86) 選擇sephadex G75或者superdex 75,柱子的大小一般都是按你的處理量算的,通常的柱子大多是1.6x60,2.6x60,或者有100cm的柱子,內徑為1.6或者2.6的.也也有更粗的.一般都不會有問題.
1,我們實驗室沒有sephadex G75(3000-80000),最接近的就是sephadex G100(4000-160000),而且都是80年代的產品,如何判斷還能不能用?網上可以找到這兩種填料的說明書嗎?
2,您所說的處理量指的是樣品的質量(mg)還是上樣的體積(ml)?就我所知有兩種計算方法。其一是根據質量算:蛋白質技術手冊(汪家政)上說有一種工式:柱直徑=(m/10cm)1/3其中m是蛋白的質量(mg),柱的長度=柱直徑*30,但這個柱直徑 的計算公式我沒看明白,用不上;其二是根據上樣體積算:如果上樣量是1ml,按1%的柱床體積則需要100ml樹脂,直徑1.5-1.6,長度50-60,但如果按2-3%的柱床體積則只需要30-50ml樹脂,這樣柱參數的變化又極大。您通常是怎樣計算的?(具體到我所要分離的蛋白上樣量是1ml,包含雜蛋白的總質量是4mg)
3.100ml樹脂和50ml樹脂對樣本的稀釋度是不是2:1?
1.G100剛性不好,容易因為壓力,鹽變化而體積改變,實在沒有辦法也只能用這個,但是你要保持恒定的流速,,鹽或緩沖液的濃度,這樣才能保證有很好的分離效果,說明書我想不好找,但是它和所有的sephadex處理是一樣的。
2,處理量對于凝膠過濾一般是按體積算,通常上樣量是柱床體積的5%左右應該,如果很接近,也可以降低到2%,你的1ml樣,1.6x60cm的足夠了。
3。一般稀釋至少在2以上。
87) 還有個小問題,是不是G后面的數字越大,就剛性越差,越容易受外因素影響?
是的,G后面的數字越大,就剛性越差,越不耐壓和鹽溶液。
88) 我表達的是帶有GST的融合蛋白,醇化后需用凝血酶切割,我想問一下這個凝血酶與臨床上用的凝血酶一樣嗎?
是一樣的,但是用于酶切的要求的純度更高。
89) 在做WB,因為是血清標本,含有較多的白蛋白,可能影響我的實驗結果。我請問過ptglab樓主,他推薦我來這兒問一問。請問高手有什么方法嗎?哪一種比較簡單經濟?藍色瓊脂糖凝膠可以分離嗎?
用藍色瓊脂糖凝膠就可以去除,我覺得很快也很特異,樣品直接穿過柱子白蛋白就可以去掉90%以上,你pM你的郵件地址給我,我給你一份相關的材料,我們這里就有這個填料。
90) 凝膠過濾層析、離子交換層析、親和層析上樣時,對樣品目的蛋白濃度的要求是不是一樣的?樣品濃度一般要求在多大范圍內?
凝膠過濾處理樣品量主要是受體積的影響大,濃度相對要小一些,上樣量在床體積5%左右,如果是除鹽可以上到20%左右。
其他的主要是上樣的濃度,一般就在5-10mg/ml填料,具體的情況得看填料的載量和使用說明。
91) 我問的意思 是在純化過程中,如果蛋白酶抑制劑去掉了,而該蛋白酶還未去掉,我擔心此蛋白酶還會消化我的目的蛋白,請問我說得有沒有道理?有沒有必要考慮?
你可以用抗體做WB檢測你的純化的蛋白,如果確實有酶解的現象,那你可以在純化過程中你的緩沖液里加一些抑制劑,然后再做對比,我覺得你考慮得很周到,這個也是值得注意的問題,但是純化的過程時間不長,一般沒有必要這么做,但是有的蛋白有降解的現象,那就加試試。
92) 離子交換層析、親和層析上樣時樣品的蛋白濃度可以達到5-10mg/ml?我覺得濃度是不是太大?
抱歉,沒有說清楚,我的意思是填料的載量大多在這個范圍,所以上樣的多少由填料對你的目標蛋白的載量有關,也和填料的性質有關,一般的上樣量可以按5-10mg/ml填料的量來上,至于濃度高到5-10mg/ml的樣品也沒有什么關系,因為其中真正你的目標蛋白不一定很高,所以其實這樣的濃度也沒有關系,具體的量和濃度還是要經過實驗才知道。
93) 破碎菌體,加pBS緩沖液,目標蛋白就可以容于pBS緩沖液了嗎?我的蛋白是包涵體。
那你就得用8M的脲或6M的鹽酸胍溶解包涵體,然后復性再純化了,用普通的緩沖液是溶解不了你的目標蛋白的,你的蛋白再破碎后的沉淀里,不在上清中。
94) 你好,我最近做純化,遇上了兩個問題,第一是使用sephrose fast flow做初純,因為膠不夠,我就將一年前使用過的舊膠(放在冰箱里)加入在正在使用的膠里面,出現了怪現象,整個膠變成了絮狀, 沉不實,我一看,舊膠里面是有很多絮狀物(不是其它東西,也是膠)漂在上面,下面沉淀的是膠,我立即加入了2M的NaCL,這時分層了,絮狀物在上面,下面是膠,我于是除去了上面的東西,把下面的膠加上水清洗了三次,又用pH5.0的NaAC
處理了三次,完了,又變回當初的絮狀態了,象穩定的絮狀膠體一樣,真不知到底怎么回事(也就是說加鹽它就能沉,加水就絮狀膠體),我的膠是不是不能用了?
另外,我做親和,目的蛋白下面有兩條帶怎么都去不掉,我的蛋白是4聚體,是不是做SDS-page將它 解離了?我打算做native看看,但是高效液相結果顯示很純的,只是主峰后面有個類似拖尾的小峰,不知道是不是沒有分離開,想請你幫我指點一二,另外能不能介紹下親和方面的資料,非常感謝
你的舊填料是怎么保存的呢,是在20%的乙醇中的嗎,你可以把你的填料在抽濾漏斗上去清洗,先用水洗,然后再用0.5MNaOH洗三次,再用20%乙醇洗,70%乙醇洗,水洗,這樣你再取出膠在水中混懸看看,應該就好了,如果不好,那就沒有辦法了,但是一般這么處理應該沒有問題.
親和你用的是什么方法呢,什么填料,HPLC又是用什么柱子呢,是反相嗎,我覺得你得先說清楚這樣才好分析.
95) chromatography兄,很感謝你的幫助,我這里沒有抽濾漏斗,請問那里可以買?貴嗎? 我明天用你說得辦法處理幾次,看看有沒有辦法解決,如果沒有抽濾漏斗,是不是有什莫替代品那?
親和我使用的是sephrose cl 6B,配基是酶的底物,我的酶是有4個亞基的聚合體,共同存在時才有活性,那兩條雜蛋白帶在SDS-PAGE中位于主帶的下面,洗脫采用底物類似物等pH濃度梯度洗脫,奇怪的是高濃度洗脫純度較高,一般可以去掉其中的一條雜蛋白,但是另外較小的那條基本很難去除,有雜蛋白存在時酶活往往降低的好快,請chromatography兄幫我分析分析原因,很感激.
這