隨著功能強大的帶有外部離子源的傅里葉變換-離子回旋加速器（FT-ICR）質譜儀的出現以及商業化，我們在質譜儀的分辨率與準確性方面取得了質的飛躍。有了這種新型的質譜儀，我們現在可以對ppm級乃至亞ppm級的樣品進行分析了。該質譜儀的高分辨率特性不僅提高了數據結果的質量，同時也增加了峰容量（peak capacity），因此相比傳統的低分辨率質譜儀，FT-ICR質譜儀能夠獲取更多的信息。配有外部LIT設備的“雜交” FT-ICR質譜儀（hybrid FT-ICR instrument）的發展更是提高了該質譜儀的分析能力，同時也賦予傳統的低分辨率MS/MS質譜儀更好的探測母離子的能力。將FT-MS質譜儀與LIT-ICR“雜交”質譜儀結合，就能獲得真正意義上的平行全質譜檢測儀（parallel full mass spectrum）MS1和串聯（而非連續）質譜儀（tandem not sequential mass spectrum）MS2。高質量的MS1檢測結果可以用于定量研究。這種策略唯一的缺點就是相對比較低的數據采集速度（平均每個循環只能獲得幾個數據）和IT設備造成的動態范圍較窄。
最近，出現了一種新型的軌道離子阱（orbitrap）質譜儀。這是30年來上市的第一款使用最新物理技術的質譜儀，該質譜儀能分離振蕩電場（oscillating electric field）中的離子。在分辨率和準確率方面軌道離子阱質譜儀與FT-ICR質譜儀不相上下，但是它不需要FT-ICR質譜儀使用的昂貴的超導磁鐵（superconductingmagnet）。