實驗步驟：
3.1 PROTICdb 概述
在輸入或瀏覽數據時，每個最終用戶需要一個
PROTICdb 賬戶（由您的管理員創建 )
。作為一個新用戶，首先要創建一個新的項目。一旦建立，該項目就屬于這個用戶，這個用戶有權授予其他用戶訪問權限。為確保數據一致性的精確度，盡量不要用手動輸入操作。因此，網頁上包含受控詞匯或以前加載到數據庫的其他數據的組合框。當建立一個新的
PROTICdb
數據庫時，受控詞匯庫是空的，用戶可根據需要填充。這將確保一個公認的，如果可能的話，盡可能標準化的詞匯表。這對于查詢非常重要，因為這可以減少同義詞的使用以及錯誤拼寫。
網絡界面包括以下 3 個主要內容：主菜單，彈出菜單和工作空間（圖 23-1)。“ 用戶登錄”和當前項目的名稱（ 之前選中的項目）顯示在 PROTICdb 徽標下方。
數據必須加載到一個 PROTICdb 項目中。不過，有可能要建立一個或多個項目，來滿足你整理數據的需要。
這里介紹的練習將基于一個從 http: //cms. moulon. inra. fr /content/view/14/44/ 獲得的示范數據集。
3.2 網絡形式的數據庫建設：梅拉尼 2D 凝膠圖像分析結果的上傳
為了學習這部分教程，用戶首先要創建一個項目，然后裝入所有與植物 2D 凝膠相關的信息，特別是那些凝膠圖像采集和分析的信息，包括植物培養條件、蛋白質提取過程 、電泳和凝膠圖像分析方法。
1. 創建一個新的項目
( 1 ) 訪問 PROTICdb 主頁，并登錄（向你的 PROTICdb 管理員索取個入賬戶）。
( 2 ) 在主菜單頁選擇 “ administration” 條款，然后點擊上方的彈出菜單中的“newproject” 。“ new project” 表格如圖 23-2 所示。
( 3 ) 為新項目填入一個名稱，如果需要的話，添加一個定義或評論。
(
4 ) 在列表中選擇一個關鍵詞，或者點擊 “new /update ” 建立或是修改一個關鍵詞 （見注釋 1)
。數據庫一開始不包含任何關鍵詞。因此新用戶必須輸入關鍵詞。為選擇標準術語，或試圖在實驗室水平建立這樣的標準提供方便。每一個關鍵詞都可以輸入一個定義。建議給出兩個
“級別” 的關鍵詞。這可能有助于該項目的歸類和檢索。例如，第一級關鍵詞可能是一個通用術語，如脅迫，第二級關鍵詞可以更加特指，如冷或干旱。
( 5 ) 點擊 “ go . ” 。
如果發生錯誤，按照操作指南檢查并且重新輸入新的項目。
2. 項目選擇器
要先從 “project selector” 中選擇數據，以便把它們安裝到新的項目中。這也適用于將來連接到 PROTICdb。
( 1 ) 從主菜單選擇 “project selector” 。
( 2 ) 在組合框中選擇您的項目。
( 3 ) 提交。
選定的項目即為當前數據庫的項目。其名稱將在 PROTICdb 徽標下隨登錄的用戶名一同顯示。當前項目的概況 （ 植物的數目、蛋白質提取物、凝膠、檢測、鑒定）都展示在工作表中。
這時主菜單顯示出兩個新條目： “ form basd feeding” 和 “ file based feeding” 。這是將數據提交給數據庫的兩種途徑。
3. 通過網絡形式提交 2D 凝膠圖像文件的植物定義
要想將植物數據輸入到圖像文件中，一種辦法是填寫幾個網頁表格。正如前面提到的，如果需要的話，這些表格允許用戶從列表中選擇詞匯。如果列表中沒有合適的詞匯，可以選擇“new”
鍵創建一個新的詞匯（見注釋 2) 。本節中，我們綜述植物個體、植物樣品、蛋白質樣品、凝膠、凝膠成像模式。然后我們將上傳梅拉尼結果文件。
( 1 ) 在主菜單上選擇 “form based feeding”項 。“new plant” 表格（圖 23-3) 顯示在工作空間中 （見注釋 3) 。在一個項目中，一個植物必須和 “PROTICdb 實驗” 關聯 ( 見注釋 4) 。
( 2 ) 填入一個植物名稱（見注釋 4 ) 。在本演示中，不需要指定一個具體的植物名稱或其他領域。演示可以在任何名字，受控詞匯條款，或方法名稱下進行。但是，凝膠成像的名稱必須對應一個真正的 2D 凝膠（見下文）。
(
3 ) 按照要求，選擇或創建（新按鈕）遺傳數據。遇到無關欄目，可以空著不填。基因型是一個受控詞匯。如果合適的基因型未列出，可以點擊 “new”
