常見高效液相色譜法按其分離原理可以分為液-固吸附色譜法、正相液-液分配色譜法、反相液-液分配色譜法、離子交換色譜法、離子對色譜法及分子排阻色譜法。以下對這幾種高效液相色譜法進行簡介：
1.高效液相色譜法：在液固吸附色譜法中，流動相為液體，并使用固體吸附劑，被分離組分在色譜柱上分離原理是根據固定相對組分吸附力不同進行分離的，其分離過程是一個吸附—解吸附的平衡過程。目前，液固吸附色譜法較常用于非離子型化合物，用于分離同分異構體。
2.液-液分配色譜法：在液液分配色譜法中，流動相與固定相都是液體，按照固定相和流動相之間互不相溶進行測試。同時，按照其極性不同分為正相液液色譜法以及反相液液色譜法。其中正相液液分配法的流動相極性小于固定相極性；反相液液分配色譜法中則是選用極性較大的流動相與極性較小的流動相。
3.離子交換色譜法：在離子交換色譜法中，固定相是離子交換劑，常用苯乙烯與二乙烯交聯形成的聚合物骨架，在表面未端芳環上接上羧基、磺酸基或季氨基。被分離組分在色譜柱上分離原理是樹脂上可電離離子與流動相中具有相同電荷的離子及被測組分的離子進行可逆交換，根據各離子與離子交換基團具有不同的電荷吸引力而分離。目前，離子交換色譜法主要用于分析有機酸、氨基酸、多肽及核酸。
4.離子對色譜法：在離子對色譜法中，固定相與流動相都為液體，是液液色譜法的分支，是根據被測組分離子與離子對試劑離子形成中性的離子對化合物后，在非極性固定相中溶解度增大，從而實現分離的色譜法。主要用于分析離子強度大的酸堿物質。
5.分子排阻色譜法：在分子排阻色譜法中，固定相是有孔徑的多孔性填料，流動相是可以溶解樣品的溶劑。小分子量的化合物可以進入孔中，滯留時間長；大分子量的化合物不能進入孔中，直接隨流動相流出，分子排阻色譜法利用分子篩對分子量大小不同的各組分排阻能力的差異而完成分離。目前，分子排阻色譜法常用于分離高分子化合物。