBV無癥狀攜帶者，若Pre-S1抗原持續陽性，提示病毒在機體內繼續復制，更容易進展為肝硬化，甚至肝癌。
Pre-S1抗原是急性乙型肝炎的早期診斷指標
研究表明，乙肝感染的第2周出現HBsAg，第4-18周檢測到Pre-S1抗原，第5-12周HBV-DNA陽性。Pre-S1抗原在轉氨酶升高前即可查出，在體檢和獻血員中加查Pre-S1抗原，可起到疾病的早期診斷和盡早切斷傳染源的重要作用。
如果檢測HBV-DNA還要不要檢測Pre-S1抗原呢？
雖然Pre-S1抗原和HBV-DNA呈高度相關，在表明HBV復制方面兩者的符合率大于90％，但是Pre-S1蛋白在病毒感染機體的整個周期中，更能夠充分的反映機體的體液免疫狀況，直至病程的轉歸過程，這是單一測定HBV-DNA檢驗地帶網所不能做到的。Pre-S1抗原的測定采用酶免檢測方法，操作簡單，價格低廉，適于做常規檢測。HBV- DNA的優勢在于判斷HBV感染和復制的所有指標中最敏感，但PCR技術要求精密、所需要的條件高，易發生污染和假陽性，不適于做常規檢測。同時，兩種方法存在著一定的交叉陽性和交叉陰性現象 ,因此 ,在實際工作中兩種方法可協同檢測 ,相互補充。所以，就像HBV-DNA不能替代乙肝五項的檢測一樣，同樣HBV-DNA也不能替代Pre-S1抗原的檢測。