按鈕，按照以下步驟新建：一旦進入新的基因型表格界面，填入物種學名 （見注釋 1 ) 和基因型名稱( F2 )
。點擊提交，這個新的基因型將被記錄，同時 “new plant” 基因型列表被更新。繼續填寫 “new plant”
表格。繼續從各個區域已有的列表中選擇各項合適的名稱，包括有關 “cultivation” 的 數 據（見注釋 5) 。
( 4 ) 新建或選擇一個實驗（見注釋 4 ) 。
( 5 ) 你可以聲明你的數據是私有的還是公共的，未來的高版本的 PROTICdb 將具備這個功能，但你現在必須考慮這個問題。
( 6 ) 可以加注文字注釋。這可能對輸入那些在后續的數據分析中起重要作用的非系統推薦數據有用。
( 7 ) 遞交“ new plant” （見注釋 6 ) 數據。如果出現錯誤，按照操作指南檢查并且重新輸入。
( 8 ) 輸入植物樣品采集的數據：點擊彈出菜單工具欄中的 “plant sample”鏈接。如前所述填寫表格。當提交了 “ new plant” 表格，數據庫得到更新后，就可以在植物欄中選擇到相應的植物。
(
9 ) 填寫完成“ gel”表格。這最后的表格和前面的那些表格一樣，共遷移電泳的實驗特征已包含在 PROTICdb 中。進樣數目必須填在 “
sample number” 欄目中。這個表格隨著所需 “ protein sample” 欄目的增加而更新 （見注釋 7) 。
(
10 ) 填寫完成 “gelimage” 的表格，為凝膠成像輸入名稱 DV02121001，使其與演示數據集一致。凝膠成像文件必須是 jpeg
格式，值得注意的是，所提供的凝膠成像的分辨率必須與用作蛋白質點鑒定時一致（見注釋 8 ) 。為了演示目的，圖像文件 DV02121001.
jpg 可從 PROTICdb Demo, zip 中找到。這個圖像對于后續的演示也是需要的，所以請確認您已成功地下載了這個圖片。
4. 梅拉尼生成的輸出文件的上傳
(
1 ) 由梅拉尼軟件生成一個檢測報告，并把它輸出到一制表分隔的文本格式文件 ( 見注釋 9)。 文件擴展名為 “ txt. ” 。
本演示中，使用 PROTICdb Demo, zip 中的 detections /DV02121001. txt 文件。
( 2 ) 從主菜單中選擇 “ form based feeding” →在工具欄中選擇 “ spot detection(new/update) ” 。就會出現一個帶有軟件列表的組合框。
( 3 ) 選擇 “ MELANIE” 軟件，并提交。這時出現 “ spots detection file uploadform” 表單（圖 23-4) 。
( 4 ) 按照以下順序填寫表格：
a. 數字查詢系統：你可以選擇一個參考名稱，通常指主凝膠的名字。
b. 檢測軟件：選擇用于執行檢測的軟件的名稱，這里選擇 “ MELANIE” 。
c. 檢測方法：這里指的是用于檢測蛋白點的方法，如果需要的話，你可以新建或更新一個方法（見注釋 5)。
d. 凝膠成像：選擇做完蛋白點檢測的凝膠名稱，這里選 “ DV02121001”。
e. 掃描方法：指的是用來歸一化蛋白點豐度數據的方法。
f. 主膠：指明所用凝膠是否為主凝膠（或參照凝膠）。在本演示中，凝膠 DV02121001 被視為主凝膠。
g. 權力保護：目前沒有激活。但是，這一項應被列入未來公開發表數據的政策中。
h. 文件：點擊這個按鈕可瀏覽本地計算機磁盤（或網絡分配磁盤），選擇正確的梅拉尼生成的輸出文件。在本演示中，選擇 “ PROTICdb Demo, zip ” 中獲得的 “ detections/DV02121001. txt” 文件。
i. 匹配文件：僅用于非主凝膠的梅拉尼文件上傳。梅拉尼匹配文件包含一張凝膠和主凝膠之間匹配實驗的結果。因為它與本演示無關，留空不填。
所有必填欄目填完后，提交表單。數據庫處理這個文件可能要花很長的時間，這時千萬不要中斷 PROTICdb。如果發生錯誤，根據提示更正，并重新提交 （見注釋 10)。
當處理完畢，系統通過 e- mail 將成功/錯誤的通知發送給用戶。如果發生了錯誤，不記錄任何蛋白點的鑒定數據。要按照提示更正，并重新提交。
注明蛋白點的位置和豐度數據的凝膠成像現在可以在凝膠瀏覽器上顯示了（見 23.3.5 , 凝膠瀏覽器)。
3.3 基于文件的數據庫填充：從個別植物到質譜
