胸腹水臨床檢測的生化項目很多，其中臨床應用意義較大的常見生化指標簡述如下：
1 糖及其衍生物
1.1 葡萄糖(Glucose) 漏出液糖含量與血糖水平一致，滲出液因受細菌或炎癥細胞的糖酵解作用，糖含量常不及血糖的一半，化膿性腹水<1.1mmol/L；結核性胸水一般在4.4mmol/L左右。SLE胸水多數>4.4mmol/L，癌性胸腹水與血糖平行，但胸膜受癌細胞廣泛浸潤時常降至1.67～3.33mmol/L。
1.2 唾液酸(SA) SA含量測定對癌性胸腹水有一定的診斷價值。文獻報告，以總SA：290.2mg/L，脂質結合LSA：32.1mg/L為診斷界值，診斷癌性的準確性達82.8%。
2 pH值
體液中pH值一般為7.3或稍>7.3。低于7.3。尤其低于7.2，化膿性可能性大；結核性一般為7.3～7.4；>7.4高度提示惡性腹水。
3 膽紅素(Bilirubin)
近年發現，腹水膽紅素(P*BIL)與血清膽紅素(B*BIL)比值對滲漏出液鑒別診斷有參考價值，江福民報道，滲出液P*BIL/B*BIL為0.51～1.08，平均0.78；漏出液為0～0.62，均值0.38；兩者差異有高度顯著性(P<0.001)。以P/B≥0.6，診斷滲出液準確性達96.4%，以P/B<0.6，判斷漏出液準確性達95%。
4 蛋白質及其衍生物
4.1 總蛋白(TP) 漏出液正常參考值TPr<25g/L，化膿、結核等炎性滲出液的TP常>40g/L；充血性心衰、腎臟病變等為1～10g/L；肝硬化腹水為5～20g/L，惡性腫瘤多為20～40g/L，Budd-chiari綜合癥可高達40～60g/L。
4.2 粘蛋白 粘蛋白定量測定可作為鑒別惡性與非惡性腫瘤。腺癌與非腺癌胸腹水的重要依據，惡性腫瘤的腹水粘蛋白含量為13.5±8.4μg/L，良性腫瘤腹水為1.0±0.82μg/L(P<0.01)；腺癌腹水為14.8±10.1μg/L，非腺癌為2.3±1.8μg/L(P<0.01)，>5μg/L，可疑腺癌，>10μg/L可明確診斷腺癌。
4.3 纖維結合蛋白(Fibroneeitn Fn) Fn是一種存在于體液、結締組織及細胞表面的α2糖蛋白，國外Schomerich報告，惡性腹水Fn173.9±65mg/L明顯高于良性腹水13.4±6.8mg/L(P<0.01)，判斷良惡性腹水的準確性為100%。國內熊碧芳等，研究亦發現，Fn是鑒別良惡性胸腹水的最好指標之一，其診斷敏感性、特異性和準確性分別為76%，78.6%和77.8%。
4.4 結合珠蛋白(HP) 對于病灶小，不易發現的早期卵巢腫瘤患者，檢測腹水HP可揭示其腹水來源的良惡性。HP>0.24gHb/L，可考慮惡性卵巢腫瘤。
4.5 鐵蛋白(IBP)
4.5.1 IBP可作為腫瘤與結核性胸膜炎的鑒別診斷。當胸腹水IBP高于1500mg/L時，腫瘤的可能性極大。
4.5.2 IBP對滲漏出液的鑒別診斷亦有一定價值。張新暖報告，滲出液IBP0.71±0.28mmol/L明顯高于漏出液0.21±0.113mmol/L(P<0.001)。
4.6 α1酸性糖蛋白(α1-AG)、銅藍蛋白(CP)
4.6.1 α1胰蛋白酶(α1-AT)、α2巨球蛋白(α2-M)、α1-AG、CP、α1-AT等均屬急性時相蛋白，是一種由損傷誘發，肝臟產生的血清糖蛋白。組織損傷后迅速增加，隨損傷的恢復而下降。腹水α1-AG、CP、α1-AT含量，化膿性胸膜炎>結核胸>惡性腫瘤。明顯增高時，提示膿胸。
4.6.2 α2-M為血清中具有重要生物活性的大分子糖蛋白，由淋巴網狀內皮細胞合成。為血液中一種重要的蛋白酶抑制因子，文獻報道，惡性腫瘤α2-M1.06±0.1g/L比結核性胸水0.51±0.09g/L高2倍，比膿胸0.33±0.08g/L高3倍。
