(2)常規化分析法
采用常規化學分析方法也可開展農藥殘留檢測。這類方法不需要特殊的分析儀器、操作簡單、費用少，但準確性和精確度低，靈敏度差，因此較適用于大樣本的篩查、定性分析或粗略定量測定。
①分光光度法
根據物質對光的吸收特征和吸收強度，對物質進行定性和定量分析。只適用于一些能在某些條件下產生或轉變成有色物質的農藥的檢測，如水果中乙硫磷的檢測。
②薄層層析法(TLC)
采用硅膠、氧化鋁、聚酰胺等吸附性和環己烷+己烷+四氯化碳+乙酸乙酯等常用展開劑，進行薄層層析，根據樣品和標準樣相互對照的比移值Rf來定性測定農藥殘留。已應用于蔬菜中某些有機磷農藥殘留檢出與定量測定。80年代后發展起來的高效薄層色譜法( HPTLC)與掃描技術結合，可進行農藥殘留的半定量分析，目前可用薄層掃描儀或采用聯機形式進行較準確的測定。
③紙色譜法
以纖維紙作載體，以吸附水分為固定相的一種液相色譜法。需要樣品少，能同時分離分析多種組分，但操作費時，譜帶不夠清晰，展開條件難以再現，且只能定性或半定量分析。
(3)快速檢測法
利用各種原理對農藥殘留進行現場大樣品的快速檢測，是目前保證農產品質量安全的一項重要舉措。
①生物化學法（酶法）
利用某種酶受影響的程度來檢測農產品中農藥殘留量。如利用農藥靶標酶——乙酰膽堿酯酶(ACHE)的受抑制程度，可檢測有機磷和氨基甲酸酯類殺蟲劑殘留，具體方法為：將酶置于薄層色譜板、紙片或者試管中，當酶與樣品混合并提供合適條件時，酶促使底物進行反應，產物本身具有顏色或通過顯色劑顯色；而如果樣品中存在農藥殘留時，因酶活性受到農藥抑制，底物不反應而無產物，故不顯色。采用薄層或紙片時，通過顯色程度或斑點大小、稱重、溶出法可以進行定性或半定量分析，采用試管時，可應用比色法以吸光度值計算酶抑制率，來進行定性或半定量分析，目前已開發出相應的各種速測卡和速測儀。酶法具有快速方便、前處理簡單、無需儀器或所需儀器簡單等優點，適用于現場的定性和半定量測定，但只能測定有機磷和氨基甲酸酯類殺蟲劑，其靈敏度與所使用的酶、顯色反應時間和溫度密切相關。經酶法檢測出陽性后，需按國家標準檢驗方法進一步檢則，以鑒定殘留農藥品種及其準確殘留量。
②免疫分析法
90年代優先研究開發利用的農藥殘留分析技術，有放射免疫分析( RIA)．酶免疫分析( EIA)，多組分分析物免疫分析(MIA)，免疫傳感器分析等。其中以酶免疫分析中的酶聯免疫法( ELISA)最為常用，即利用化學物質在動物體內能產生免疫抗體的原理，將小分子農藥化合物與大分子生物物質結合成大分子，并使之在動物體內產生抗體，對抗體篩選制成試劑盒，通過抗原與抗體之間發生的酶聯免疫反應，依靠比色來確定農藥殘留。免疫分析法具有特異性強，靈敏度高，方法快捷，無前處理或前處理簡單，分析容量大，成本低，一般不需貴重儀器等優點，試劑盒可廣泛用于現場樣品和大量樣品的快速監測，可準確定性和定量；但抗體制備困難，對未知樣品具有一定盲目性，可能出現假陽性或假陰性現象，試劑或儀器及環境條件等對定量分析結果影響較大。美國已有成品酶聯免疫試劑盒出售，對有機磷和氨基甲酸酯類農藥的最小檢出濃度分別為20ng/kg和300ng/kg（MRL的一半）。國外的成品試劑盒檢測對象包括二惡英、多氯聯苯等9種工業廢物，六六六、滴滴涕、殺螟硫磷、地亞農、對硫磷等15種殺蟲劑，瑞毒霉、腐霉利等4種殺菌劑，2，4-D、甲草胺等16種除草劑。試劑盒既有使用測試管而需配套分光光度計檢測的，也有使用針對大量樣品檢測的多孔板型而配套酶標儀進行檢測的。近年來，中國農業大學研究出阿維菌素、三氮苯類除草劑莠去津、西瑪津、撲草凈等抗體，農業部環境保護研究所研究了對硫磷抗體，但均未克隆，故尚未成正式產品。據悉浙江大學已研究了呋喃丹抗體，并已開發成功單克隆抗體。
從上可以得知，對同一指標（或參數）的檢測，可以有多種方法，也可以用不同的檢測設備，只是不同的方法和設備對檢測結果的影響不同，有的準確度和精密度都高，有的就相對要差一些。在農產品檢測實踐中，要考慮檢測的目的和檢測的程度，來選用不同的方法和檢測設備，由于檢測方法和手段的多樣性，檢測體系的建設就存在復雜性。