煙草種子能否萌發，與種子的形態結構、休眠、壽命以及外界環境條件中的水分、溫度、氧氣、光照等因素有密切的關系。而光照可以有光照箱提供，因為光照箱一種能夠自由設定光照強度，最大程度模擬自然光照的農業儀器。從種子萌發的內因來看，種子結構對其萌發的影響最大，可以說完整的結構是種子萌發的物質基礎。
煙草種子看起來體積很小。普通煙草（如烤煙、香料煙、白肋煙等）的種子長約0.65～0.80mm，寬約0.45～0.55mm，黃花煙草的種子雖然比普通煙草的種子大，但它的重量也只不過是普通煙草種子重量的3倍。與小麥、玉米、大豆等一些作物的大粒種子相比，其體內所含的營養物質也必然少，由于 煙草種子體積小的限制，增加了其萌發的難度。因此，在做煙草種子的發芽實驗時，我們需要先對煙草種子進行品質鑒定，其中包括種子千粒重、種子發芽率、種子 凈度分析等參數測定。其中種子吹風機是經常使用到的儀器。種子吹風機采用的原理為微粒在空氣中的漂浮速度不同而來區分不同種類的種子，這是凈度分析前的基礎性操作，而種子吹風機有時也會被叫做種子風選儀。只有當滿足一定品質要求的種子，才能進行種子發芽測試。
將煙草種子放到放大鏡下觀察，種子的表面有象核桃紋似的波狀花紋，這些花紋是由種臍處發出的種脈構成，靠近種臍處和腹面的花紋密而且窄，其它部位的花紋稍稀疏。這些花紋的存在，增大了種子的表面積，使種子表面吸附水分的能力增強，當把種子浸濕后，易被一層水膜包起來，阻礙了空氣透入種子內部，造成種 子萌發時缺氧。煙草種子的這種特殊的表面結構也導致了種子難以萌發。