4.7 肌酐
一般腹水中是不含肌酐的，若外傷或腫瘤等使尿貯留，腎臟或泌尿道口有瘺孔，尿漏入腹腔時，常含一定量的肌酐，此外，Cr可作為肝硬化腹水與其他病因腹水的鑒別指標，兩者血肌酐無差異，但腹水肌酐差異卻有顯著性。肝硬化組明顯高于非肝硬化組(P<0.01)，結合腹水肌酐(PCr)與血液肌酐(BCr)比率判斷。以PCr/BCr≥1為預告值，對肝硬化腹水陽性預測為80%，陰性預測達90%。
4.8 脂質(TC、HDL-C、LDL-C、ApoAI、ApoB、TG)
4.8.1 腹水膽固醇(PTC)對判斷滲漏出液的價值已得到充分肯定，多數意見認為，以PTC1.39mmol/L，PTC/BTC≥0.3為醫學決定性水平診斷滲漏出液的準確可達97%以上。
4.8.2 腹水HDL-C、LDL-C、ApoAI、ApoB雖不能鑒別胸腹水的良惡性，但卻有助于滲漏出液的鑒別診斷，以HDL-C0.28mmol/L、LDL-C1.12mmol/L、ApoAI40.1mg/L、ApoB21.6mg/L為診斷界值，結果重疊少，尤其APOB準確性率達100%。
4.8.3 TG對診斷胸腹水的性質無臨床意義。但有助于乳糜液與假性乳糜液相鑒別，一般乳糜液中TC降低，TG明顯增高，常>6.65mmol/L。
4.9 抗結核菌體蛋白衍生物(PPD)特異性IgG抗體及IgM抗體(PPD-IgG、PPD-IgM) PPD-IgG、PPD-IgM對結核胸腹水診斷有重要價值：文獻報告，PPD-IgM對結核性胸膜炎診斷敏感性為72.9%，特異性為96.9%；PPD-IgG診斷敏感性為92.5%，特異性為84.8%。若兩者同時檢測敏感性則可提高到95%。
5 酶類
5.1 膽堿酯酶(Che) Che對胸腹水性質的鑒別診斷有價值。
5.1.1 提示或排除腫瘤性腹水診斷 Che>10U/L，可提示腫瘤性腹水，特異性為78.6%；Che>16U/L，可基本明確診斷腫瘤性腹水；Che<2U/L可排除腫瘤性腹水。
5.1.2 有助于單純性肝硬化腹水診斷 Che>5U/L，提示肝硬化腹水的可能；Che<2U/L，可基本明確診斷肝硬化腹水。
5.1.3 提示或排除自發性腹膜炎(SBP)腹水的診斷 SBP Che為5～10U/L；Che<2U/L或>16U/L，可排除SBP。
5.2 乳酸脫氫酶及其同工酶
5.2.1 風濕癥、惡性腫瘤LDH比血清高：多細胞的胸腹水LDH水平升高，可能與RBC中LDH釋放有關。
5.2.2 Light認為 腹水LDH>200IU/L、腹水LDH與血清LDH比率≥0.6和腹水TPr/血清TPr>0.5時，可診斷為滲出液，反之為漏出液。亦有人進一步證實，若LDH>400IU/L，其余兩項某一項符合要求，可強烈提示惡性腫瘤。示惡性腫瘤。
5.2.3 胸腹水LDH同工酶 LDH3、LDH4和LDH5升高或LDH5單項增高，可考慮惡性腫瘤。
5.3 溶菌酶(LZM) 一般認為LZM存在于結核類上皮細胞肉芽腫以及病灶周圍被激活的巨噬細胞中，結核性腹水LZM增高，資料顯示，結核性腹水LZM 45.5±20.6mg/L與癌性腹水24.1±12.5mg/L比差異有高度顯著性(P<0.001)，閾值為30mg/L，診斷準確性達78.4%；若綜合PLZM/BLZM≥1為醫學決定性水平判斷，準確性可提高到93.3%。