在這個數據提交實例中，我們將看到如何提交蛋白點檢測和質譜鑒定結果。首先，我們必須創建或選擇一個項目 （ 見 23.3.2 ) ，之后填充關于植物、植物樣品、蛋白提取、凝膠以及成像的所有信息。這些數據將用來演示數據填充的第二種方法，即基于文件的填充方法。
1. 上傳 “plant2image” 文件
( 1 ) 打開 PROTICdb 主頁，并登錄網頁。
( 2 ) 從主菜單— “project selector” 中選擇一個項目，或者創建一個新項目。
(
3 ) 選擇主菜單— “file based feeding” — “plant2image ( txt 文件) ”
（彈出菜單）。這時顯示 “plant to image file upload” 和 “gel image file
upload” 表單。
( 4 ) 在 “ plant to image file upload” 表單中選擇或創建一個實驗（見注釋 4 ) 。
(
5 ) 從 “ plant to image file upload” 表單中檢索 “ plant2image”
文件，用瀏覽器按鈕上傳。在本演示中，可在PROTICdb Demo, zip 找到上傳的 Plant2image. txt 文件。通過點擊 “
here is the excel template file” 這個鏈接，就可以訪問一個 plant2image 模板文件（見注釋
11)。這個文件的每一行分成 5
個部分描述一個樣品：圖像，凝膠，蛋白質樣品制備和凝膠上樣，植物樣品的采集，以及植物的描述。當填寫完這些部分，選擇
“tabulation-separated text” 保存該文件。
( 6 ) 在 “Plant2image file
upload” 表單中點擊 “submit” 按鈕（千萬不要點擊第二張表單中的提交按鈕）。然后用 proticdb
處理這個文件。這可能會很耗時。處理過程中不要中斷處理進程。眾多的測試是要確保數據的一致性使其與受控詞匯相配。提交文件中的方法名稱必須符合已經在數據庫中描述過的方法名稱（新方法必須在事前被記錄；見注釋
5) 。如果測試失敗，系統將通過 e-mail
將錯誤報告的郵件發送給當前用戶，不保存所有數據。這時應按照錯誤報告建議更正并重新提交全部文件。如果處理成功，一份成功報告也會通過 e-mail
發出。
( 7 ) 從 “ gel image file upload” 到 “ image file
format， ” 選擇 “ jpg . ” 瀏覽您的電腦磁盤，選擇與 plant2image 文件中描述的數據相對應的凝膠成像文件（見注釋
8) 。JPG 格式凝膠圖像必須用這個表單一張一張地上傳。在本演示中，上傳的 DV02041611.jpg 和 TB02052306.jpg
文件保存在 “ demo, zip” 壓縮文件中。
( 8 ) 提交 “gel image file upload” 表單。
2. 質譜鑒定命令
單個蛋白質點可能被命名為幾個名稱或代碼，如檢測點數、匹配數、采集數等。因此，用一個質譜圖去關聯一個適當的蛋白點沒有多大意義。為了避免錯誤，
PROTICdb 的工作流程之一是生成一個攜帶單一的，送去做質譜鑒定的蛋白點質譜儀 ID 的文件 (
相當于一個命令)。質譜儀就可以將攜帶蛋白點 ID
的結果返回到數據庫中，這樣就避免了名稱含混不清的問題。在這個實例中，描述裝有切下的蛋白點的微孔板的文件將被提交給數據庫。在微孔板圖中，每個切下來的蛋白質點都事先被用戶命名為“
picked_spot”
。這個工作流程假設這個命令在圖像分析數據（蛋白質點檢測）被記錄到數據庫之前被發送到質譜儀。這樣，當用戶隨后提交蛋白點檢測和比對數據時，他或她將同時提供與蛋白點檢測和比對數據代碼相關的適當的“
picked_ spot”命名。這一步至關重要 ，因為它使得數據庫將“ picked_ spot”
的編號與比對代碼關聯起來，確保能準確無誤地整合質譜數據。
“ Identification Order” 創建步驟的輸出是一個基本的 “Sequest” 軟件兼容的文件。它包括微孔板上的每個樣品。這個文件很有用，因為它可用 “sequest” 軟件直接讀取 ( 見注釋 12)。
按以下步驟建立一個新的命令：
( 1 ) 在主菜單選擇“ file based feeding” — 然后在彈出菜單中選擇“ MS identification request (in)’’。
