1 研究方法
由于根系與土壤的緊密關系，對于測定根呼吸，早期的研究方法實質就是如何把它從土壤呼吸中區分出來或通過估計根系呼吸占土壤呼吸的比例來求得，因此最初根系呼吸測定方法基本都源自土壤呼吸的方法理論。后來，隨著實驗手段和測試儀器的發展，研究人員逐漸 采用了一些直接測定根系呼吸的方法，但現在還缺乏根系呼吸定量測定的統一標準。
大體上，植物根系呼吸的測定方法分為間接測定法和直接測定法，間接測定法主要有排除根法、挖壕法、林隙空間法和樹干環剝法；直接測定法有離體測定法和全根測定法。測定手段包括根系分析儀、CO2分析儀、氧電極、紅外氣體分析儀、同位素標記、PVC管氣室等多種，其中以根系分析儀使用最為常見，測定結果最為精準，研究者可根據研究目的及試驗條件等確定適宜的研究方法。
2 根系呼吸研究存在的問題
測定根系呼吸的方法多種多樣，但現有的對根系呼吸的研究過程中還存在許多問題，譬如呼吸的測量方法比較粗放，大多都是通過間接方法測定而來，在實際操作中存在相應的誤差，很難精確地測定出根系CO2通量。根系呼吸這一生理過程是動態變化的，具有很大的時空變異性，實際操作難。呼吸作用時刻都在進行，增大了界定呼吸對光合同化物消耗閾值的難度和精準度，在測定具體的時間和空間變化方面也有很大的難度。
鑒于根系呼吸測定目前缺乏成熟的方法，今后的研究中應提高根系呼吸測定精確性，開展根系呼吸空間分布方面的研究并積極研發適合國內不同生態系統、不同地域的測定儀器，制定統一的測定標準和方法是需要解決的迫切問題。另外，進一步研究對不同氣候帶、不同作物類型、不同生長發育階段、不同立地條件、不同土壤深度、不同農業措施下根呼吸動態及調控機制也將為該領域的深入拓展奠定基礎。
