蛋白組學分析軟件
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ProtParam 瑞士蛋白質專家分析系統中的子程序，適用于蛋白質序列的物理-化學參數（氨基酸、原子組成，等電點，消光系數等）
MultiIdent 瑞士蛋白質專家分析系統中的子程序，適用于通過等電點、分子量、氨基酸組成、序列標簽、肽指紋數據等識別蛋白
AACompSim 瑞士蛋白質專家分析系統中的子程序，該程序將登錄在Swiss-Prot數據庫的蛋白質氨基酸組成與其它登錄蛋白質進行對比分析
AACompIdent 瑞士蛋白質專家分析系統中的子程序，該程序用于通過氨基酸組成識別蛋白質
3D Protein Display and Sequence Analysis for the PC (UIUC) 蛋白質三維構象展示。
3D-PSSM 借助序列、三維結構的序列輪廓，結合二級結構、溶劑勢信息，基于網絡的迅捷蛋白質折疊識別方法。
Align3 在微機DOS操作系統中運行的核酸、蛋白質三序列分析軟件，該軟件的優點在于易學、易懂，缺點是僅能進行三序列的對比分析。
ALP3——蛋白質三序列的對比分析。
AMBER 蛋白質同源模建。
Analyze 利用EDMC方法通過球形構象分析：
[1]探討蛋白質構象特性：分子內、分子間氫鍵；相對于參考構象的均方根位移（RMS）；官能團間、質子間的距離；
[2]分析蛋白質整體構象的電學性質—平均化玻爾茲曼分布；
[3]利用提供的直角坐標計算二面角；
[4]構型調整、構象優化；
[5]建立適當的構象統計權重，獲得理論預測與實驗核磁NOE譜、耦合常數匹配的分析信息；
ANTHEPROT Protein Sequence and 3D Structure Analysis (France)
蛋白質序列和三維構象分析。
ARP 處理、闡明生物大分子的電子密度圖，構建、修正大分子模型。
ASC 蛋白質分子表觀性質分析軟件，即通過計算蛋白質分子表面性質探討分子作用機理模式。該程序涉及：
[1]利用范德華表面或溶劑可及性表面方法探討蛋白質截斷球面性質；
[2]利用雙立方格子方法數值化蛋白質表面、表面體積；
[3]計算分子組裝及各組分表面能量、親疏水性表面
BIOSIM A BIOlogically oriented neural network SIMulator
面向分子生物學的神經網絡模擬軟件
Blast and Fasta Scripts (Stanford) 蛋白質序列分析。
Catalyst 藥物設計操作平臺。簡易設計分子結構模型的操作平臺，提供先進的信息檢索、信息分析、功能模擬訪問相關的數據庫，設計假設化合物及相關模型，解釋構效關系；進行組化合物的結構、功能對比，設計特定藥效基團；篩選特定結構化合物。
Cerius2 材料科學、化學領域的分子構效分析的操作平臺。依托于UNIX圖形工作站，用于構間分子模型、結構優化，進而結合組合化學數據庫進行結構功能分析，借助該操作平臺提供的大量的回歸、分析技術，利用現有的活性數據、獲得的回歸方程預測、設計全新活性化合物。該操作平臺為Gaussian程序提供了方便、簡潔的鏈接，并為計算結果進行圖形分析。
DELILA Sequence analysis system(NCI/FCRDC)
序列分析。
FASTA 基于網絡的借助數據庫主要進行蛋白質的序列對比分析。
FLEX 3D from The Scripps Institute 蛋白質空間構象分析。
FoldIt (light) - Molecular Graphics - Macintosh 蛋白三維折疊結構分析。
GCG 基于PC和工作站的分析蛋白質和核酸序列功能軟件集合。具有支持網絡操作的功能，可以完成數百種分析功能。面向分子生物學、生物信息學進行序列對比、數據庫檢索、進化分析、序列拼接、基因模式識別、酶切位點、PCR引物設計、蛋白質功能位點分析、蛋白質與核酸對譯以及二級結構分析。
Gene Explorer 面向分子生物學的分析操作平臺。面向分子生物學，將分子模擬技術、生物信息學、數據分析集中于一體的操作界面。包含：核酸、蛋白質同源檢索，蛋白質空間構象預測，蛋白質突變體設計，線性酶切位點分析。
蛋白質同源檢索——借助不同的檢索技術，建立有效的檢索方法，對蛋白質序列進行同源檢索；同時分析結構信息，從而將檢索方法擴展。
InsightII 生命科學領域分子模擬系統的圖形操作平臺。依托于UNIX圖形工作站，對生物大分子，特別是蛋白質分子的空間構象給予圖形界面化。同時，集成常用的、具有共性的分子操作工具，如空間構象顯示模式、幾何參數計算、分子結構單元的定義和操作、計算數據的圖形處理等。該操作平臺為AMPAC/MOPAC、TURBERMOL、DMOL等應用軟件提供了鏈接。
InsightII操作平臺涉及的常用應用模塊包括：Builder、Homology、Discover、Delphi、Docking、Analysis等。Builder是構建分子（有機分子、生物分子、金屬配合物等）模型、賦予初始結構的工具，可以進行分子中鍵長、鍵級、原子的力場參數等的修改；Homology是蛋白質同源模建的核心模塊，該模塊通過目標蛋白的序列在蛋白質結構數據庫（PDB）中搜索同源蛋白，依據獲得的同源蛋白為模板預測目標蛋白的空間構象，該模塊能夠進行蛋白質及核酸的序列聯配、蛋白質空間結構疊合、非保守區（Loop）構象搜索及模建、二級結構預測及分析、蛋白質親疏水性分析、結構修正、結構模型合理評估、結構參數檢測等；Discover是分子力學優化、分子動力學動態模擬操作平臺，是有機小分子、生物大分子結構優化、動力學模擬的必備應用模塊，可以進行包括最陡下降、共軛梯度、牛頓力學等多種分子力學極小化和分子動力學模擬，同時也可以進行高溫模擬淬火搜索能量穩定點；Delphi程序通過求解泊松—玻爾茲曼方程進而分析蛋白分子、有機分子的靜電分布，有效的模擬蛋白質分子間的相互作用；Docking程序是基于結構的藥物設計的應用模塊，既可以進行受體—配基間的分子對接，進而分析作用能量、分子間氫鍵分布、反應自由能等，又可以結合分子生物學實驗確定的受體結合靶點進行對接過程中的動態模擬；Analysis是分子動力學動態模擬結果的圖示分析程序，對動態模擬結果給出圖形、表格分析，通過選取某一特定構型、某一特定時間的分子構象，重現分子動力學動態模擬過程中的動態變化，并對動力學分析過程中產生的分子構象進行聚類分析。
MEMSAT Membrane protein Structure And Topology
膜蛋白結構和拓撲學分析。
MolViewer Molecule viewing program for NeXT (Rice)
蛋白三維結構瀏覽器。
PDB 3D-coordinates of Proteins (Brookhaven) 蛋白質三維結構分析。
Quanta 蛋白質結構分析操作平臺。結合Charmm力場同源模建蛋白質空間構象，預測活性位點，為蛋白質工程實驗提供新的突變體；結合NMR、X-射線衍射數據進行蛋白質結構進一步修正。
SAPS Statistical Analysis of Protein Sequences (Stanford)
蛋白質序列的統計分析。
STANDEN 類似于GCG功能的軟件包，但不支持網絡操作功能。
Xerion Neural Network simulator (Toronto)
神經網絡模擬軟件。
XYLEM & FSAP Molecular database and Analysis packages (Manitoba)
分子數據庫構建和分析軟件包。