( 2 ) 選擇 “ order spot identifications from one picture/detection” 并提交。
( 3 ) 選擇與樣品相應的凝膠成像圖。（在這個實例中，微孔板上的蛋白點來自同一塊凝膠）然后選擇 “ DV02041611” 圖像。
( 4 ) 點擊 “request MS identification order for this picture ” 按鈕，一個新表單便出現（圖 23- 5 , 第 1 步 ) 。
(
5 ) 點擊按鈕 “ create a new virtual detection for this picture
”
創建一個虛擬蛋白點檢測結果（記住：前面的圖像分析結果直到現在還沒有提交），這樣就將微孔板中的蛋白點建立在數據庫中。當真實的蛋白點檢測實驗完成后，上傳結果，并且將質譜結果填入數據庫后，這些蛋白點的信息將被更新。
(
6 ) 選擇在第 13 步建立的 “virtual detections” 加載質譜鑒定結果。當梅拉尼輸出文件提交后，那些 “
virtual detections ” 將被 “real detections ” 所取代。這時名為 “now you can
subm it your order” 的新表單出現了。（ 圖 23.6，步驟 2)。
( 7 )
輸入本次實驗所用的微孔板的號碼，點擊 “set microplate number” ，接著點擊“ get the
microplate template” ，下載 excel 模板文件。在微孔板 excel
模板文件中，輸入在這個鑒定命令中所用的微孔板的號碼，當前 PROTICdb 用戶的郵件地址，以及微孔板中的孔號（12 列 8 行 從 A 到
H) ，所用樣品的準確名稱：在 23. 3. 3 節 2 中用到的 “ picked _spot” 號碼（見注釋 1)。保存你的 Excel
文件為 “ tabulation-separated text” 格式（
見注釋11)。這張圖對應著你的質譜儀中微孔板。準備足夠多的微孔板文件。在這個演示中只有一個微孔板文件：“ demo, zip ” 文件夾中的
microplates/microplatedemo. txt。
( 8 ) 輸入上樣到微孔板上的樣品號碼，在這個演示的微孔板上有 9 個樣品。
(
9 ) 瀏覽你的電腦硬盤選擇微孔板文件。在這個演示中從準備好的“ demo, zip” 文件夾中獲得 “
microplatedemo.txt ” 文件。注意在微孔板文件中的 e-mail 地址必須與 PROTICdb 中當前用戶的 e-mail
地址一致。在 “ related species” 中輸入：根據 NCBI
分類系統的種、屬名稱（與樣品相關的來自其他物種的序列有時用于蛋白質鑒定的檢索）。在本演示中輸入 “ Oryza sativa. ”。
(
10 ) 填寫余下的表單內容，然后點擊 “ Submit”
。如果發生錯誤，會出現錯誤提示信息。根據信息提示更改你的文件，重新提交。提交成功會出現 “order n created ! ”
信息。記住這個識別命令代碼，為方便日后訪問鑒定報告。會有一封針對這個命令的輸入文件以電子郵件的形式發送到當前用戶。保留這個信息，保存這個輸入文件。這個文件應當和蛋白點的微孔板一起被送到質譜儀。
3. 蛋白點檢測結果文件的上傳
使用
Melanie 軟件時，你要用相應的 “ picked _ spot ” 名稱注釋每個蛋白點（見 23.3.3
節而要這樣的話，必須建立一個用戶定義的 “ picked _ spot ”專欄（見 Melanie
程序說明）。然后導出一份指標文本格式的蛋白點報告。
保存 Melanie 檢測文件后，按照如下流程操作：
( 1 ) 在主菜單上選擇 “file based feeding ”項目，然后在彈出菜單欄中選擇“ virtual spot detection (update ) ” 。
( 2 ) 選擇與 melanie 結果相應的圖像，這里選擇 “ DV02041611” 。
( 3 ) 提交。
這時出現一份先前建立的這張凝膠成像的虛擬蛋白點的檢測目錄（見圖 23 -7, 第一步） 。
( 4 ) 選擇要更新的虛擬蛋白質檢測（本演示中，只有一個虛擬蛋白質檢測可以選擇)。