5.4 腺苷脫氨酶(ADA) ADA是一種腺苷分解酶，為嘌呤核苷代謝的重要酶類，其對診斷結核性胸膜炎以及抗癆治療的療效觀察和病情監測有很高的價值。當閾值為50.75U/L。PADA/BADA≥0.984時，對結核診斷的特異性為94.1%，敏感性為100%。文獻報道：TBADA47.1±11U/L與CaADA18.5±9.3U/L相比差異有高度顯著性(P<0.001)。若以30U/L為診斷界值，診斷結核的敏感性為82.3%，特異性為85.4%，有人認為，ADA>45U/L，可提示結核，<30U/L則疑癌。
5.5 淀粉酶(Amylase) 腹水中的Amylase活力增加，一般較血清高，胰性腹水、出血性胰腺炎、胰癌、重型急性胰腺炎等可顯著增高。此外，食管破裂或穿孔時亦增高。
5.6 血管緊張素轉化酶(ACE) ACE對結核與癌性胸腹水有鑒別診斷價值，TBACE35.49±11.14U/L明顯高于CaACE19.81±7.36U/L(P<0.001)，以25U/L為醫學決定性水平，結果重疊少。
5.7 纖溶酶原 心功能不全者胸腹水纖溶酶原活性增高，而血、尿中卻低；結核腹水低而血、尿則正常；肺旁胸膜炎、胸水、血、尿中活性均低；癌性腹水活性高，其血中活性亦高，而尿中卻低。
6 腫瘤標志物
6.1 癌胚抗原(CEA) 自Gold Freedman等發現CEA以來，已廣泛應用于腹水腫瘤標志物的檢測，正常腹水CEA低于2.5μg/L，良性瘤50%～90%低于5μg/L，癌性50%～80%>5μg/L，結核性<2μg/L。
6.2 糖鏈抗原(CA19-9、CA125、CA50、CA72-4) CA19-9為一種粘多糖戊糖，對胰腺癌診斷有較高的特異性和敏感性，陽性率達80%以上。另外，卵巢癌和粘液性腺癌90%增高，轉移性卵巢癌100%增高，惡性腹水CA19-9(75.18±51.45)×10U/L明顯比良性腹水(9.32±5.62)×10U/L、結核(8.95±5.36)×10U/L及肝硬化(19.64±5.83)×10U/L高(P<0.01)。也可用于腸癌、肝癌、胃癌等的療效監測。
CA125在女性生殖器官中分泌，胸膜、腹膜、心內膜等也存在，特別在胸膜間皮細胞中存在，胸膜轉移癌、卵巢癌、輸卵管癌等均增高，而其他良性疾病：肝硬化、尿毒癥、胰腺炎等均不高。可用于監測卵巢癌、子宮癌的療效。
CA50對診斷肺癌有一定的陽性率，肺癌組59.1±62.8KU/L高于肺良性組6.7±5.2KU/L(P<0.001)，也可用于良惡性積液的鑒別，>12KU/L，惡性積液可能性大。
CA72-4可用于監測腹水中轉移的胃癌、結腸癌、直腸癌的療效。
6.3 鱗癌細胞相關抗原(SCC) 一般胸腹水SCC低于1.5μg/L，單層上皮細胞癌較良性組有意義的增高，惡性腹水亦較結核高。
6.4 腫瘤多肽抗原(TPA) TPA可作為診斷癌性腹水的有效指標。原發性肺癌陽性檢出率為40%，轉移性肺癌陽性檢出率為60%。
6.5 Cyfra21-1 Cyfra21-1是指細胞角蛋白19的片段，(CK-19)為一種酸性多脂，主要分布于單層上皮細胞。如肺泡上皮細胞、腸上皮細胞、胰管、膽管、子宮內膜及輸卵管等，上述細胞發生癌變時，即可釋放CK-19片段，一部分進入血液循環，一部分隨漏出液進入胸腔。可用于監測胸水轉移肺癌、腸癌、子宮癌等療效。
6.6 甲胎蛋白(AFP)和人絨毛膜促性腺激素
6.6.1 AFP為肝細胞癌的標志物，可作為肝癌與肝硬化、肝炎腹水鑒別診斷的有效指標。
6.6.2 人絨毛膜促性腺激素(β-HCG)為絨毛膜上皮癌的標志物，Pavesi認為腹水β-HCG>10IU/L可提示絨毛膜上皮癌。
7 補體CH50及補體復合物5b-9(SC5b-9)
7.1 膠性疾病伴有胸腹水時，可測定補體CH50，當CH50<10U/ml時，可疑為RA和SAR。