（一）細胞膜蛋白分子的檢測
原理：
細胞膜表面的抗原或受體可特異地與相應的抗體或配體結合，將針對細胞表面抗原的抗體或配體用不同的熒光素標記，根據不同熒光物質的最大激發和發射波長的不同，即可準確定量每種熒光物質的強度，從而推出相應細胞表面抗原表達量
1 直接法：細胞＋熒光素標記的抗CD分子的抗體→4oC反應30-60min→熒光顯微鏡觀察或流式細胞計分析。
2 間接法：細胞＋抗CD分子的抗體→4oC 反應30-60min 熒光素標記的二抗 4oC 反應30-60min→熒光顯微鏡觀察或流式細胞計分析
懸浮細胞：用PBS洗二次后再做染色
貼壁細胞：先用胰酶消化成懸浮細胞再染色
2 Annexin V檢測技術 (檢測細胞凋亡的一個常規指標)
磷脂酰絲氨酸（Phosphatidylserine, PS）正常位于細胞膜的內側，但在細胞凋亡的早期，PS可從細胞膜的內側翻轉到細胞膜的表面，暴露在細胞外環境中。Annexin-V是一種分子量為35~36KD的Ca2+依賴性磷脂結合蛋白，能與PS高親和力特異性結合。將Annexin-V進行熒光素（FITC、PE）或biotin標記，以標記了的Annexin-V作為熒光探針，利用流式細胞儀或熒光顯微鏡可檢測細胞凋亡的發生。
樣本處理和染色方法
1 懸浮細胞的染色：將正常培養和誘導凋亡的懸浮細胞（0.5~1×106）用PBS洗2次，加入100ul Binding Buffer和FITC標記的Annexin-V（20ug/ml）10ul，室溫避光30min，再加入PI（50ug/ml）5ul，避光反應5min后，加入400ul Binding Buffer，立即用FACScan進行流式細胞術定量檢測（一般不超過1h）， 同時以不加AnnexinV-FITC及PI的一管作為陰性對照。
2 貼壁培養的細胞染色：先用0.25%的胰酶消化，洗滌、染色和分析同懸浮細胞。
3 爬片細胞染色：同上，最后用熒光顯微鏡和共聚焦激光掃描顯微鏡進行觀察。
（二）細胞內蛋白分子的檢測
細胞內細胞因子的檢測、凋亡相關蛋白TFAR19的檢測等。
操作過程：
（1）直接法：
細胞→3％多聚甲醛固定和 滲透化→封閉→熒光素標記的抗體→ 洗滌→熒光顯微鏡觀察或流式細胞計分析
（2）間接法：
細胞→3％多聚甲醛固定和滲透化→封閉→針對蛋白的特異抗體→洗滌→熒光素標記的二抗→洗滌 → 熒光顯微鏡觀察或流式細胞計分析
凋亡相關蛋白TFAR19蛋白的表達和細胞定位分析
TFAR19（PDCD5）是由本研究室在國際上首先報導的一個擁有自己知識產權的人類新基因，前期的功能研究表明，它是促進細胞凋亡的增強劑。利用熒光素（FITC）標記的TFAR19單克隆抗體為探針，對細胞凋亡過程中TFAR19蛋白的表達水平及定位研究發現，凋亡早期TFAR19表達水平增高并出現快速核轉位現象。同時我們發現，凋亡早期TFAR19蛋白的核轉位早于磷脂酰絲氨酸（PS）外翻和細胞核DNA的片段化，提示TFAR19蛋白的核轉位是細胞凋亡更早期發生的事件之一。進一步的研究證明，凋亡早期TFAR19的核轉位具有普遍意義，不同細胞凋亡早期均出現TFAR19高表達和核轉位。這為研究細胞凋亡早期所發生的事件，提供了一種新的技術和指標。
1 懸浮細胞的染色：
（1）收獲正常和誘導凋亡的細胞（0.5~1×106），PBS洗2次，
（2）3%多聚甲醛冰浴10min，PBS洗2次，1000rpm′10min。
（3）加入PBS-T溶液，37°C孵育15min，PBS洗2次，
（4）加入200ml胎牛血清，室溫反應30min。
（5）加入 FITC標記的TFAR19單抗，4°C反應30min
（6）熒光細胞洗液洗2次，熒光顯微鏡及共聚焦激光顯微鏡下觀察TFAR19在細胞中的定位。同時用流式細胞計定量檢測TFAR19蛋白的平均熒光強度。
2：貼壁細胞的原位染色
（1） 貼壁生長的對數期細胞鋪在24孔或6孔板中（內有潔凈蓋玻片），讓其爬片生長，待長到50%~80%滿時，凋亡誘導劑處理細胞。
（2） 將不同時間點處理的細胞進行免疫熒光染色，染色步驟同上。