( 5 ) 提交。
(
6 ) 出現類似在 23.3.2 節 4 中描述過的 “Spots detection file upload form” 表單( 圖
23-8, 第二步）。像在 23. 3.2 節 4 中描述過的一樣填寫這個表單。在 “ demazip ” 文件夾中能找到 Melanie
輸出文件 DV02041611.txt 。這張凝膠必須被指定為主凝膠。不填寫 “ matchingfile” 欄目。現在還不用
private/public 區域。但是，設立這一項是考慮到未來預期的數據公布政策。
( 7 ) 提交。
數據庫處理這個文件的時間較長，這時千萬不要中斷 PROTICdb。如果發生錯誤，按照提示更正并重新提交（ 見注釋 10)。
當處理完成后，系統將通過 e-mail 將一個成功或錯誤的通知發送給當前用戶，如果發生錯誤，蛋白點鑒定信息都將不被保存。按照錯誤報告的建議更正，并重新提交一次文件。
注明蛋白點的位置和豐度數據的凝膠成像現在可以在凝膠瀏覽器上顯示了（見 23.3.5 節 ，凝膠瀏覽器) 。
4. 質譜鑒定報告文件上傳
PROTICdb 兼容以制表分隔的文本格式輸出的 Sequest 鑒定報告（見注釋 13) 。
(
1 ) 為演示，訪問 http: //location 一 of/your/proticdb/home/demo. php。點擊
“formto obtain the sequest identification demo filew, 出現 “Get
your sequest identification demofile” 表單。上傳在 23. 3. 3 節 3 中得到的
Sequest 文件，提交表單。一封帶有 Sequest 關于在 23. 3. 3 節 3 中創建的蛋白質點的鑒定報告郵件通過 email
發送到當前用戶郵箱。這最后一步只是針對演示模擬發送質譜儀的鑒定報告。
( 2 ) 選擇主菜單的 “File based feeding” — “identification results (文本文件)’’ （彈出菜單)。
( 3 ) 選擇用于鑒定樣品的軟件。本演示選擇 “Sequest” 。
( 4 ) 提交表格。出現 “ identification file upload” 新表單（圖 23-9)。
( 5 ) 選擇或者創建鑒定方法（為了演示，你可以創建一個虛構的方法)。
( 6 ) 選擇或者創建一個用于蛋白點比對的數據庫（為了演示，你可以創建一個虛構的數據庫)。
( 7 ) 點擊 “browse” 選擇 Sequest 鑒定報告文件。
( 8 ) 提交。
當處理完成后，系統將通過 e-mail 將一個成功或錯誤的通知發送給當前用戶，如果發生錯誤，蛋白點鑒定信息都將不被保存。按照錯誤報告的建議更正，并重新提交一次文件。
注明蛋白點的位置和豐度數據的凝膠成像現在可以在凝膠瀏覽器上顯示了（見 23 . 3. 5 , 凝膠瀏覽器)。
3.4 與其他用戶分享數據
作為 PROTICdb 項目的擁有者，你可以很容易地與其他 PROTICdb 用戶分享數據。你可以規定權限范圍，以及精確地選擇其他用戶可以獲得的權限類別，比如只讀或全部權限。只有 PROTICdb 管理員才可以創建新的用戶賬戶（ 見注釋 14)。
( 1 ) 訪問 PROTICdb 主頁，并登入網頁。
( 2 ) 選擇主菜單上的 “ Administration” — “ project access management” （彈出菜單) 。
( 3 ) 選擇你想要更新其權限的用戶（ 見圖 23-10, 第一步）。
( 4 ) 點擊 “update” 。
a.
對你所擁有的每一個項目，你都可以改變其他用戶的訪問權限（見圖
23-11，第二步）：用戶類型：項目所有者或訪客。項目所有者擁有所有當前項目所有者的全部權限。訪客的權限有限制，默認為只讀；通過 “ can
insert” 和 “ can update” 這兩項的選擇有可能獲得更多的授權。
b. Can insert：通過這個欄目，用戶可以在這個項目中插入新的數據。
c. Can update：通過這個欄目，用戶可以在這個項目中更新已經存在的數據。
3.5 凝膠瀏覽器
