市售的各種純水系統，都是組合前述的1至2種純化技術來去除水中的污染物質。由于不同的純化方法都有其不同的優缺點，對于想要去除的污染物質種類與量均有其能力限制，所以純化所得的水質會有所不同。代表性的純水裝置以及精制方法總結如上表
例如“離子交換樹脂”，具有去除無機物質的優良性質，在使用的初期，水質可以達到10MΩ·cm以上的程度，但隨著官能團的飽和，水質會發生逐漸的劣化。此外，自來水中的有機物質、懸浮顆粒與微生物經常帶有負電荷，會在陰離子交換樹脂表面上產生非特異性的吸附而形成阻隔性薄膜，使樹脂的去除性能進一步劣化。
使用“蒸餾水”時，會由于沸點相近的污染物質與水蒸氣一起蒸發而將進水中的污染物質帶入蒸餾水中；也可能會受到純化時來自環境（空氣、容器）的污染。此外，蒸餾水的貯存容器一向都存在微生物問題，一定要進行定期維護工作。
RO方式與EDI方式對離子的去除能力比較
進水 RO水 RO-EDI水
濃度（ppb） 濃度（ppb）去除率（%） 濃度（ppb）
Na+ 14599 1868 87.2 ＜ 1
K+ ＜ 13138 371 88.2
Mg2+ ＜ 16438 20 99.7
Ca2+ ＜ 1106502 586 99.5
F- ＜ 1578 6 99.0
Cl- ＜ 145477 831 98.2
NO3- ＜ 113843 1756 87.3
SO42- ＜ 1117546 232 99.8
其次，在使用“蒸餾器”時，會由于沸點相近的污染物質與水蒸氣一起蒸發而將進水中的污染物質帶入蒸餾水中；也可能會受到純化時來自環境（空氣、容器）的污染。蒸餾器有時會和例子交換樹脂組合在一起精制純水。在前一階段使用蒸餾技術，能夠得到電阻率較高的純水，可是卻無法避免由于離子交換樹脂的缺點而引起的水質變動和微生物的增加。若在后續階段使用蒸餾技術，微生物的數量較少，水質比較穩定，可是無機物的去除效率卻變低了。
基于上述需要，使用去除能力強的反滲透膜來進行水質純化的方法被越來越廣泛的使用。反滲透膜對于水中的大部分不同種類的污染物的去除效率都相當良好，可大幅減少后續的純負荷，長時間穩定維持系統的去除能力。但是反滲透膜的去除能力取決于進水中的導電性物質的量，也就是說，精制出的純水的水質會受到作為進水的自來水的水質變動（地域影響，季節變動等）的影響。因此，也有單獨使用反滲透膜，在后階段純化過程中與離子交換樹脂組合來精制高純度水質的方法。但長時間的使用，也會產生一些問題，比如伴隨著離子交換樹脂吸附容量的降低引起的水質變動和微生物的繁殖。
最近，在反滲透膜的后階段加上EDI連續電去離子裝置，能夠有效的去除水中離子的“RO-EDI方式純水裝置“被廣泛的使用起來。這是各種純水系統中污染物質去除能力最高、水質最穩定的方式。
要點
純水方法不同，純水系統能夠去除的污染物也不同，其精制出的水質也是完全不同的。