凝膠瀏覽器可以用來處理凝膠數據， 一 次可最多同時處理 4 張凝膠。為了方便凝膠的視覺比較，有幾個縮放和圖像同步工具可以使用。可顯示每個蛋白點的總結或完整數據 ，并提供外部數據庫鏈接。凝膠瀏覽器還允許提交新的數據到知識庫。
這些不同點舉例說明如下。
1. 在新凝膠中哪個蛋白質點已經被鑒定過了
新凝膠分析過程中有一步是選擇此前未被鑒定過的蛋白點去做質譜鑒定。凝膠瀏覽器可以將新的凝膠與最多可達3
張的其他主要凝膠進行比較并注釋。在這個例子中，我們用 http: //cms. moulon. inra. fr
/content/view/14/44/ 上的演示數據庫（建議安裝本地版本的 PROTICdb
數據庫，并加載上面提到的演示數據集），不過，也可以用你自己的數據集，這個數據集應包含一個主膠和一個還沒被分析過的凝膠（沒有鑒定或是蛋白點檢測數據，見注釋
15 ) 。
( 1 ) 訪問 PROTICdb 主頁，并登入網頁。
( 2 ) 啟動凝膠瀏覽器：主菜單—Gel
browser ( 見注釋 16) 。項目框中包含已得到授權瀏覽的項目。如果有的話，可在 “ project summary”
中找到該項目的描述。主凝膠列在 “project summary” 下面。每一個主凝膠后面的括號中都標有名稱和數字系統標簽（見注釋 17)
。非主凝膠列在 “non-master gel”
子目錄中。凝膠名稱后面跟著數據系統標簽。這樣就可以方便地確定哪一個主凝膠是被比對過的。“other gels”
子目錄中包含沒有蛋白點檢測或鑒定數據的凝膠，比如說新的凝膠。
( 3 ) 從 “ projects” 內框（在 “ other gels” 中）中選擇 TB02052306 這個凝膠，點擊 “ load”按鈕（見注釋 18、注 釋 19)。
(
4 ) 重復第三步選擇 DV02041611 (DLFMELANIE) 。這里沒有關于 TB02052306
凝膠的蛋白質點檢測或鑒定信息。我們假設要鑒定這塊膠上的幾個蛋白點，而且還要判斷質譜分析是否需要。我們將 TB02052306 與主凝膠 [
這里指的是 DV02041611( DLFMELANIE) ] 進行比較，找出先前鑒定過的蛋白點。DV02041611
中已被檢測過的蛋白點被藍色十字標記出來。在這張凝膠的上部顯示，檢測出 1820 個蛋白點，其中有 9
個已經被鑒定過了。要開啟鑒定顯示模式才能檢測到哪些蛋白點已經被鑒定過了。
( 5 ) 在菜單工具欄中選擇“ Mode” — “ ident” 或同時按 Alt i 鍵 。已被鑒定過的蛋白點被紅色十字標記。我們仔細來看看這些蛋白點。
( 6 ) 點擊 DV 02041611 窗口中的任何地方，以確定它被選中。
( 7 ) 沿著縮放滑桿移動光標，選擇縮放級別 3。凝膠的顯示區域在左上角的縮略圖里的藍色方框標注。這個方框可被選擇，拖動縮略圖可改變其顯示面積。
(
8 ) 拖動右邊的 DV02041611 凝膠縮略圖方框，直到有 5
個被鑒定過的蛋白點（紅色十字標記）出現。拖動鼠標到每個蛋白質點上，就會顯示出簡要信息，包括點的編號、編號系統（見注釋
17)、像素坐標，可能還會有評述和功能注釋（只限紅色十字標記）。還可顯示更完整的信息。
( 9 ) 在 342 號蛋白質點（第 8 步選擇的左上角的紅點）上看到對應的摘要框。
( 10 ) 鼠標左鍵點擊同一個點（342 號）（見注釋 20) ，激活蛋白點信息框。蛋白點的數據按以下 4 個條目排列：概要、關系、鑒定和量化。每個條目對應的信息可被不斷充實。其中鑒定包括質譜的詳細數據。
( 11 ) 開發鑒定、質譜詳細數據和下一個子目錄。從質譜數據分析得到了每個匹配結果，首先得到的 3 個匹配條目是序列定義、全球鑒定分值（質譜匹配分值）和序列存取編號，這個編號與對應的數據庫鏈接。
(
12 ) 用鼠標左鍵雙擊 342 號蛋白點的 “696997/entrez” 鏈接，進行第一次比對。一個顯示 AAF34134 NCBI
Entrez 數據庫序列報告的新窗口跳出（見注釋 21)。可能的話 ，還會顯示相應的 Swiss-Prot 關鍵詞和 GO
條款。還可以直接鏈接到 EBI GO Browser QuickGO。
下一個可獲得的信息關于可以用來進行比對的肽段。包括多肽的序列及其分值（Seques 或 Mascot 格式)
。根據提交給數據庫的信息，量化項目可提供蛋白點的面積，體積或峰高等值。蛋白點尋找系統可幫助我們在一張凝膠中定位一個蛋白點。
( 13 ) 用鼠標左鍵點擊 DV02041611 凝膠窗口，以確定這個窗口被激活。
( 14 ) 從菜單工具欄中選擇 Tools→Find 或同時按 Ctrl f 鍵。
( 15 ) 輸入數字 1647，點擊 OK。DV02041611 被放大，1647 號蛋白質點被一個黃色的閃動環標記。我們現在可以進行 DV02041611 和 TB02052306 的比較。
( 16 ) 使用右下角的滾動桿將 1647 號蛋白點移動到凝膠圖像的中心部位。
( 17 ) 從菜單工具欄中選擇 Tools→Synchronize 或同時按 Ctrl s ( 見注釋 22) 。兩張凝膠的圖像出現在同一個視野里。如果這兩張凝膠圖像差別很大，將無法顯示，可能需要使用滾動桿調整這兩張凝膠圖像。
( 18 ) 從菜單工具欄中選擇 Tools，復選 Link 或同時按 Ctrl 1。
( 19 ) 拖動兩個縮略圖中的一個藍色方框。這兩張凝膠圖像顯示區域要被同時更新，以保證其同步。但是，本地凝膠可能會導致同步丟失，可通過滾動桿手動調節。
(
20 ) 回到 1647 號蛋白點區域（DV02041611) ，重復第 13 步到第 17 步的過程。這里很容易發現 TB02052306
中的蛋白點與 DV02041611 中的 1647
號蛋白點相對應。這個點就不需要再鑒定，也不必切下來去做質譜實驗，除非用戶認為質譜輸出數據（可從蛋白點信息框中看到）的質量不高。
2. 知識庫的填充
知識庫是用來存儲專家們進行凝膠圖像比對所得到的結果。存儲同一張凝膠上兩個蛋白點或是兩張主膠上的兩個蛋白點的二元關系。例如，比對、物理作用、等位性、轉導后修飾狀態等。用戶可以自由創建任何關系類型。當兩個蛋白點相互關聯，它們就可共享像鑒定結果這樣的信息。PROTICdb
會根據從知識庫中搜索得到的相關性，自動建立蛋白點網絡。例如，如果點 A 與點 B 鏈接，而點 B 又與點 C 鏈接，那么數據庫會建議點 A
和點 C 鏈接。這樣可使用戶得到新的信息。如果點 A 是唯一一個被鑒定過的，那么數據庫將建議相同的鑒定結果給點 B 和
C，在知識庫不斷完善和充實時，越來越多的信息被這幾個蛋白點共享，使得蛋白點的注釋被不斷地更新（包括原來的實驗結果），因此可避免不必要的質譜分析和建立新的假設。
( 1 ) 訪問 PROTICdb 主頁，并登入網頁。
( 2 ) 開啟凝膠瀏覽器：主菜單→凝膠瀏覽器（見注釋 16)。
( 3 ) 從 “ Projects” 內框中選擇主凝膠 DV02041611 ( DLFMELANIE) ，點擊“ Load” 按鈕（見注釋 18 、注釋 19)。
( 4 ) 重復第 3 步驟，選擇 DV02121001 (DLFM 02121001) 。
( 5 ) 激活 Ident，顯示模式：菜單工具欄→Mode→Ident 或同時按 Alt i。
( 6 ) 鼠標左鍵單擊 DV02041611 凝膠窗口，激活它。
( 7 ) 尋找 1647 號蛋白點：主菜單→Tools→Find 或同時按 Ctrl f 鍵 ，鍵入 1647，點 OK。1647 號蛋白點被黃色閃光圈標記。
( 8 ) 如果需要，用移動滾動桿將這個點移到窗口中央。
( 9 ) 從菜單工具欄中選擇 Tools→Synchronize 或同時按 Ctrl s ( 見注釋 22) 。盡管是同步的，兩個顯示區域不相互對應。凝膠 DV02121001 的右邊區域就在顯示區上面。
(
10 ) 移動滾動桿調整凝膠 DV02121001 顯示區使它與第二塊膠相對應。為了做到這點，參考 DV02041611 (
DLFMELANIE ) 凝膠上的紅色點和定位在這塊膠左邊的 5 個其他蛋白點，去尋找在 DV02121001
膠上的相應的蛋白點。你可能只需移動右邊的滾動桿。如果沒找到正確位置，那么在 DV 02121001 凝膠中尋找編號為 1752 的蛋白點(
見第7 步）然后把這個點移到窗口中心位置。現在兩張凝膠圖像同步了，你可以發現紅點（DV02041611 膠上的 1647 號點）可以與
DV02041611 上的 1757 號點進行比對。你也會發現 DV02041611 上的 1757
號點還沒被鑒定。我們來說說這兩個點的匹配關系吧。申請表的標題欄（在主窗口的最上邊）顯示（
你用了許多演示，如果可能盡量使用同義詞）知識庫填充工具的設置：關聯模式設置為 OFF，關聯方式設置為手動比對。我們首先要激活關聯模式。
( 11 ) 從菜單工具欄中選擇 Association，然后復選 Association mode 或同時按 Ctrl a。
現在 Association mode 設置為 ON。新的進入關系---手動比對已被設置。你可以通過默認的方式檢查所有能使用的關系。這個菜單是用戶可以自行配置的 （見 PROTICdb 管理網站上蛋白點鏈接編輯頁）。
( 12 ) 單擊 DV02041611 凝膠窗口，激活它。
( 13 ) 右鍵點擊紅色點（在凝膠 DV02041611 上的 1647 號點）。這個點會被紅圈圈起來。
( 14 ) 單擊 DV02121001 凝膠窗口，激活它。
( 15 ) 右鍵點擊比對點（凝膠 DV02121001 上的 1757 號點）。該點被紅圈圈定，同時跳出確認框。你可以為這個新關系添加注釋，然后點 OK 生效。
( 16 ) 點擊 OK。一個確認框出現，證實新的關系已被成功地注冊到數據庫。
( 17 ) 從菜單工具欄中選擇 Mode→Relation，或同時按 Alt r 鍵 。這次只有包含至少一個關系的點被藍色十字標記。
(
18 ) 當移動鼠標到兩個鏈接的蛋白點之一上時，與這個點鏈接的每個點的十字標記的顏色都變成橙色
（在另一塊膠上有一個匹配的蛋白點）。當鼠標點到這些點中的一個時，只有包括在同一個網絡中的點顯示橙色（ 圖
23-12)。你可以通過聲明一個新的關系，確認這些數據，這樣就可以擴大點的網絡。
( 19 ) 關閉 DV02121001 凝膠，再重新開啟（同時按 Alt p 鍵，或按照第 3 和第 5 步的描述操作）。
( 20 ) 在 DV02121001 凝膠中尋找 1757 號蛋白點（按照第 7 步描述操作）。
( 21 ) 同步顯示這兩個凝膠圖像（按照第 8 到 10 步中的描述操作）。
(
22 ) 確定 ident 顯示方式是被激活的（見第 5 步 )
。凝膠信息摘要顯示在每一個凝膠窗口的右上角，報告被檢測和鑒定過的蛋白點的數目。在 DV02041611 凝膠上，用紅十字標記的點代表有 9
個點已被鑒定過。在 DV02121001 ( DLFM 02121001) 凝膠上，盡管有一個點被紅十字標記 1386
號蛋白點，但沒有蛋白點被鑒定過。這些明顯相互矛盾的數據說明了蛋白點的網絡設施：DV02121001 凝膠上的 1757 號點是被鑒定出來的 (
因為已經用紅色十字標出），因為它與另一個已被鑒定出來的點關聯（在這個實驗中先前創建的關系）。然而，在右上角的摘要欄里只報告那些已經過質譜分析的點，這樣
PROTICdb 通過自動知識庫分析工具更新蛋白點的注釋。
( 23 ) 把鼠標移到 DV02121001 凝膠上的 1757 號紅點上。鑒定結果以藍色文本文件輸出，意味著這個注釋是從另一個相關點的信息中推導出來的。在鑒定結論的上方顯示這個特定的關系。
( 24 ) 左鍵點擊 DV02121001 凝膠上的 1757 號紅色點。顯示點的信息內框。
( 25 ) 完善關系和鑒定目錄，關系隨著建議的鑒定信息一起報告。出現一個如何得到這個鑒定的警示信息。
( 26 ) 與 DV02041611 凝膠上的 1647 號點進行比對。
3. 量化數據輸出
點的量化數據 （面積、峰高或體積）可以列表文件格式輸出，而且很容易導入到任何電子制表軟件或統計包中。
( 1 ) 訪問 PROTICdb 主頁，并登錄網頁。
( 2 ) 開啟凝膠瀏覽器，主菜單—凝膠瀏覽（見注釋 16)。
( 3 ) 從菜單工具欄中，選擇 Tools→Projects data export 或同時按 Ctrl d 。 跳出數據輸出框（在數據輸出之前沒必要加載任何凝膠圖像)。
( 4 ) 選擇你要輸出數據的項目。
( 5 ) 選擇編號系統（見注釋 17)。在一個既定的編號系統內比較那些共享相同號碼的蛋白點才有意義。選定了編號系統，就會顯示一張數據集表格。每張凝膠的蛋白點的檢測方法名稱和量化方法名稱都會被標示出來。用戶可以導出用相同方法處理的數據。
( 6 ) 通過復選相應的內容框，選擇將要被導出的數據，然后點擊 OK。
( 7 ) 選擇面積、體積或峰高。你也可以選擇一個缺失數據的代碼。點擊 OK。
( 8 ) 選擇結果導出方法：表格、剪貼板或文件。行顯示點，列顯示膠（條件）。
